New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 105 (1.070) | 11 (0.130) | 6/142 | NT | 11.9% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 69 (0.790) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > USA300TCH1516_ALE/1901262‑1901439 | attatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtttt > 1:2909263‑M1/49‑91 (MQ=255) aaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtttt < 1:12779/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtttt > 1:1280918/1‑91 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa < 1:2116824/91‑1 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa > 1:131320/1‑91 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt < 1:3744772/91‑1 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt > 1:3901081/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 1:2430184/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 1:2325485/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 1:3725284/91‑1 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:3825378/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:295109/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:295211/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 1:1037899/1‑91 (MQ=255) 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aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag < 1:199582/91‑1 (MQ=255) tGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATActtt > 1:3266542/1‑91 (MQ=255) gATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTg > 1:2551976/1‑91 (MQ=255) aTTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGc < 1:1637164/91‑1 (MQ=255) aTTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGc < 1:2255034/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa < 1:3050864/91‑1 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa < 1:1530398/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAAt > 1:1902198/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAAt < 1:2508723/91‑1 (MQ=255) aataaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCa > 1:488177/1‑91 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat < 1:1122671/91‑1 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat > 1:2495675/1‑91 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:879144/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:3637886/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:674208/91‑1 (MQ=255) cTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAt > 1:3877452/1‑91 (MQ=255) aaaaggtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAt > 1:2909263‑M2/44‑91 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 1:1199050/91‑1 (MQ=255) ggtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt > 1:1544038‑M2/40‑91 (MQ=255) ggtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt > 1:3054501‑M2/40‑91 (MQ=255) GGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGTGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt < 1:3675247‑M1/91‑1 (MQ=255) GGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt > 1:3578911‑M1/1‑91 (MQ=255) GGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt < 1:831355‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc > 1:866502‑M1/1‑91 (MQ=255) 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TTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTa > 1:3584189‑M1/1‑91 (MQ=255) ggCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAAt < 1:2733634/91‑1 (MQ=255) gCCGTACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATa < 1:3218272/91‑1 (MQ=255) gCCATGCACTCAAGATATGGCTAATAACCTTTTTCAATGGAGAACAAAGAGTAGATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATa < 1:3861961/91‑1 (MQ=255) gCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATa < 1:2881480/91‑1 (MQ=255) gCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATa > 1:3138354/1‑91 (MQ=255) ccATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAc > 1:1190796/1‑91 (MQ=255) ccATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAc < 1:1816268/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |