New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 105 (1.070) | 11 (0.130) | 6/142 | NT | 11.9% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 69 (0.790) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATT > USA300TCH1516_ALE/1901221‑1901399 | atttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaaa < 1:3371942‑M1/2‑1 (MQ=255) tAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAg < 1:3905653/91‑1 (MQ=255) ttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAgg > 1:152646‑M1/88‑91 (MQ=255) ttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAgg > 1:1067660‑M1/88‑91 (MQ=255) ttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAgg < 1:813575‑M1/4‑1 (MQ=255) ttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAgg < 1:1815572‑M1/4‑1 (MQ=255) taaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGt > 1:1376964‑M1/87‑91 (MQ=255) aTCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGt < 1:3212007/91‑1 (MQ=255) tctcATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTg < 1:1848225/91‑1 (MQ=255) aatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGa < 1:2917329‑M1/7‑1 (MQ=255) aatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGa < 1:3717541‑M1/7‑1 (MQ=255) tttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGAtt < 1:3237669‑M1/9‑1 (MQ=255) cATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGAtt < 1:3211562/91‑1 (MQ=255) aTTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTg > 1:3405/1‑91 (MQ=255) aTTAGTAATGCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTg < 1:3964559/91‑1 (MQ=255) ttAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTgg > 1:2152868/1‑91 (MQ=255) aGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGcc < 1:1432776/91‑1 (MQ=255) tAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCAt > 1:940880/1‑91 (MQ=255) tAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCAt < 1:258943/91‑1 (MQ=255) tAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCAt < 1:3409617/91‑1 (MQ=255) aTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATac > 1:1214978/1‑91 (MQ=255) aTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATac < 1:662496/91‑1 (MQ=255) aTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATaa > 1:3237811/1‑90 (MQ=255) ttCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATaca < 1:2226131/91‑1 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTGAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac < 1:1141693/91‑1 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac < 1:1614733/91‑1 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac < 1:2994379/91‑1 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac > 1:3947369/1‑91 (MQ=255) aTTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCa < 1:3126857/91‑1 (MQ=255) aTTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCa < 1:2731057/91‑1 (MQ=255) aTTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCa < 1:2640143/91‑1 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa < 1:2232023/91‑1 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa < 1:2128178/91‑1 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa > 1:1557319/1‑91 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa > 1:1548185/1‑91 (MQ=255) aTGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGat < 1:2775331/91‑1 (MQ=255) aTGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGat > 1:4033345/1‑91 (MQ=255) aTGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGat < 1:2773520/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGata > 1:2484322/1‑91 (MQ=255) gggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattcaactAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGata > 1:2916238‑M1/65‑91 (MQ=255) gATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGatat > 1:2404723/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGatat > 1:91254/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGatat < 1:3174062/91‑1 (MQ=255) gATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGatat > 1:1473014/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTACAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGAGTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATg < 1:4150889/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATg < 1:3024741/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATg < 1:2207393/91‑1 (MQ=255) tttttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATgg < 1:3968578/91‑1 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATACATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTa < 1:1073166/91‑1 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTa < 1:1073578/91‑1 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaa < 1:2535819/91‑1 (MQ=255) aaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 1:2863581‑M1/57‑91 (MQ=255) aaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 1:801571‑M1/57‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:3697907/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:275334/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 1:1782524/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:3934450/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:2967398/91‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATc < 1:2882135/91‑1 (MQ=255) aagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATc > 1:193358‑M1/56‑91 (MQ=255) aagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATc > 1:3906014‑M1/56‑91 (MQ=255) cGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAc > 1:3785781/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAc > 1:3013804/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAc > 1:2677/1‑91 (MQ=255) gTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAcc > 1:194285/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCt > 1:2792517/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCt < 1:3618904/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtt > 1:63759/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtttt > 1:1280918/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtttt < 1:12779/91‑1 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt < 1:3744772/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 1:2325485/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:3828265/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:3825378/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:1037899/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:114653/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:295109/1‑91 (MQ=255) ttcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCACGATATGGCTAATCACCTTTTTCACTGCAg > 1:1320351/1‑91 (MQ=255) tcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGa < 1:1619566/91‑1 (MQ=255) ttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAAc < 1:1135327/91‑1 (MQ=255) tAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACa > 1:4128902/1‑91 (MQ=255) aTCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACaaa < 1:1495264/91‑1 (MQ=255) cAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAaga > 1:3081349/1‑91 (MQ=255) aagaCCCTGGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag < 1:1046986/88‑1 (MQ=255) aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag < 1:199582/91‑1 (MQ=255) aCCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGtat > 1:747651/1‑91 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt > 1:1310466/1‑91 (MQ=255) gATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTg > 1:2551976/1‑91 (MQ=255) aTTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGc < 1:1637164/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa < 1:3050864/91‑1 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa < 1:1530398/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCGTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAAt > 1:2490007/1‑91 (MQ=255) aataaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCa > 1:488177/1‑91 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat > 1:2495675/1‑91 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:1560440/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:3637886/91‑1 (MQ=255) cAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCtat < 1:1788415/91‑1 (MQ=255) cTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAt > 1:3877452/1‑91 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 1:1199050/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 1:3701731/91‑1 (MQ=255) | TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATT > USA300TCH1516_ALE/1901221‑1901399 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |