New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939382 | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 7/142 | NT | 9.0% | intergenic (‑241/+122) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1939405 | 77 (0.880) | intergenic (‑264/+99) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCT > USA300TCH1516_ALE/1939316‑1939494 | cAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCg < 1:235944‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCg < 1:1510195‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgtt > 1:1318447‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttg < 1:1068147‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttg > 1:2832257‑M2/1‑87 (MQ=255) cATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgatt > 1:2109686‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattg > 1:3607750‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattg > 1:2427627‑M2/1‑83 (MQ=255) tttATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattgg < 1:585934‑M2/91‑10 (MQ=255) ttATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGc < 1:649412/91‑1 (MQ=255) tataTTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCt > 1:1196209/1‑91 (MQ=255) tataTTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCt < 1:2262967/91‑1 (MQ=255) tataTTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCt < 1:109276/91‑1 (MQ=255) atatTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCtt > 1:3158890/1‑91 (MQ=255) 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cTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATg < 1:1350577/91‑1 (MQ=255) atgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata < 1:1478793/91‑1 (MQ=255) atgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata > 1:1908137/1‑91 (MQ=255) atgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata < 1:86283/91‑1 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:3708315/91‑1 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:2035414/91‑1 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:521111/91‑1 (MQ=255) tgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTaa > 1:1238808/1‑91 (MQ=255) cAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAaata > 1:4102338/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAaataa > 1:3902147/1‑91 (MQ=255) aaGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGc < 1:564856/91‑1 (MQ=255) aGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCa > 1:3684790/1‑91 (MQ=255) ttgttCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAat < 1:1787894/91‑1 (MQ=255) ttgttCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAat < 1:1787561/91‑1 (MQ=255) tgttCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAata > 1:1948817/1‑91 (MQ=255) ttcaatcaTACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAataca > 1:3268359/1‑89 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat < 1:250846/91‑1 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat > 1:2606391/1‑91 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat < 1:2044000/91‑1 (MQ=255) cattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatata > 1:2456054/1‑91 (MQ=255) cattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatata > 1:1165124/1‑91 (MQ=255) catacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaa < 1:1381590/91‑1 (MQ=255) catacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaa > 1:3149786/1‑91 (MQ=255) atacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaat < 1:612828/91‑1 (MQ=255) tacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaata < 1:1894302/91‑1 (MQ=255) tacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaata < 1:2488760/91‑1 (MQ=255) acataAACAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaataa < 1:2064825/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggctttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaa < 1:958158‑M2/91‑51 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3054085/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3053596/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3949807/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg > 1:3877766/1‑91 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 1:3053479/91‑1 (MQ=255) aaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgt < 1:2624001/91‑1 (MQ=255) aataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgtt > 1:2161997/1‑91 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag > 1:2314313/1‑91 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag < 1:4086384/91‑1 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag > 1:961140/1‑91 (MQ=255) aaaaCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttagt > 1:3801663/1‑91 (MQ=255) aaaaCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttagt > 1:1854281/1‑91 (MQ=255) 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aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGta < 1:1696983/91‑1 (MQ=255) tCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGtat > 1:4145910/1‑91 (MQ=255) caacaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGtata < 1:660694/91‑1 (MQ=255) aacaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgattt < 1:2057875‑M2/91‑66 (MQ=255) aacaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTatat > 1:6292/1‑91 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttgattggttttatttatgtatgaatgaacaactttttgacatcattaagaatataaatgatttt < 1:1742000‑M2/91‑67 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtt < 1:285790/91‑1 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtt < 1:285741/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |