| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928296 | 146 (1.480) | 9 (0.100) | 8/140 | NT | 6.3% | intergenic (‑250/+51) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928318 | 138 (1.600) | intergenic (‑272/+29) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAG > USA300TCH1516_ALE/1928206‑1928385 | ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa > 1:3004922/1‑91 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:3776694/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa > 1:1313531/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaaa < 1:979178/91‑1 (MQ=255) tCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaaa < 1:3939979/91‑1 (MQ=255) cATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAt > 1:509032/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAtt < 1:244908/91‑1 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc < 1:4014385/91‑1 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc < 1:4014200/91‑1 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc > 1:3656950/1‑91 (MQ=255) gTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATcc > 1:2142462/1‑91 (MQ=255) gTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATcc > 1:3089319/1‑91 (MQ=255) ccAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATcccc < 1:2047693/91‑1 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa < 1:546102/91‑1 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa < 1:2371561/91‑1 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa < 1:275005/91‑1 (MQ=255) aaGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCAt > 1:918307/1‑91 (MQ=255) aGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATa > 1:3250665/1‑91 (MQ=255) gtgtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAg < 1:3621098/91‑1 (MQ=255) gtgtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAg < 1:1004119/91‑1 (MQ=255) tgtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggataga < 1:1975483‑M1/91‑19 (MQ=255) gtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAt > 1:2295458/1‑91 (MQ=255) ttCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAtt > 1:3895517/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATttc > 1:4073445/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATttc > 1:1936505/1‑91 (MQ=255) cAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcata < 1:1284500‑M1/91‑29 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:2374728‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:2545799‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:2374083‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:2092748‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag > 1:189303‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:1733490‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:1733295‑M2/91‑8 (MQ=255) ttattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTttcatagcc > 1:1993839‑M2/1‑82 (MQ=255) tattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcca > 1:1808536‑M2/1‑81 (MQ=255) attTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccat < 1:870503‑M1/91‑34 (MQ=255) tgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc > 1:307144/1‑91 (MQ=255) tgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 1:1648538/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 1:3147234/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAGTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt > 1:3677323/1‑91 (MQ=255) gatcgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTCCTTCATAGCCAATGCt < 1:3740345/91‑1 (MQ=255) attgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTa < 1:2974019/91‑1 (MQ=255) ttgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTaa > 1:1456355/1‑91 (MQ=255) ttgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTaa > 1:470840/1‑91 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt < 1:3833401/91‑1 (MQ=255) gaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAtt < 1:1590825/91‑1 (MQ=255) gaCGGTTGTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAtt < 1:2085067/91‑1 (MQ=255) ggTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCACTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGt < 1:3870165/91‑1 (MQ=255) ttttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGttt > 1:4097498/1‑91 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc < 1:580856/91‑1 (MQ=255) ccAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATg > 1:1120348/1‑91 (MQ=255) cAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGt > 1:187286/1‑91 (MQ=255) cAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGt > 1:2203444/1‑91 (MQ=255) cAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGt > 1:1299172/1‑91 (MQ=255) tttttttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCGCATTTGTTTCATGTCa < 1:2319076/90‑1 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa > 1:1466988/1‑91 (MQ=255) ttttttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCAt < 1:180670/91‑1 (MQ=255) ttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCt < 1:648623/91‑1 (MQ=255) aCTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttt > 1:1709411/1‑91 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:267500/1‑91 (MQ=255) ttCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaa < 1:2489459/91‑1 (MQ=255) aTGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAt < 1:1494449/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAat > 1:2338365/1‑91 (MQ=255) aaaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatat > 1:1014972/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatata > 1:1438436/1‑91 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaa < 1:745561‑M2/91‑58 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaa < 1:744545‑M2/91‑58 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata > 1:2526189/1‑91 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata < 1:1574779/91‑1 (MQ=255) tGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaa < 1:859313/91‑1 (MQ=255) 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cTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACt > 1:2945600/1‑91 (MQ=255) cTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACt > 1:2216540/1‑91 (MQ=255) tATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataattg < 1:1391291‑M2/91‑64 (MQ=255) tATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTa > 1:2151736/1‑91 (MQ=255) tATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTa > 1:1505872/1‑91 (MQ=255) tATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTa < 1:3442307/91‑1 (MQ=255) aTGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaa < 1:3969734/91‑1 (MQ=255) aTGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaa > 1:1111936/1‑91 (MQ=255) tGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataattgaa > 1:4148968‑M1/1‑4 (MQ=255) gAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTaaaa > 1:1447900/1‑91 (MQ=255) aagaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataattgaaaa < 1:2323259‑M1/91‑90 (MQ=255) aagaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaagtggaaaaccgtcaatcaaataattgaaaa > 1:3331358‑M1/1‑2 (MQ=255) aaaaaTTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataattgaaaa < 1:3276412‑M2/91‑68 (MQ=255) aaaaaTTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAg < 1:2466753/91‑1 (MQ=255) | TATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAG > USA300TCH1516_ALE/1928206‑1928385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |