| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1685779 = | 98 (1.000) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 7.8% | coding (1245/1347 nt) | mtaB | Threonylcarbamoyladenosine tRNA methylthiotransferase MtaB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1685820 = | 80 (0.930) | coding (1204/1347 nt) | mtaB | Threonylcarbamoyladenosine tRNA methylthiotransferase MtaB | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TTCTCTATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTCACCC > USA300TCH1516_ALE/1685689‑1685869 | ttCTCTATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACtttt < 1:221318/91‑1 (MQ=255) tctcTATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTa < 1:2189451/91‑1 (MQ=255) tctcTATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTa < 1:1563005/91‑1 (MQ=255) atttgatcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTa > 1:796553‑M1/90‑91 (MQ=255) atttgatcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTa > 1:1829448‑M1/90‑91 (MQ=255) tttgatcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTAc < 1:534631‑M1/3‑1 (MQ=255) tttgatcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTAc < 1:2236961‑M1/3‑1 (MQ=255) tttgatcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTAc < 1:2945353‑M1/3‑1 (MQ=255) ctctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAGCGACTTTAATTGCTGGCCCTTCAATTAGTGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTAc < 1:3315769/91‑1 (MQ=255) ctctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTAc < 1:267320/91‑1 (MQ=255) ctctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTAc > 1:2922656/1‑91 (MQ=255) tctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACa < 1:615848/91‑1 (MQ=255) tctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACa > 1:1311237/1‑91 (MQ=255) tctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACa > 1:1837294/1‑91 (MQ=255) ctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACaa > 1:2088229/1‑91 (MQ=255) ctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACaa > 1:2084021/1‑91 (MQ=255) ctATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACaa > 1:1661264/1‑91 (MQ=255) tATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAAt < 1:158609/91‑1 (MQ=255) gatcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAAt < 1:2326760‑M1/6‑1 (MQ=255) atcaagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAAtt < 1:1128546‑M1/7‑1 (MQ=255) cAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTg < 1:1464366/91‑1 (MQ=255) aagatgtgcttgaagtaattcctgaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGa < 1:2202557‑M1/10‑1 (MQ=255) aGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGa > 1:3071247/1‑91 (MQ=255) aGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGa < 1:863610/91‑1 (MQ=255) tttatttGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCt < 1:2036510/91‑1 (MQ=255) tatttGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTTCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTAt < 1:2867804/91‑1 (MQ=255) tatttGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTAt > 1:499365/1‑91 (MQ=255) tatctGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTAGAATTTGACCTAt < 1:3211815/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGa > 1:1002489/1‑91 (MQ=255) ttgttgCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAg < 1:908283/91‑1 (MQ=255) ttgttgCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAg < 1:4109325/91‑1 (MQ=255) ttgttgCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAg < 1:907205/91‑1 (MQ=255) gttgCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTg > 1:3763166/1‑91 (MQ=255) gttgCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTg > 1:313880/1‑91 (MQ=255) tCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCAc > 1:1086730/1‑91 (MQ=255) caacaaCTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCAcc > 1:3864004/1‑91 (MQ=255) caacaaCTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCAcc > 1:764036/1‑91 (MQ=255) caacaaCTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCAcc > 1:1869114/1‑91 (MQ=255) aacaacTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCt < 1:16209/91‑1 (MQ=255) gaggaacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTc > 1:390585‑M1/59‑91 (MQ=255) aacTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCa > 1:1581900/1‑91 (MQ=255) aacTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCa > 1:2464279/1‑91 (MQ=255) aacTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCa > 1:1857410/1‑91 (MQ=255) aacTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCa > 1:621027/1‑91 (MQ=255) acTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCaa < 1:3136487/91‑1 (MQ=255) aacagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAAt > 1:3262183‑M1/55‑91 (MQ=255) tAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTg < 1:2998265/91‑1 (MQ=255) cagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTg > 1:8411‑M1/53‑91 (MQ=255) cagggtgacacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTg > 1:8410‑M1/53‑91 (MQ=255) aaTTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGt < 1:4060227/91‑1 (MQ=255) tgcttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACt > 1:2171532/1‑91 (MQ=255) gcttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACtt < 1:1377821/91‑1 (MQ=255) gcttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACtt < 1:2669145/91‑1 (MQ=255) cttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACttt < 1:2102150/91‑1 (MQ=255) cttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACttt < 1:2102239/91‑1 (MQ=255) cttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACttt < 1:1919860/91‑1 (MQ=255) attgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACttt > 1:3992073/2‑91 (MQ=255) ttgcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTc > 1:1841126/1‑91 (MQ=255) acacagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTc > 1:1253213‑M1/46‑91 (MQ=255) gcCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCat < 1:3538233/91‑1 (MQ=255) acagaaggtacattagttggatatgcagataattatatgaaagTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCat > 1:3404086‑M1/44‑91 (MQ=255) cccTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCata < 1:2061878/91‑1 (MQ=255) cccTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCata < 1:1306725/91‑1 (MQ=255) cTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCAtata < 1:584849/91‑1 (MQ=255) cTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCAtata < 1:3451746/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAAt < 1:2591363/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAAt < 1:3111599/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAAt < 1:2906890/91‑1 (MQ=255) aTTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTa < 1:1659053/91‑1 (MQ=255) aTTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTa < 1:1659302/91‑1 (MQ=255) aaTGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTg < 1:454077/91‑1 (MQ=255) aaTGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTg < 1:669690/91‑1 (MQ=255) aTGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGc > 1:3030303/1‑91 (MQ=255) aTGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGc < 1:3901920/91‑1 (MQ=255) tGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCa > 1:3437908/1‑91 (MQ=255) aTAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCatat < 1:457973/91‑1 (MQ=255) tAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATc > 1:4146369/1‑91 (MQ=255) aaTTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATcc < 1:3720402/91‑1 (MQ=255) aaTTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATcc < 1:755072/91‑1 (MQ=255) gcttgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTa > 1:2336074/1‑91 (MQ=255) cttgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTaa < 1:436900/91‑1 (MQ=255) cttgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTaa < 1:441166/91‑1 (MQ=255) cttgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTaa < 1:495053/91‑1 (MQ=255) cttgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTaa > 1:2815342/1‑91 (MQ=255) ttgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAAt < 1:3278931/91‑1 (MQ=255) tgcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATg < 1:3340087/91‑1 (MQ=255) gcGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGt < 1:1698572/91‑1 (MQ=255) cGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTa < 1:2769582/91‑1 (MQ=255) gTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTAc < 1:1016514/91‑1 (MQ=255) tAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTAcc < 1:1876167/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCt < 1:1167730/91‑1 (MQ=255) ttttAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTc < 1:2618086/91‑1 (MQ=255) ttttAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTc < 1:2371882/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCtgtg > 1:1922989/1‑91 (MQ=255) aCTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTgtgt < 1:1039563/91‑1 (MQ=255) cTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTc > 1:3926461/1‑91 (MQ=255) cTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTc > 1:2997482/1‑91 (MQ=255) ttACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTCAcc < 1:795425/91‑1 (MQ=255) TACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTCAccc > 1:3356378‑M1/1‑91 (MQ=255) TACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTCAccc > 1:3479956‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTCTCTATCAGATTTATTTGTTGCGAAATCAACAACTTTAATTGCTTGCCCTTCATTTAATGGATAATTTGCTTGCGTAATTTTAACTTTTACAATTTGACCTATGAGTGATTCGTCACCTTCAAATTGTACTTTCATATAATTATCTGCATATCCAACTAATGTACCTTCTGTGTCACCC > USA300TCH1516_ALE/1685689‑1685869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |