New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1915879 = | 98 (1.000) | 6 (0.060) | 4/156 | NT | 5.6% | intergenic (‑58/‑313) | metK/pckA | S‑adenosylmethionine synthase/Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
? | USA300TCH1516_ALE | 1915913 = | 107 (1.120) | intergenic (‑92/‑279) | metK/pckA | S‑adenosylmethionine synthase/Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CTCTGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCAC > USA300TCH1516_ALE/1915789‑1915968 | tgaaacccagcaacctcttttttataaaagaaaggtgccaaaccgtttgcagacaaataggtctgaacgataagagcgaatggacgtatta > 1:4128521‑M1/91‑91 (MQ=255) tctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAg < 1:2056115/91‑1 (MQ=255) tctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAg < 1:4042906/91‑1 (MQ=255) tctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAg < 1:4043011/91‑1 (MQ=255) tctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAg < 1:2056940/91‑1 (MQ=255) tctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAg > 1:4053152/1‑91 (MQ=255) ctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGa < 1:2379041/91‑1 (MQ=255) ctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGa > 1:2087260/1‑91 (MQ=255) ctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGa > 1:2087873/1‑91 (MQ=255) ctGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGa > 1:2818504/1‑91 (MQ=255) tGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGAc < 1:3429253/91‑1 (MQ=255) tGAAGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGAc < 1:3430838/91‑1 (MQ=255) aaGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCt > 1:481535/1‑91 (MQ=255) aGTAAATAATCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCtt > 1:2206868/1‑91 (MQ=255) 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atCGTTTGTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTAt < 1:3775326/91‑1 (MQ=255) gTTATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAAtata < 1:2370105/91‑1 (MQ=255) ttATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATag < 1:1263539/91‑1 (MQ=255) tATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATaga > 1:2422308/1‑91 (MQ=255) tATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATaga > 1:2422867/1‑91 (MQ=255) tATTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATaga < 1:1198788/91‑1 (MQ=255) aTTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATagag < 1:1433530/91‑1 (MQ=255) aTTTAACATAGTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATagag < 1:2459487/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |