| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1803618 | 64 (0.650) | 8 (0.090) | 3/142 | NT | 9.6% | coding (250/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1911906 = | 94 (1.080) | coding (28/609 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein | |||||
CATATAAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGTTTTGCTCACTACCATAACCTGCATCAGCTACAAT > USA300TCH1516_ALE/1803530‑1803708 | cATATAAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACa < 1:550335/91‑1 (MQ=39) atatAAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACAt < 1:3213107/91‑1 (MQ=39) atatAAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACAt > 1:1368467/1‑91 (MQ=38) tataAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATg < 1:964403/91‑1 (MQ=39) ataAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGc < 1:2378185/91‑1 (MQ=39) taAATTCATTATTAAGTTCGTCATACTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGcc < 1:387256/91‑1 (MQ=255) aaaTTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTACTAAACATGCCa > 1:3764149/1‑91 (MQ=255) aTTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATa > 1:1232926/1‑91 (MQ=39) aTTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATa < 1:3493773/91‑1 (MQ=39) aTTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATa > 1:1650751/1‑91 (MQ=39) ttCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATAc < 1:2100110/91‑1 (MQ=39) cATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGt > 1:3107934/1‑91 (MQ=39) cATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGt < 1:2427439/91‑1 (MQ=39) cATTATTAAGTTAGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATGCGt > 1:3207163/1‑91 (MQ=255) cATGATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGt < 1:3339595/91‑1 (MQ=18) ttattaAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGtaa > 1:933696/1‑91 (MQ=35) ttattaAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGtaa > 1:3148676/1‑91 (MQ=37) ttagtaAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGtaa < 1:3342410/91‑1 (MQ=25) attaAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGtaata > 1:3982140/1‑91 (MQ=34) attaAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGtaata < 1:1295247/91‑1 (MQ=34) attaAGTTCGTCATATTTCCAATTTTAAGTGTTGAAAATGTCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgt < 1:481969‑M1/91‑17 (MQ=255) aGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTg < 1:1403769/91‑1 (MQ=34) aGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTg < 1:237095/91‑1 (MQ=34) aGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTg < 1:1246316/91‑1 (MQ=34) gTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTgg > 1:3629341/1‑91 (MQ=34) ttCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGc > 1:2428469/1‑91 (MQ=34) tCGTCATCTTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCg < 1:2066514/91‑1 (MQ=21) tCGTCATCTTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCg < 1:2066563/91‑1 (MQ=21) cGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGt < 1:3107428/91‑1 (MQ=34) cGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGt > 1:1935344/1‑91 (MQ=34) gTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTATAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGtt > 1:3482133/1‑91 (MQ=21) atatTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTtta < 1:1544525/91‑1 (MQ=33) atatTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTtta < 1:1474397/91‑1 (MQ=34) tatTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTttat > 1:1297754/1‑91 (MQ=34) tttCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttatta < 1:3860146‑M1/91‑32 (MQ=255) tttCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTttatta > 1:606236/1‑91 (MQ=33) tttCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTttatta > 1:1327833/1‑91 (MQ=34) tttCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTttatta > 1:968600/1‑91 (MQ=34) tttCCAATTTTAAGTGTTGAAAATGTCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttatta < 1:2673545‑M1/91‑32 (MQ=255) ttCCAATTTTAAGTGTTGAAAATGTCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAcatgccacttattacgtatggcatgtttatta < 1:4084695‑M1/91‑33 (MQ=255) ccAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaag < 1:2913015‑M1/91‑35 (MQ=255) ccAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTaaaa > 1:2454740/1‑91 (MQ=34) cAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAat > 1:3911014/1‑91 (MQ=34) aaTTTTGAGTGTTGAAAATGTCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagat < 1:1751574‑M1/91‑37 (MQ=255) aTTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatca < 1:1818038/91‑1 (MQ=34) aTTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatca > 1:2318235/1‑91 (MQ=34) ttttGAGTGTTGAAAATGTCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataa < 1:2684444‑M1/91‑39 (MQ=255) ttttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatcat < 1:2787007/91‑1 (MQ=34) tttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatcatc > 1:2489990/1‑91 (MQ=34) tttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatcatc < 1:2259264/91‑1 (MQ=34) tttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatcatc < 1:2259769/91‑1 (MQ=34) tttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatcatc < 1:2387185/91‑1 (MQ=34) tttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAatcatc > 1:2489768/1‑91 (MQ=34) ttGGGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCt < 1:3734676/91‑1 (MQ=21) ttGGGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCt < 1:3734458/91‑1 (MQ=21) ttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCt < 1:1528923/91‑1 (MQ=34) ttGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCt < 1:2680986/91‑1 (MQ=33) tGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaac < 1:162169‑M1/91‑42 (MQ=255) gAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCtat > 1:3118108/1‑91 (MQ=34) gAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCtat > 1:3118484/1‑91 (MQ=34) gAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCtat < 1:359048/91‑1 (MQ=34) aGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCtata > 1:1778884/1‑91 (MQ=34) 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ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGt < 1:494015/91‑1 (MQ=31) ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGt < 1:493954/91‑1 (MQ=31) ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGt < 1:493860/91‑1 (MQ=31) ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGt < 1:270546/91‑1 (MQ=31) ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGt > 1:2129418/1‑91 (MQ=31) ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGt < 1:2556291/91‑1 (MQ=31) ccACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCCATAATAGCCATATAGt < 1:1560661/91‑1 (MQ=14) ttAATAAAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaa > 1:3821029‑M1/1‑8 (MQ=255) taataaAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaa < 1:3004049‑M1/91‑85 (MQ=255) ataaAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaata > 1:2192088‑M1/1‑5 (MQ=255) ataaAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaata > 1:2279244‑M1/1‑5 (MQ=255) taaAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatat < 1:1018023‑M1/91‑88 (MQ=255) taaAacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatat < 1:1018383‑M1/91‑88 (MQ=255) aaaacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatatg < 1:262782‑M1/91‑89 (MQ=255) aaaacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatatg > 1:2671778‑M1/1‑3 (MQ=255) aaaacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatatg > 1:2477486‑M1/1‑3 (MQ=255) aaacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatgtga > 1:3211717‑M1/1‑2 (MQ=255) aaacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatatga > 1:865065‑M1/1‑2 (MQ=255) aaacgccacttactacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatgtga > 1:3211694‑M1/1‑2 (MQ=255) aacgccacttattacgtatggcatgtttattaaagataaaactagaaagtttaaaagtgacattttcaacactcaaaattggaaatatgac < 1:3981184‑M1/91‑91 (MQ=255) | CATATAAATTCATTATTAAGTTCGTCATATTTCCAATTTTGAGTGTTGAAAATGCCACTTTTAAACTTTCTAGTTTTATCTTTAATAAACATGCCATACGTAATAAGTGGCGTTTTATTAAAATCATCTATAATAGCCATATAGTTTTGCTCACTACCATAACCTGCATCAGCTACAAT > USA300TCH1516_ALE/1803530‑1803708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |