| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939382 | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 7/142 | NT | 9.0% | intergenic (‑241/+122) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939405 | 77 (0.880) | intergenic (‑264/+99) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTT > USA300TCH1516_ALE/1939292‑1939472 | aaTGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC < 1:2678960‑M1/91‑1 (MQ=255) tgttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATcaacaa > 1:2257786/1‑91 (MQ=255) tgttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATcaacaa < 1:828205/91‑1 (MQ=255) gttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAAt < 1:1827785/91‑1 (MQ=255) gttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAAt > 1:3192883/1‑91 (MQ=255) gtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGa < 1:4054168/91‑1 (MQ=255) gtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGa < 1:4055515/91‑1 (MQ=255) tAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAAttaat < 1:3298877/91‑4 (MQ=255) aGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACACTTGAGt < 1:3230504/91‑1 (MQ=255) aGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGt > 1:627790/1‑91 (MQ=255) aGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGt > 1:3828966/1‑91 (MQ=255) aGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGt > 1:627818/1‑91 (MQ=255) aGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGt < 1:2744863/91‑1 (MQ=255) aGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGt < 1:929991/91‑1 (MQ=255) cTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTg < 1:4123644/91‑1 (MQ=255) ttCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGt < 1:1323434/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTg < 1:1049315/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTg < 1:1049041/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGaaa > 1:2659970/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGaaa > 1:161424/1‑91 (MQ=255) gCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatc > 1:1223924/1‑91 (MQ=255) cTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACgattgattttcaccaactca < 1:961605‑M1/91‑21 (MQ=255) cTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatca > 1:3416653/1‑91 (MQ=255) cTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatca < 1:3657191/91‑1 (MQ=255) cTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGCTGAAaatca > 1:3969401/1‑91 (MQ=255) tttCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatcaa < 1:796260/91‑1 (MQ=255) tttCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatcaa < 1:533806/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatcaat > 1:2309/1‑91 (MQ=255) cAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCg < 1:235944‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCg < 1:1510195‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgtt > 1:1318447‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgtt > 1:138328‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttg > 1:2832257‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttg < 1:1068147‑M2/91‑5 (MQ=255) tCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACgattgattttcaccaactcaattgttgat < 1:2279718‑M1/91‑30 (MQ=255) cATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgatt > 1:2109686‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattg > 1:2427627‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattg > 1:3607750‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattg > 1:914836‑M2/1‑83 (MQ=255) tttATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattgg > 1:2508896‑M2/1‑82 (MQ=255) tttATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattgg < 1:585934‑M2/91‑10 (MQ=255) ttATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACgattgattttcaccaactcaattgttgattggt < 1:2971946‑M1/91‑34 (MQ=255) ttATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGc < 1:649412/91‑1 (MQ=255) tataTTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCt < 1:3442772/91‑1 (MQ=255) tataTTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCt < 1:109276/91‑1 (MQ=255) atatTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCtt > 1:3161786/1‑91 (MQ=255) atatTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCtt > 1:3158890/1‑91 (MQ=255) atatTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCtt > 1:1967299/1‑91 (MQ=255) atTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTg < 1:466490/91‑1 (MQ=255) atTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTg < 1:466101/91‑1 (MQ=255) atTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTACATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTg < 1:3869530/91‑1 (MQ=255) cTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATg < 1:1350491/91‑1 (MQ=255) cTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATg < 1:1350577/91‑1 (MQ=255) ttAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAGCCAATCAACgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttattta < 1:958158‑M1/91‑42 (MQ=255) atgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata > 1:1908137/1‑91 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:3708315/91‑1 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:2035414/91‑1 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:521153/91‑1 (MQ=255) gatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATAtt < 1:4108606/91‑1 (MQ=255) tgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTaa > 1:1238808/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAaataa > 1:3902147/1‑91 (MQ=255) aGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCa > 1:3684790/1‑91 (MQ=255) ttgttCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAat < 1:1787561/91‑1 (MQ=255) ttcaatcaTACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAataca > 1:3268359/1‑89 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat < 1:250846/91‑1 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat < 1:2044000/91‑1 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat > 1:2606391/1‑91 (MQ=255) cattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatata > 1:1165124/1‑91 (MQ=255) tacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaata < 1:1894302/91‑1 (MQ=255) tacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaata < 1:2488760/91‑1 (MQ=255) acataAACAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaataa < 1:2064825/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg > 1:3877766/1‑91 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3949807/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3054085/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3053596/91‑1 (MQ=255) aataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgtt > 1:2161997/1‑91 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag > 1:961140/1‑91 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag < 1:4086384/91‑1 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag > 1:2314313/1‑91 (MQ=255) aaaaCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttagt > 1:1854281/1‑91 (MQ=255) aaCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttagtta < 1:1786166/91‑1 (MQ=255) aaCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttagtta < 1:18126/91‑1 (MQ=255) aCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataa < 1:2971946‑M2/91‑59 (MQ=255) aCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTtat > 1:1019245/1‑91 (MQ=255) aCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTtat < 1:1987745/91‑1 (MQ=255) ccAATCAACgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaa < 1:585934‑M1/91‑83 (MQ=255) cAATCAACgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaat > 1:914836‑M1/1‑8 (MQ=255) cAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAg > 1:2434138/1‑91 (MQ=255) aaTCAACgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatg > 1:2109686‑M1/1‑7 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatga < 1:2279718‑M2/91‑63 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggctttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatga < 1:1131816‑M2/91‑63 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGta < 1:1696983/91‑1 (MQ=255) tCAACgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgat < 1:177135‑M1/91‑87 (MQ=255) caacaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGtata < 1:660694/91‑1 (MQ=255) aacaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgattt < 1:2057875‑M2/91‑66 (MQ=255) aaCgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgattt > 1:138328‑M1/1‑3 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgatttt < 1:1742000‑M2/91‑67 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtt < 1:285741/91‑1 (MQ=255) cgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgattttg < 1:1510195‑M1/91‑91 (MQ=255) cgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgattttg < 1:235944‑M1/91‑91 (MQ=255) | AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTT > USA300TCH1516_ALE/1939292‑1939472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |