| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1834059 = | 78 (0.790) | 7 (0.080) | 6/138 | NT | 10.1% | intergenic (+8/‑106) | osmC/USA300HOU_RS09140 | Peroxiredoxin OsmC/Soluble hydrogenase 42 kDa subunit |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1834098 = | 58 (0.680) | intergenic (+47/‑67) | osmC/USA300HOU_RS09140 | Peroxiredoxin OsmC/Soluble hydrogenase 42 kDa subunit | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGCAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAGGCTTTTAAATTTTCAGAAAATTTGCTAAAATAGTGAAATCTTATTT > USA300TCH1516_ALE/1833969‑1834149 | aacaacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaa > 1:2159240‑M1/91‑91 (MQ=255) gCAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAg < 1:547538/91‑1 (MQ=255) caacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAg < 1:1172162‑M1/3‑1 (MQ=255) cAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGt < 1:930251/91‑1 (MQ=255) cAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGt < 1:929853/91‑1 (MQ=255) aacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGt > 1:1381176‑M1/88‑91 (MQ=255) aacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGt > 1:2465549‑M1/88‑91 (MQ=255) aacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGt < 1:680040‑M1/4‑1 (MQ=255) aacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGt > 1:1381439‑M1/88‑91 (MQ=255) aacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGt < 1:680449‑M1/4‑1 (MQ=255) acggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTg < 1:3786766‑M1/5‑1 (MQ=255) aGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTg > 1:2676204/1‑91 (MQ=255) aGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTg > 1:1082740/1‑91 (MQ=255) aGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTAGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTACGTg > 1:1211949/1‑91 (MQ=255) ggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaaagcgat < 1:3737469‑M1/7‑5 (MQ=255) ggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGAt < 1:2957088‑M1/7‑1 (MQ=255) ggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGAt < 1:2476997‑M1/7‑1 (MQ=255) ggttgatgacaatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGAt > 1:3722780‑M1/85‑91 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATa < 1:2298614/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATa < 1:2299217/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATa < 1:1982242/91‑1 (MQ=255) tgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAAc < 1:2791302‑M1/10‑1 (MQ=255) tgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAAc < 1:70270‑M1/10‑1 (MQ=255) taatTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACg < 1:1439870/91‑1 (MQ=255) aatTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGt > 1:259462/1‑91 (MQ=255) atTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGtt < 1:3927812/91‑1 (MQ=255) atTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGtt < 1:3927907/91‑1 (MQ=255) tGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTg < 1:1399127/91‑1 (MQ=255) tGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTg < 1:231190/91‑1 (MQ=255) gCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGt > 1:2694384/1‑91 (MQ=255) gCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGt > 1:3836899/1‑91 (MQ=255) gCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGt > 1:3924702/1‑91 (MQ=255) acATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGt > 1:4127786/2‑91 (MQ=255) tGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCg < 1:55298/91‑1 (MQ=255) gATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGa < 1:2888241/91‑1 (MQ=255) aTTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGAc < 1:1308950/91‑1 (MQ=255) ttCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACaa < 1:886198/91‑1 (MQ=255) ttCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACaa > 1:2770364/1‑91 (MQ=255) aaaTACTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAatat > 1:3278970/1‑91 (MQ=255) aaTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAAtata > 1:2215259/1‑91 (MQ=255) aaTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAAtata > 1:3709732/1‑91 (MQ=255) tGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGc > 1:3440194/1‑91 (MQ=255) tGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGc > 1:3888099/1‑91 (MQ=255) cTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGt > 1:3422707/1‑91 (MQ=255) tcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTa > 1:982607‑M1/59‑91 (MQ=255) gTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTa < 1:2806993/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTAGACAATATAGCGTTa < 1:2247162/91‑1 (MQ=255) tAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTAt < 1:740000/91‑1 (MQ=255) cctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTAt > 1:103527‑M1/58‑91 (MQ=255) tataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCa > 1:3036626‑M1/56‑91 (MQ=255) aGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCCGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCa > 1:3495673/1‑91 (MQ=255) gAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCAc < 1:465557/91‑1 (MQ=255) gAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCAc > 1:3184649/1‑91 (MQ=255) ataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCAc > 1:2831050‑M1/55‑91 (MQ=255) ataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCAc > 1:152628‑M1/55‑91 (MQ=255) taaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACt > 1:236796‑M1/54‑91 (MQ=255) aaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtt > 1:90436‑M1/53‑91 (MQ=255) taatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtttt > 1:3077518/1‑91 (MQ=255) taatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtttt > 1:3496151/1‑91 (MQ=255) atGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtttttt > 1:1356159/1‑91 (MQ=255) atGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtttttt > 1:4119198/1‑91 (MQ=255) gtgGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAg > 1:972951/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |