| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747122 = | 113 (1.150) | 15 (0.180) | 10/132 | NT | 16.7% | intergenic (‑156/+47) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1747161 = | 56 (0.690) | intergenic (‑195/+8) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 | |||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TAAATAATCAAGACTTTAATTATACCA‑TTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTT > USA300TCH1516_ALE/1747033‑1747207 | tAAATAATCAAGACTTTAATTATACCA‑TTTTATAAAAATGAATGAGGGAACTTTTTTTTATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTaaaaa < 1:3316053/91‑1 (MQ=255) aaaTAATCAAGACTTTAATTATACCA‑TTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAg < 1:2101340/91‑1 (MQ=255) gtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAg > 1:1721972‑M1/89‑91 (MQ=255) tcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaaggaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGc > 1:3289776‑M1/88‑91 (MQ=255) tcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattTAGc < 1:3339296‑M1/4‑1 (MQ=255) tcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGc < 1:3339409‑M1/4‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |