| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1732959 = | 88 (0.890) | 12 (0.140) | 8/136 | NT | 12.3% | intergenic (+145/+92) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1733016 = | 97 (1.160) | intergenic (+202/+35) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGA > USA300TCH1516_ALE/1732870‑1733047 | tatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTg < 1:319635‑M1/2‑1 (MQ=255)tatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTg < 1:3055717‑M1/2‑1 (MQ=255)gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATG > 1:301214‑M1/1‑91 (MQ=255)gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATG < 1:3817561‑M1/91‑1 (MQ=255)gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATG < 1:2091270‑M1/91‑1 (MQ=255)gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATG > 1:571104‑M1/1‑91 (MQ=255) tAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGA < 1:3217364‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGA < 1:81899‑M1/91‑1 (MQ=255) atacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGa > 1:2937999‑M1/89‑91 (MQ=255) atacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGa > 1:875443‑M1/89‑91 (MQ=255) aaCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAA > 1:2004719‑M1/1‑91 (MQ=255) acaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGaaa > 1:96745‑M1/87‑91 (MQ=255) aCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAA > 1:873681‑M1/1‑91 (MQ=255) caggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAg > 1:924310‑M1/86‑91 (MQ=255) caggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAg > 1:2081967‑M1/86‑91 (MQ=255) caggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAg > 1:2229494‑M1/86‑91 (MQ=255) caggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAg > 1:3432792‑M1/86‑91 (MQ=255) gCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCG < 1:1802592‑M1/91‑1 (MQ=255) gCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCG < 1:1851260‑M1/91‑1 (MQ=255) gatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAgcgc > 1:1186937‑M1/83‑91 (MQ=255) cATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGC < 1:4040557‑M1/91‑1 (MQ=255) atcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGcc > 1:2301654‑M1/82‑91 (MQ=255) atcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGcc > 1:1235955‑M1/82‑91 (MQ=255) aTTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAACTATGAAAGCGCC > 1:4104450‑M1/1‑91 (MQ=255) tttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCC > 1:1809948‑M1/1‑91 (MQ=255) tttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCC < 1:1167536‑M1/91‑1 (MQ=255) tttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCC > 1:1937601‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGAACGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTGGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCt < 1:3856905/91‑1 (MQ=255) tgaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCtt > 1:665668/1‑91 (MQ=255) gaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTc < 1:880405/91‑1 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt < 1:2906118/91‑1 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt < 1:1897731/91‑1 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt < 1:52228/91‑1 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt < 1:749883/91‑1 (MQ=255) aaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACttt < 1:2736727/91‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 1:2814056/91‑1 (MQ=255) gTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACt > 1:2933184/1‑91 (MQ=255) tCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACtg > 1:1114895/1‑91 (MQ=255) tCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACtg > 1:388176/1‑91 (MQ=255) tttATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACtgtg > 1:1697484/1‑91 (MQ=255) tttATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACtgtg > 1:3421510/1‑91 (MQ=255) gTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAgtg < 1:495455/91‑1 (MQ=255) cAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGttt > 1:4063287/1‑91 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:2284500/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:2284127/91‑1 (MQ=255) agataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAt > 1:1700039‑M1/52‑91 (MQ=255) tCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagt < 1:1046205‑M1/91‑30 (MQ=255) gataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAtt > 1:2101138‑M1/51‑91 (MQ=255) cATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagtt < 1:2617328‑M1/91‑31 (MQ=255) taaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTg > 1:513066‑M1/49‑91 (MQ=255) ttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGAt < 1:3715463/91‑1 (MQ=255) ttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGAt > 1:1010966/1‑91 (MQ=255) tATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATg > 1:1721052‑M2/1‑90 (MQ=255) tATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATg > 1:366638‑M2/1‑90 (MQ=255) agagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATg > 1:2026811‑M1/46‑91 (MQ=255) agagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATg > 1:1825729‑M1/46‑91 (MQ=255) gagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgg > 1:536842‑M1/45‑91 (MQ=255) gagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgg > 1:3306623‑M1/45‑91 (MQ=255) atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaagg < 1:1990287‑M1/91‑36 (MQ=255) atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaagg < 1:3139688‑M1/91‑36 (MQ=255) aTTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgg > 1:2438465‑M2/1‑89 (MQ=255) ttttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggg < 1:2814698‑M2/91‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |