| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747122 = | 113 (1.150) | 15 (0.180) | 10/132 | NT | 16.7% | intergenic (‑156/+47) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1747161 = | 56 (0.690) | intergenic (‑195/+8) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTT > USA300TCH1516_ALE/1747071‑1747251 | gaatgCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTaa < 1:4106769/91‑1 (MQ=255) gaatgCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTaa > 1:364909/1‑91 (MQ=255) atgCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAAtt < 1:1875547/91‑1 (MQ=255) gCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCa > 1:1553836/1‑91 (MQ=255) cGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAt > 1:3531901/1‑91 (MQ=255) agaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAt > 1:3704421‑M1/46‑91 (MQ=255) 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atgaattaagcggtatgtgaaacaataaagagttcacataccgcttAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtttcttttct > 1:3704421‑M2/47‑91 (MQ=255) aaGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtttcttttct > 1:1064067/1‑91 (MQ=255) aaGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtttcttttct > 1:2779189/1‑91 (MQ=255) ttaagcggtatgtgaaacaataaagagttcacataccgcttAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTtata > 1:835064‑M2/42‑91 (MQ=255) AGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATAc > 1:342702‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATAc > 1:342732‑M1/1‑91 (MQ=255) CGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACaa < 1:2692187‑M1/91‑1 (MQ=255) GGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAAc > 1:3086163‑M1/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |