New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1683123 | 66 (0.670) | 6 (0.070) | 4/138 | NT | 9.8% | coding (135/699 nt) | USA300HOU_RS08385 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1683155 | 54 (0.640) | coding (103/699 nt) | USA300HOU_RS08385 | hypothetical protein |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
ATATTTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAGTAGTAATGATA > USA300TCH1516_ALE/1683033‑1683213 | atatTTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCT < 1:3158771‑M1/91‑1 (MQ=255) tataTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCtt < 1:3338335/91‑1 (MQ=255) tatTTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCtt > 1:2478883/1‑91 (MQ=255) atTTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCttt > 1:1005363/1‑91 (MQ=255) atTTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTACACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCttt > 1:3584828/1‑91 (MQ=255) ttttCGTTTCGATGATTTCTTTTTTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCtttt > 1:2977586/1‑91 (MQ=255) tttcgtttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCttttt < 1:4126319/91‑1 (MQ=255) tcgtttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCttttttt > 1:2573391/1‑91 (MQ=255) cgtttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTg > 1:363266/1‑91 (MQ=255) cgtttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTg > 1:3548334/1‑91 (MQ=255) cgtttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTg > 1:521023/1‑91 (MQ=255) tttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGt < 1:794580/91‑1 (MQ=255) tttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGt > 1:1304699/1‑91 (MQ=255) tttcgATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGt < 1:690161/91‑1 (MQ=255) 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cttcttcATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGt > 1:1714346/1‑91 (MQ=255) ttcttcATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGtt > 1:523101/1‑91 (MQ=255) cATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTg < 1:179852/91‑1 (MQ=255) aTTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGa > 1:248557‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGa > 1:1735007‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGa < 1:895204‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGa > 1:2050970‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTAATTCTTCACTTATTTCNTTAAACGTNCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTNTTNTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGa > 1:1339773‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGCTGTTTTTTGag < 1:3422214‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaagg < 1:1981896‑M1/91‑36 (MQ=255) tAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggt < 1:2594218‑M1/91‑37 (MQ=255) tAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggt < 1:1010659‑M1/91‑37 (MQ=255) tAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGaggt < 1:941360‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtg < 1:1086678‑M1/91‑38 (MQ=255) aaTTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGaggtg > 1:1070764‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGaggtg > 1:1070743‑M2/1‑86 (MQ=255) 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aaaGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaa > 1:3933493‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaa > 1:3933415‑M1/1‑10 (MQ=255) aaGCCACCTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaag > 1:3914575‑M1/1‑9 (MQ=255) ctccACCTTTTATTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATagtagt < 1:3753359/89‑1 (MQ=255) aGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCAGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATagtagt < 1:3856939/91‑1 (MQ=255) gCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAgtagta > 1:1101284/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAgtagta > 1:3628059/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAgtagta > 1:128486/1‑91 (MQ=255) 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aCCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaatta < 1:2594218‑M2/91‑56 (MQ=255) aCCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAGTAGTAATg > 1:326141/1‑91 (MQ=255) ccTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaa < 1:987402‑M1/91‑89 (MQ=255) ccTcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaa < 1:3827698‑M1/91‑89 (MQ=255) ccTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGaggtggcttttttgaagaaattgagcgaccgtttaaagaaataagtgaagaattaa < 1:1378105‑M2/91‑57 (MQ=255) ccTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaa < 1:1981896‑M2/91‑57 (MQ=255) ccTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAGTAGTAATGa > 1:3170763/1‑91 (MQ=255) cttcttTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAGTAGTAATGAt < 1:3736388/91‑1 (MQ=255) cTcaaaaaacagctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaaa < 1:3422214‑M1/91‑90 (MQ=255) tcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaaat > 1:1734679‑M1/1‑1 (MQ=255) tcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaaat > 1:1735007‑M1/1‑1 (MQ=255) tcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaaat < 1:895204‑M1/91‑91 (MQ=255) tcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaaat > 1:2050970‑M1/1‑1 (MQ=255) tcaaaaaacatctaccgataatgaaccaaaaaaaggtggcttttttgaagaaattgagcgaacgtttaaagaaataagtgaagaattaaat > 1:248557‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATATTTTCGTTTCGATGATTTCTTTTCTTCTTCATTTAATTCTTCACTTATTTCTTTAAACGTTCGCTCAATTTCTTCAAAAAAGCCACCTTTTTTTGGTTCATTATCGGTAGATGTTTTTTGAGGTGGCTTTTGATTTTGTCTATCTTTATGACTATTTTCGCGCATAGTAGTAATGATA > USA300TCH1516_ALE/1683033‑1683213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |