| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1915879 = | 98 (1.000) | 6 (0.060) | 4/156 | NT | 5.6% | intergenic (‑58/‑313) | metK/pckA | S‑adenosylmethionine synthase/Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1915913 = | 107 (1.120) | intergenic (‑92/‑279) | metK/pckA | S‑adenosylmethionine synthase/Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCTGGGTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/1915823‑1916003 | gTTTGCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTa > 1:1271817/1‑91 (MQ=255) ccaaaccgtttgcagacaaataggtctgaacgataagagcgaatggacgtattAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATa > 1:3472055‑M1/54‑91 (MQ=255) ccaaaccgtttgcagacaaataggtctgaacgataagagcgaatggacgtattAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATa > 1:3472441‑M1/54‑91 (MQ=255) gCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATAc > 1:981460/1‑91 (MQ=255) gCTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATAc < 1:2745105/91‑1 (MQ=255) cTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACg < 1:946303/91‑1 (MQ=255) cTCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACg < 1:3872611/91‑1 (MQ=255) tCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATGGAGAGAAGGCCTAATACGt < 1:1847065/91‑1 (MQ=255) tCCTTTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGt < 1:59734/91‑1 (MQ=255) tCCATTAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGt < 1:3217951/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCa < 1:2230781/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCa < 1:1475892/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCa > 1:3184430/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATATTACGAAAATTCTCTCTCTGTGAGCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTc < 1:3501326/91‑1 (MQ=255) 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gCTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCaaa > 1:1292174/1‑91 (MQ=255) cTAAATAAAAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAAc > 1:280040/1‑91 (MQ=255) aaataaaAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACgg < 1:483331/91‑1 (MQ=255) aataaaAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGt > 1:2215639/1‑91 (MQ=255) taaaAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGttt > 1:2319027/1‑91 (MQ=255) taaaAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGttt < 1:4077565/91‑1 (MQ=255) taaaAAAGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGttt < 1:4077852/91‑1 (MQ=255) tattaggccttctctctatattaatagttagaaggtctAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTgg > 1:3472441‑M2/39‑91 (MQ=255) aaaaaGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTgg > 1:1051304/1‑91 (MQ=255) aaaaGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGc < 1:609179/91‑1 (MQ=255) aaaaGACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGc < 1:123188/91‑1 (MQ=255) aggccttctctctatattaatagttagaaggtctAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCAcc > 1:3889239‑M2/35‑91 (MQ=255) GACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCt > 1:115366‑M1/1‑91 (MQ=255) GACCTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCt < 1:137021‑M1/91‑1 (MQ=255) gccttctctctatattaatagttagaaggtctAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctt > 1:3052138‑M2/33‑91 (MQ=255) ccTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATATGTCTGCAAACGGTTTGGCACcttt > 1:3876605/1‑91 (MQ=255) cttctctctatattaatagttagaaggtctAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttc > 1:2161641‑M2/31‑91 (MQ=255) cttctctctatattaatagttagaaggtctAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttc > 1:2163486‑M2/31‑91 (MQ=255) cTTCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGCTTGGCACctttc > 1:322729/1‑91 (MQ=255) ttCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttct > 1:3272639/1‑91 (MQ=255) tCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttctt > 1:1483878/1‑91 (MQ=255) tCTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttctt > 1:2780356/1‑91 (MQ=255) cTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttcttt < 1:2912410/91‑1 (MQ=255) cTAACTATTAATATAGAGAGAAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACctttcttt > 1:1085243/1‑91 (MQ=255) 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agaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCt > 1:3011824/1‑91 (MQ=255) agaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCt < 1:23114/91‑1 (MQ=255) agaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCt < 1:20406/91‑1 (MQ=255) gaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCTg < 1:3260787/91‑1 (MQ=255) gaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCTg < 1:101357/91‑1 (MQ=255) gaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCTg > 1:1828587/1‑91 (MQ=255) gaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCTg > 1:1670342/1‑91 (MQ=255) gaAGGCCTAATACGTCCATTCGCTCTTATCGTTCAGACCTATTTGTCTGCAAACGGTTTGGCACCTTTCTTTTATAAAAAAGAGGTTGCTg < 1:102481/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |