| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1721519 = | 80 (0.810) | 5 (0.060) | 5/142 | NT | 6.2% | intergenic (‑236/+49) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1721556 = | 80 (0.920) | intergenic (‑273/+12) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
ATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTC > USA300TCH1516_ALE/1721430‑1721609 | attcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATA > 1:985192‑M1/1‑91 (MQ=255)attcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATA > 1:1770773‑M1/1‑91 (MQ=255) ttcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATAC > 1:3140083‑M1/1‑91 (MQ=255) taagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTAc < 1:3799358‑M1/3‑1 (MQ=255) tcatATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACT > 1:2895534‑M1/1‑91 (MQ=255) aagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaggaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTAct > 1:3308976‑M1/88‑91 (MQ=255) aagttagtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTAct > 1:1498629‑M1/88‑91 (MQ=255) catATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTC < 1:651512‑M1/91‑1 (MQ=255) catATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTC > 1:2061780‑M1/1‑91 (MQ=255) atatAAAATTTAATTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAATTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCT < 1:4142568‑M1/91‑1 (MQ=255) atatAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCT < 1:970121‑M1/91‑1 (MQ=255) agtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaangntttNACTCTTGc < 1:593136‑M1/9‑1 (MQ=255) agtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGc < 1:2518538‑M1/9‑1 (MQ=255) agtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGc > 1:196130‑M1/83‑91 (MQ=255) aaaaTTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGcc < 1:2847245/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGcc < 1:579397/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTc < 1:15621/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTc > 1:3899083/1‑91 (MQ=255) ttAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTcccc < 1:3648449/91‑1 (MQ=255) tAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCa > 1:71784/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATc > 1:2523109/1‑91 (MQ=255) cTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCt > 1:1040431/1‑91 (MQ=255) cTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCt > 1:615595/1‑91 (MQ=255) cTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCt > 1:1435518/1‑91 (MQ=255) tAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTa > 1:4097739/1‑91 (MQ=255) aGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTaa < 1:52506/91‑1 (MQ=255) gATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAg > 1:314145/1‑91 (MQ=255) gATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAg > 1:1595743/1‑91 (MQ=255) atatTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAgg < 1:3065040/91‑1 (MQ=255) ttACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggc < 1:2484329‑M1/91‑22 (MQ=255) tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca < 1:1886039‑M2/91‑4 (MQ=255) tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca > 1:3579230‑M2/1‑88 (MQ=255) tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca < 1:1887156‑M2/91‑4 (MQ=255) gaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCa > 1:3722492‑M1/61‑91 (MQ=255) aatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCaa > 1:2826053‑M1/60‑91 (MQ=255) ccATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaag > 1:3466640‑M2/1‑86 (MQ=255) atgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAag > 1:683867‑M1/59‑91 (MQ=255) cATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaaga < 1:3874768‑M1/91‑26 (MQ=255) tatTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagt < 1:2028917‑M1/91‑28 (MQ=255) tatTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagt < 1:3069136‑M1/91‑28 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagta < 1:2245148‑M1/91‑29 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagta < 1:2808679‑M1/91‑29 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:655974‑M2/91‑10 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACACTGCTTGACCTAAAAAATACTCATGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:3306213‑M2/91‑10 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:4008442/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa > 1:350741/1‑91 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtatttt < 1:3712914‑M2/91‑14 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtatttt < 1:3712639‑M2/91‑14 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAAt < 1:4073631/91‑1 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:3943191/1‑91 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc < 1:3788031/91‑1 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:3942954/1‑91 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:228211/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttt < 1:912474/91‑1 (MQ=255) 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taAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattat > 1:1463082/1‑91 (MQ=255) taAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattat > 1:1463224/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt > 1:1295870/1‑91 (MQ=255) gCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttct < 1:3380319/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCACGAGTAAAATCTTTTTAATTAttctt > 1:2815857/1‑91 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:1114625/91‑1 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa > 1:3564498/1‑91 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:2274021/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |