New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1836934 = | 65 (0.660) | 15 (0.180) | 8/132 | NT | 21.3% | intergenic (+18/+132) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1836982 = | 57 (0.700) | intergenic (+66/+84) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1837024 | tataATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCA < 1:526544‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtaatttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaaa > 1:2198074‑M1/90‑91 (MQ=255) ataATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCCAATTTTCACAACTGAATTGACTGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:3307971‑M1/1‑91 (MQ=255) ataATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:2561770‑M1/1‑91 (MQ=255) ataATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:479408‑M1/1‑91 (MQ=255) taatttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaaaaa < 1:865057‑M1/4‑1 (MQ=255) aaTTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 1:109223‑M1/1‑91 (MQ=255) aatttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAAt < 1:1576678‑M1/5‑1 (MQ=255) aTTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAtg < 1:1895514‑M1/91‑3 (MQ=255) ttGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATG < 1:149254‑M1/91‑1 (MQ=255) ttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGcc > 1:1037422‑M1/84‑91 (MQ=255) ttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGcc > 1:2427941‑M1/84‑91 (MQ=255) gatgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCC > 1:1343064‑M1/1‑91 (MQ=255) atgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA > 1:1512039‑M1/1‑91 (MQ=255) tgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 1:2653931‑M1/1‑91 (MQ=255) tgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:1455363‑M1/91‑1 (MQ=255) gattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaa < 1:1630714‑M1/10‑1 (MQ=255) gaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAG < 1:2699035‑M1/91‑1 (MQ=255) gaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAG < 1:2805029‑M1/91‑1 (MQ=255) tgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaagaa < 1:3989976‑M1/13‑1 (MQ=255) tgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaagaa < 1:2252643‑M1/13‑1 (MQ=255) tgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaagaa < 1:307702‑M1/13‑1 (MQ=255) aCTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 1:181052‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 1:3811691‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG > 1:1271987‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga < 1:4039096/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACa < 1:3705661/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACa < 1:3705688/91‑1 (MQ=255) aaGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatgga < 1:2868583‑M1/91‑8 (MQ=255) aGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGa > 1:1372084/1‑91 (MQ=255) ttGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAtt > 1:3389042/1‑91 (MQ=255) tGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTa < 1:1871079/91‑1 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc < 1:3892376/91‑1 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt < 1:2280809/91‑1 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt < 1:572685/91‑1 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt < 1:348633/91‑1 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATGGACGGTACAGTCATAAACAATGTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt < 1:2445231/91‑1 (MQ=255) gAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTc > 1:442395/1‑91 (MQ=255) aTACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCa < 1:1207464/91‑1 (MQ=255) aTACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCa < 1:1439739/91‑1 (MQ=255) tgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 1:2588458‑M1/59‑91 (MQ=255) tgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 1:2587999‑M1/59‑91 (MQ=255) tgtagtgaaggagtgaacgaaaggtttcatatggagggacaaggaaattaataaggaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 1:1086943‑M1/59‑91 (MQ=255) aCAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatg < 1:2972479‑M1/91‑20 (MQ=255) aCAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt < 1:614459/91‑1 (MQ=255) gtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTg > 1:2413102‑M1/58‑91 (MQ=255) cAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgt < 1:1925965‑M1/91‑21 (MQ=255) cAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTg < 1:3261916/91‑1 (MQ=255) tagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGc > 1:501444‑M1/57‑91 (MQ=255) agtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGct > 1:71998‑M1/56‑91 (MQ=255) agtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGct > 1:3827026‑M1/56‑91 (MQ=255) gaattattgaatcaaaggtttgatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAATTACCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttct > 1:1004033‑M1/53‑91 (MQ=255) atggtttcacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttct > 1:339524‑M2/5‑86 (MQ=255) aaaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttct < 1:1453831‑M1/91‑26 (MQ=255) aaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttctt > 1:2171356‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttg > 1:940107‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttg < 1:3142604‑M2/91‑8 (MQ=255) gattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGc > 1:2151144‑M1/49‑91 (MQ=255) gattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGc > 1:2271062‑M1/49‑91 (MQ=255) ttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggca < 1:2316820‑M1/91‑31 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 1:2187874‑M2/91‑13 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 1:2015863‑M2/91‑13 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 1:2733523‑M2/91‑13 (MQ=255) caACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatttt < 1:1438520‑M2/91‑15 (MQ=255) aaTTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCatt > 1:689447/1‑91 (MQ=255) ttGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCattat > 1:943974/1‑91 (MQ=255) tGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCattatt < 1:223550/91‑1 (MQ=255) tGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCAATTTTTCattatt < 1:3173739/91‑1 (MQ=255) aCGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTaa < 1:2007053/91‑1 (MQ=255) cGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAAt > 1:820204/1‑91 (MQ=255) cGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAAt > 1:820834/1‑91 (MQ=255) ggTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAAtt < 1:3015498/91‑1 (MQ=255) tACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTc < 1:3068654/91‑1 (MQ=255) aCAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCGTTATTAATTTCa < 1:3201713/91‑1 (MQ=255) aCAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCa < 1:3014567/91‑1 (MQ=255) gTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTg > 1:1117725/1‑91 (MQ=255) gTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTg > 1:1291217/1‑91 (MQ=255) gTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTg < 1:2363036/91‑1 (MQ=255) tCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGt > 1:364226/1‑91 (MQ=255) tCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGt > 1:666024/1‑91 (MQ=255) cATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTa < 1:2375099/91‑1 (MQ=255) tAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAAc < 1:1421988/91‑1 (MQ=255) aaCAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTc < 1:2241759/91‑1 (MQ=255) aaCAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTc > 1:3534189/1‑91 (MQ=255) cAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCaa > 1:3411228/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 1:2227852/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 1:2227880/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 1:1042043/1‑91 (MQ=255) tttATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAatat > 1:1502841/1‑91 (MQ=255) ttATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGTCATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATg < 1:2995283/91‑1 (MQ=255) tATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGa < 1:1700337/91‑1 (MQ=255) tATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGa < 1:1860706/91‑1 (MQ=255) tATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACCTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGa > 1:3497102/1‑91 (MQ=255) aTGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaa < 1:1515826/91‑1 (MQ=255) aTGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaa < 1:2810364/91‑1 (MQ=255) aTGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaa < 1:2090784/91‑1 (MQ=255) tAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAAcc > 1:575429/1‑91 (MQ=255) cAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGt < 1:2904207/91‑1 (MQ=255) cAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGt < 1:276801/91‑1 (MQ=255) aaaaTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttg < 1:1438520‑M1/91‑78 (MQ=255) | TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1837024 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |