New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1803618 | 64 (0.650) | 8 (0.090) | 3/142 | NT | 9.6% | coding (250/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1911906 = | 94 (1.080) | coding (28/609 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AATGATTCAAAATACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTCAAAATTGGAAATATGACG > USA300TCH1516_ALE/1911816‑1911996 | aaTGATTCAAAATACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATaaaa < 1:535272/91‑1 (MQ=255) aaTGATTCAAAATACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATaaaa > 1:2670233/1‑91 (MQ=255) aTGATTCAAAATACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAAc < 1:288846/91‑1 (MQ=255) gATTCAAAATACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGc > 1:1393505/1‑91 (MQ=255) aTTCAAAATACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGcc < 1:2125306/91‑1 (MQ=255) aaaTACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACtta > 1:3059584/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACtta > 1:3059161/1‑91 (MQ=255) aTACCTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACttatt > 1:2098632/1‑91 (MQ=255) ccTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACg > 1:948908/1‑91 (MQ=255) cTTCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGt < 1:1262645/91‑1 (MQ=255) attaagttcgtcatatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaaACGCCACTTATTACGt < 1:481969‑M2/16‑1 (MQ=255) ttCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTa < 1:1372483/91‑1 (MQ=255) ttCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTa < 1:1372362/91‑1 (MQ=255) ttCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTa < 1:1677077/91‑1 (MQ=255) ttCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTa < 1:1677448/91‑1 (MQ=255) ttCGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTa > 1:1740909/1‑91 (MQ=255) cGGTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATg > 1:1869762/1‑91 (MQ=255) ggTTATTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATgg < 1:1376564/91‑1 (MQ=255) aTTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATg < 1:2789512/91‑1 (MQ=37) aTTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATg > 1:1374915/1‑91 (MQ=37) tttGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGt < 1:3790113/91‑1 (MQ=35) tttGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGt > 1:3099510/1‑91 (MQ=35) tGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGttt < 1:3608541/91‑1 (MQ=34) aGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatt > 1:162553/1‑91 (MQ=34) tttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaaACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatta < 1:2673545‑M2/31‑1 (MQ=255) gCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatta < 1:1154976/91‑1 (MQ=34) gCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatta > 1:83888/1‑91 (MQ=34) gCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatta > 1:214732/1‑91 (MQ=34) tGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTaaa < 1:1739609/91‑1 (MQ=34) tGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTaaa < 1:2192753/91‑1 (MQ=34) 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tGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGa < 1:3971777/91‑1 (MQ=34) ggTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGaa > 1:2456400/1‑91 (MQ=34) ggTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGaa > 1:408958/1‑91 (MQ=34) gTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGaaa > 1:3054513/1‑91 (MQ=34) tAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAg < 1:388019/91‑1 (MQ=34) tAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAg < 1:387925/91‑1 (MQ=33) gTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATATAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGtt < 1:2993070/91‑1 (MQ=18) tGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGACATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGttt < 1:3741426/91‑1 (MQ=21) 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tatGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACAtt > 1:1764471/1‑91 (MQ=34) tatGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACAtt > 1:1764412/1‑91 (MQ=34) tGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACAtttt > 1:435647/1‑91 (MQ=34) gCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCa > 1:1823174/1‑91 (MQ=33) ataGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTc < 1:1475059/91‑1 (MQ=31) taGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTCa > 1:2717208/1‑91 (MQ=32) aGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTCaa > 1:3057887/1‑91 (MQ=33) aGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTCaa < 1:614806/91‑1 (MQ=33) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |