| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1822873 | 81 (0.820) | 9 (0.100) | 6/142 | NT | 10.5% | intergenic (+194/+52) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1822899 | 82 (0.940) | intergenic (+220/+26) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
AATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAT > USA300TCH1516_ALE/1822787‑1822963 | aaTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctc > 1:1655392/1‑91 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:3276675/91‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:3122178/91‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:2583230/91‑1 (MQ=255) tcttctTCGACTACTTAATCCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGACTAcctcct > 1:187637/1‑91 (MQ=255) tcttcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACa < 1:1501226/91‑1 (MQ=255) cttcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACat < 1:3621305/91‑1 (MQ=255) tcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGCCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACatat > 1:3496346/1‑91 (MQ=255) tcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGCCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACatat > 1:3496096/1‑91 (MQ=255) tcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACatat < 1:1403498/91‑1 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAtata < 1:1006763/91‑1 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCCCCTACAtata < 1:3020021/91‑1 (MQ=255) gACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATaa < 1:1052745/91‑1 (MQ=255) aaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataattttcaaacaatacaaaAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGt > 1:1560913‑M1/65‑91 (MQ=255) ctTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTa > 1:3799757/1‑91 (MQ=255) tAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGc > 1:3048916/1‑91 (MQ=255) tAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGc < 1:2715262/91‑1 (MQ=255) tatggttgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:3155301‑M1/60‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:2999783/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:2992895/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:3440244/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:1200704/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGga < 1:2403612/91‑1 (MQ=255) tCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGgag > 1:747971/1‑91 (MQ=255) ttgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATa > 1:4088026‑M1/55‑91 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggta < 1:3099618‑M1/91‑29 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAta < 1:2216423‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAta < 1:2374487‑M2/91‑3 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtag < 1:180695‑M1/91‑30 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtag < 1:2216453‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtag < 1:1404146‑M2/91‑4 (MQ=255) aaGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtaga > 1:589303‑M2/1‑87 (MQ=255) gATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtagacg < 1:3987073‑M1/91‑33 (MQ=255) gATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtagacg < 1:3986212‑M1/91‑33 (MQ=255) gATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacg < 1:2202676‑M2/91‑7 (MQ=255) atatTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgc > 1:3277020‑M2/1‑84 (MQ=255) atTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctt > 1:488391‑M2/1‑82 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat > 1:1449052/1‑91 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat < 1:1769970/91‑1 (MQ=255) tatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt > 1:2671650‑M1/42‑91 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:4018082/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:2908484/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:2907730/91‑1 (MQ=255) aaGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatttat < 1:348610/91‑1 (MQ=255) aaGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatttat < 1:3316759/91‑1 (MQ=255) gagaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATatttattt > 1:3749765/1‑91 (MQ=255) agaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATAtttattta > 1:2105257/1‑91 (MQ=255) gaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaa < 1:916334/91‑1 (MQ=255) gaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaa < 1:1178634/91‑1 (MQ=255) tcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:3967766‑M1/34‑91 (MQ=255) tcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:2812309‑M1/34‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:865271/1‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:1308390/1‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAATTATATGTAG‑‑GAGGtagacgctttttgtattgtttgaaa > 1:1752203‑M2/1‑66 (MQ=255) 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cTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattctttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatctta < 1:3316064‑M2/91‑63 (MQ=255) CTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCa < 1:1828109‑M1/91‑1 (MQ=255) CTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCa < 1:2505454‑M1/91‑1 (MQ=255) tAtctccgctacaattatatgtaggaggtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatcttaa < 1:2374487‑M1/91‑90 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt < 1:3365381‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt < 1:3365343‑M1/91‑1 (MQ=255) | AATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAT > USA300TCH1516_ALE/1822787‑1822963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |