| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1844661 | 95 (0.970) | 5 (0.060) | 4/142 | NT | 5.1% | intergenic (+58/+145) | mrcA/isdH | Penicillin‑binding protein 1A/Iron‑regulated surface determinant protein H |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1844689 | 101 (1.160) | intergenic (+86/+117) | mrcA/isdH | Penicillin‑binding protein 1A/Iron‑regulated surface determinant protein H | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGTTTATAAATT > USA300TCH1516_ALE/1844573‑1844751 | aTCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTaa < 1:1327723/91‑1 (MQ=255)aTCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTaa < 1:1268460/91‑1 (MQ=255) tCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAg < 1:1761631/91‑1 (MQ=255) tCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAg > 1:3579852/1‑91 (MQ=255) cacaTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGa > 1:1259220/1‑91 (MQ=255) acaTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGat < 1:960252/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGatta > 1:1522614/1‑91 (MQ=255) tGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGAtttttt > 1:3339551/1‑91 (MQ=255) tGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTAttt > 1:1216792/1‑91 (MQ=255) gTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTAtttt > 1:2627535/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTc > 1:3058689/1‑91 (MQ=255) aaaTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑aa < 1:1157968/91‑1 (MQ=255) aTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AAtt > 1:1875263/1‑91 (MQ=255) aTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AAtt > 1:2051429/1‑91 (MQ=255) tCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTa > 1:2154821/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAg < 1:3667971/91‑1 (MQ=255) gAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGa < 1:2464410/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGaa < 1:1401810/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGaaa > 1:4117676/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGaaa > 1:1911821/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGaaa > 1:3284702/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGaaa > 1:553266/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCTAATT‑GAAAAta < 1:1255871/91‑2 (MQ=38) aaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAAtt < 1:4034988/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAAtt > 1:1678819/1‑91 (MQ=255) gCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTtc < 1:1742487/91‑1 (MQ=255) gCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTtc > 1:1873380/1‑91 (MQ=255) cGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTtct > 1:4105198/1‑91 (MQ=255) ttAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCa < 1:3847114‑M2/91‑2 (MQ=255) tAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTgagaaattttctaattgaaaataatcttac < 1:2716276‑M1/91‑31 (MQ=255) aTTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTgagaaattttctaattgaaaataatcttactg < 1:1457686‑M1/91‑33 (MQ=255) aTTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTgagaaattttctaattgaaaataatcttactg < 1:1610267‑M1/91‑33 (MQ=255) tGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCactgct > 1:3139402‑M2/1‑85 (MQ=255) aTGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCactgctgt > 1:1074186‑M2/1‑83 (MQ=255) tGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCactgctgtt < 1:3932984‑M2/91‑10 (MQ=255) gCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTgagaaattttctaattgaaaataatcttactgctgttt < 1:1682036‑M1/91‑39 (MQ=255) gCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTc < 1:337419/91‑1 (MQ=255) cTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTgagaaattttctaattgaaaataatcttactgctgtttt < 1:3425772‑M1/91‑40 (MQ=255) tCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCtt < 1:1604710/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCtt < 1:703439/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCtt > 1:1623490/1‑91 (MQ=255) cACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCttt < 1:659723/91‑1 (MQ=255) cTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCttttt < 1:3694464/91‑1 (MQ=255) tAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTtttattta < 1:3933470/91‑1 (MQ=255) aaaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAc > 1:560038/1‑91 (MQ=255) aaaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAc > 1:1398902/1‑91 (MQ=255) aaaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAc > 1:2299779/1‑91 (MQ=255) aaaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAc > 1:1599713/1‑91 (MQ=255) aaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAct > 1:2753383/1‑91 (MQ=255) gTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTActct < 1:3812637/91‑1 (MQ=255) aaCCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTaa > 1:552960/1‑91 (MQ=255) aaCCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTaa < 1:3062593/91‑1 (MQ=255) ccACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAg < 1:42954/91‑1 (MQ=255) ccACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAg > 1:2027387/1‑91 (MQ=255) cacaACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAgg < 1:1646575/91‑1 (MQ=255) acaacaATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGa > 1:1341171/1‑91 (MQ=255) caacaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGaa < 1:915124/91‑1 (MQ=255) aacaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGaaa < 1:1801512/91‑1 (MQ=255) aacaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGaaa < 1:1463032/91‑1 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg < 1:3474934/91‑1 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg < 1:3475754/91‑1 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg < 1:3983539/91‑1 (MQ=255) caaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGc > 1:2338062/1‑91 (MQ=255) aTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCa < 1:3987637/91‑1 (MQ=255) aTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCa < 1:286339/91‑1 (MQ=255) tGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATCTCGCACCGCCGTTCTCCTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCAt > 1:1056153/1‑91 (MQ=25) aaTCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTa > 1:262023/1‑91 (MQ=255) aaTCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTa < 1:2577097/91‑1 (MQ=255) atataaTATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTaaa > 1:1916240/5‑91 (MQ=255) ccAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC‑AATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAAc < 1:4074269/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |