New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1676788 | 102 (1.040) | 7 (0.070) | 6/156 | NT | 7.1% | intergenic (‑344/‑75) | ccpN/glyQS | Transcriptional repressor CcpN/Glycine‑‑tRNA ligase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1676835 | 85 (0.890) | intergenic (‑391/‑28) | ccpN/glyQS | Transcriptional repressor CcpN/Glycine‑‑tRNA ligase |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGATATGG > USA300TCH1516_ALE/1676699‑1676878 | taaaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTCGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGt < 1:2309218/91‑1 (MQ=255) aaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTcc > 1:3249196/1‑91 (MQ=255) aaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTcc < 1:1194214/91‑1 (MQ=255) aaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGATTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTcc > 1:3499601/1‑91 (MQ=255) aaaGCGAGTCACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTcc > 1:2082943/1‑91 (MQ=255) aaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTccc < 1:1846502/91‑1 (MQ=255) aaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTccc < 1:1846468/91‑1 (MQ=255) aGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCa > 1:2793997/1‑91 (MQ=255) aGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCa < 1:2548196/91‑1 (MQ=255) gCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCAt < 1:726928/91‑1 (MQ=255) cGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATg > 1:1381476/1‑91 (MQ=255) aGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGa > 1:1100301/1‑91 (MQ=255) gTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGaa > 1:3716524/1‑91 (MQ=255) gTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGaa > 1:2954701/1‑91 (MQ=255) gTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGaa < 1:1504496/91‑1 (MQ=255) tACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTaaa < 1:2275510/91‑1 (MQ=255) tACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTaaa < 1:2004811/91‑1 (MQ=255) tACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTaaa < 1:2003939/91‑1 (MQ=255) tACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGATTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTaaa < 1:3853622/91‑1 (MQ=255) acTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCa < 1:3959432/91‑1 (MQ=255) acTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCa < 1:537603/91‑1 (MQ=255) acTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCa < 1:538254/91‑1 (MQ=255) acTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCa < 1:978954/91‑1 (MQ=255) tAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCata < 1:2826754/91‑1 (MQ=255) aTTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATAtt < 1:677697/91‑1 (MQ=255) aTTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATAtt < 1:1036760/91‑1 (MQ=255) aTTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATAtt < 1:1038537/91‑1 (MQ=255) tttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATAttt < 1:1744968/91‑1 (MQ=255) tttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGGCCCATGGAAGTAAAGCATAttt < 1:1744648/91‑1 (MQ=255) tGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTAc < 1:2876276/91‑1 (MQ=255) tGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTAc < 1:397967/91‑1 (MQ=255) gggAGGAACTGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACt < 1:3725893/91‑1 (MQ=255) ggTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTGCTa > 1:3345693/1‑91 (MQ=255) ggTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTa > 1:367466/1‑91 (MQ=255) ggTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTa > 1:1343297/1‑91 (MQ=255) gTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTAt < 1:4126305/91‑1 (MQ=255) gTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTAt < 1:4082517/91‑1 (MQ=255) tGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATg > 1:2053875/1‑91 (MQ=255) ggAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGc < 1:397311/91‑1 (MQ=255) ggAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGc < 1:397277/91‑1 (MQ=255) gAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCt < 1:3082003/91‑1 (MQ=255) aaCCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTg > 1:4025952/1‑91 (MQ=255) ccGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGtt < 1:32551/91‑1 (MQ=255) cgcgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGtcccatggaaaataacagcatagtaaatatgcttt < 1:2768294‑M1/91‑36 (MQ=255) cgcgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTa > 1:1047773/1‑91 (MQ=255) gcgTGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATACTTACTATGCTGTTAt < 1:3215315/91‑1 (MQ=255) gcgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGtcccatggaaaataacagcatagtaaatatgcttta < 1:2652916‑M1/91‑37 (MQ=255) cgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttac < 1:3461141‑M1/91‑38 (MQ=255) cgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttac < 1:1961987‑M1/91‑38 (MQ=255) gggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTAttt < 1:738126/91‑1 (MQ=255) gTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTc > 1:380527/1‑91 (MQ=255) gTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTc > 1:389378/1‑91 (MQ=255) tAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttcca < 1:3779562‑M1/91‑43 (MQ=255) aaaTACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccat < 1:1875844‑M1/91‑44 (MQ=255) aaTACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATg < 1:2055759/91‑1 (MQ=255) aTACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgg < 1:1495917/91‑1 (MQ=255) aTACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgg < 1:843697/91‑1 (MQ=255) tACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATggg < 1:919028/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgggg < 1:3608781/91‑1 (MQ=255) cGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGc > 1:683546‑M2/1‑90 (MQ=255) gTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGcg < 1:1990626‑M2/91‑3 (MQ=255) gTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGcg < 1:1991087‑M2/91‑3 (MQ=255) gTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTACATGGGGcg > 1:2087540‑M2/1‑89 (MQ=255) tAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGt > 1:569222/1‑91 (MQ=255) aaCTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGtt > 1:2799201/1‑91 (MQ=255) cTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGtttt > 1:2407378/1‑91 (MQ=255) ttATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTc < 1:3902314/91‑1 (MQ=255) ttATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTc < 1:3902657/91‑1 (MQ=255) ttATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTc < 1:122733/91‑1 (MQ=255) tATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCa < 1:1189661/91‑1 (MQ=255) tATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCa < 1:1189173/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaat < 1:934705‑M1/91‑57 (MQ=255) aTTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCAt > 1:3041178/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCAt < 1:744763/91‑1 (MQ=255) ttttGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATg < 1:1108709/91‑1 (MQ=255) ttttGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATg < 1:2455976/91‑1 (MQ=255) ttGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTa < 1:4033212/91‑1 (MQ=255) gTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATg > 1:1541860/1‑91 (MQ=255) gTATTATATACAACTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAGAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATg < 1:4151557/91‑1 (MQ=255) tattatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATga > 1:2891900/1‑91 (MQ=255) tattatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATga < 1:2736557/91‑1 (MQ=255) attatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATgag > 1:1931638/1‑91 (MQ=255) ttatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATgagg < 1:1411100/91‑1 (MQ=255) atataCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATgaggag > 1:2639406/1‑91 (MQ=255) taCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAgg < 1:4118279/91‑1 (MQ=255) aCAACTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGTGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGt < 1:2036287/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAAt < 1:1101292/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAAt > 1:2049806/1‑91 (MQ=255) ttAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTa < 1:3756460/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTa < 1:721114/91‑1 (MQ=255) aaaTATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATgg < 1:87809/91‑1 (MQ=255) aaTATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGc < 1:131694/91‑1 (MQ=255) atatTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCa > 1:1012184/1‑91 (MQ=255) atTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGcgagttaatattttaaattgtatataatacaaaat < 1:934705‑M2/91‑36 (MQ=255) atTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCaaa > 1:1683371/1‑91 (MQ=255) ttAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACGATGCTGTTATTTACCATGGGGCGTTCTGATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCaaaa > 1:3317183/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGa < 1:532467/91‑1 (MQ=255) cGccccatgtaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaatattttaaattgtatataatacaaaataagttac > 1:2087540‑M1/1‑2 (MQ=255) cGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaatattttaaattgtatataatacaaaataagttac < 1:1990626‑M1/91‑90 (MQ=255) gccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaatattttaaattgtatataatacaaaataagttacg > 1:683546‑M1/1‑1 (MQ=255) | TAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGATATGG > USA300TCH1516_ALE/1676699‑1676878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |