New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 128 (1.300) | 11 (0.130) | 8/142 | NT | 9.8% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 88 (1.010) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
AAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCA > USA300TCH1516_ALE/1945978‑1946158 | tgcgtgttattacataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatattttttta < 1:3186319‑M1/1‑1 (MQ=255) tgcgtgttattaaataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatattttttta < 1:3186208‑M1/1‑1 (MQ=255) aaaaCATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATaaaaaa > 1:268157/1‑91 (MQ=255) gcgtgttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttaa > 1:1564187‑M1/90‑91 (MQ=255) aaaCATTAATAACTAACCCTTTCTTGCAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATaaaaaaa < 1:3863536/91‑1 (MQ=255) cgtgttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAAc < 1:2213042‑M1/3‑1 (MQ=255) gtgttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAAcc < 1:343109‑M1/4‑1 (MQ=255) gttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCAt < 1:3076272‑M1/6‑1 (MQ=255) gttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCAt > 1:1468443‑M1/86‑91 (MQ=255) ttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCAtt < 1:1057718‑M1/7‑1 (MQ=255) ttAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCAAAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCAtt > 1:3482027/1‑91 (MQ=255) taataaCTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCGCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTc < 1:3403511/91‑1 (MQ=255) taataaCTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTc > 1:1999255/1‑91 (MQ=255) taataaCTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTc > 1:668765/1‑91 (MQ=255) 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tatatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAatat < 1:2669032/91‑1 (MQ=255) tatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGTAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATAttt > 1:3515524/1‑91 (MQ=255) ttAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTa > 1:3831445/1‑91 (MQ=255) ttAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTa < 1:1770184/91‑1 (MQ=255) aaaaCGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGa > 1:2827777/1‑91 (MQ=255) cGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGATAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGcc < 1:3866364/91‑1 (MQ=255) cGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGcc < 1:507158/91‑1 (MQ=255) gTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCa < 1:1191211/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |