New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1822873 | 81 (0.820) | 9 (0.100) | 6/142 | NT | 10.5% | intergenic (+194/+52) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1822899 | 82 (0.940) | intergenic (+220/+26) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATA > USA300TCH1516_ALE/1822811‑1822988 | ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAta < 1:2216423‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAta < 1:2374487‑M2/91‑3 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtag < 1:2216453‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtag < 1:1404146‑M2/91‑4 (MQ=255) aGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagac < 1:1940153‑M2/91‑6 (MQ=255) atatTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgc > 1:3277020‑M2/1‑84 (MQ=255) atTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctt > 1:488391‑M2/1‑82 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat < 1:1769970/91‑1 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat > 1:1449052/1‑91 (MQ=255) tatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt > 1:2671650‑M1/42‑91 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:2908484/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:4018082/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:2907730/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:4018362/91‑1 (MQ=255) aaGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatttat < 1:348610/91‑1 (MQ=255) aaGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatttat < 1:3316759/91‑1 (MQ=255) gagaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATatttattt > 1:3749765/1‑91 (MQ=255) agaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATAtttattta > 1:2105257/1‑91 (MQ=255) gaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaa < 1:916334/91‑1 (MQ=255) gaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaa < 1:1178634/91‑1 (MQ=255) tcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:2812309‑M1/34‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:1308390/1‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:865271/1‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAATTATATGTAG‑‑GAGGtagacgctttttgtattgtttgaaa > 1:1752203‑M2/1‑66 (MQ=255) aCATTACAATAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:1376458/1‑91 (MQ=255) cATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaaa < 1:2909977/91‑1 (MQ=255) tACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAatt > 1:679473/1‑91 (MQ=255) acacTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAatta > 1:1362307/1‑91 (MQ=255) gTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTaa > 1:304506/1‑91 (MQ=255) gTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTaa > 1:2115352/1‑91 (MQ=255) ttAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTaaa > 1:1241585/1‑91 (MQ=255) tAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAac > 1:3385892/1‑91 (MQ=255) tAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAac < 1:2782581/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAacc < 1:236906/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAacc < 1:236986/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAacc < 1:237062/91‑1 (MQ=255) tttCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAaccacc < 1:4133028/91‑1 (MQ=255) tttCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAaccacc < 1:3522038/91‑1 (MQ=255) tCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGa < 1:3685160/91‑1 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:2392391/1‑91 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:3174655/1‑91 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:3175411/1‑91 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:1488522/1‑91 (MQ=255) aCAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGt > 1:521922/1‑91 (MQ=255) cAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTc < 1:3445763/91‑1 (MQ=255) cAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTc > 1:2208622/1‑91 (MQ=255) aaTACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCa > 1:1053279/1‑91 (MQ=255) aCAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATaa < 1:955697/91‑1 (MQ=255) cAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAAc > 1:1895911/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAACTTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACa > 1:516793/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACAt > 1:3436638/1‑91 (MQ=255) aaaGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATc < 1:3112958/91‑1 (MQ=255) aaaGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATc > 1:729825/1‑91 (MQ=255) gCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatat < 1:1613172‑M2/91‑59 (MQ=255) GCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACg < 1:3106286‑M1/91‑1 (MQ=255) cGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatc < 1:3987073‑M2/91‑60 (MQ=255) cGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatc < 1:3986212‑M2/91‑60 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:711680‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:895373‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:2490121‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:1886542‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:1886570‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATAATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg < 1:3529812‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGc > 1:1454968‑M1/1‑91 (MQ=255) cTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatctta < 1:732360‑M2/91‑63 (MQ=255) cTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatctta < 1:180695‑M2/91‑63 (MQ=255) cTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattctttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatctta < 1:3316064‑M2/91‑63 (MQ=255) CTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCa < 1:2505454‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt < 1:3365343‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt > 1:2233534‑M1/1‑91 (MQ=255) ctcctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCa < 1:291452/91‑1 (MQ=255) ctcctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATCATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCa > 1:2049319/1‑91 (MQ=255) tcctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCAt > 1:2426314/1‑91 (MQ=255) tcctACATATAACTGTAGCGGAGAtagacgctttttgtattgtttgaaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatcttaaagaa < 1:3186088‑M2/91‑68 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc < 1:3019616/91‑1 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc > 1:2827351/1‑91 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc < 1:31163/91‑1 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc < 1:3765094/91‑1 (MQ=255) ctACATATAATTATAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc > 1:3177839/1‑91 (MQ=255) tACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACt < 1:1678754/91‑1 (MQ=255) tACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACt < 1:1679304/91‑1 (MQ=255) aCATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACtt < 1:2882383/91‑1 (MQ=255) cATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACttt > 1:2834019/1‑91 (MQ=255) tataATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttct < 1:1091450/91‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttctt < 1:806793/91‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttctt < 1:3147531/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc > 1:1371075/1‑91 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc < 1:511092/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc < 1:511312/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc < 1:3553618/91‑1 (MQ=255) aTTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCAt > 1:1810937/1‑91 (MQ=255) aTTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCAt > 1:4136225/1‑91 (MQ=255) aTTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCAt > 1:3793916/1‑91 (MQ=255) gTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTg > 1:2631926/1‑91 (MQ=255) gTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTg > 1:4121433/1‑91 (MQ=255) tAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGt > 1:617088/1‑91 (MQ=255) cGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTgg < 1:3082904/91‑1 (MQ=255) gagaTAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGaa > 1:2645409/1‑91 (MQ=255) agaTAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAAt > 1:699839/1‑91 (MQ=255) gaTAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATa > 1:1299405/1‑91 (MQ=255) | TTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATA > USA300TCH1516_ALE/1822811‑1822988 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |