New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 128 (1.300) | 11 (0.130) | 8/142 | NT | 9.8% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 88 (1.010) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCA > USA300TCH1516_ALE/1946015‑1946194 | aGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTa > 1:927850/1‑91 (MQ=255) aGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTa > 1:862921/1‑91 (MQ=255) gCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaa < 1:4002639/91‑1 (MQ=255) gCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaa < 1:3631270/91‑1 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaa > 1:4033591/1‑91 (MQ=255) cgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaaa > 1:2246465‑M1/51‑91 (MQ=255) cgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaaa > 1:3090944‑M1/51‑91 (MQ=255) ccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaaa < 1:3465698/91‑1 (MQ=255) gaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaaaa > 1:843688‑M1/50‑91 (MQ=255) tatatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAatat < 1:1087108/91‑1 (MQ=255) aatatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGATTAAAAAAatat < 1:3199317/90‑1 (MQ=255) tatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGTAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATAttt > 1:3515524/1‑91 (MQ=255) atTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATAtttt > 1:2230378/1‑91 (MQ=255) ttAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTa > 1:3831445/1‑91 (MQ=255) 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ttttATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGtt < 1:2588457/91‑1 (MQ=255) ttATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTg < 1:3352049/91‑1 (MQ=255) aTTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgc < 1:2373182/91‑1 (MQ=255) aTTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgc > 1:1938088/1‑91 (MQ=255) tttCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgct < 1:2034625/91‑1 (MQ=255) tttCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgct > 1:517298/1‑91 (MQ=255) ttCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACGATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgctt < 1:3870308/91‑1 (MQ=255) aaTTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgcttgct < 1:156077/91‑1 (MQ=255) 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gAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAgacgac < 1:1841006/91‑1 (MQ=255) gAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAgacgac < 1:1309002/91‑1 (MQ=255) atatttttttaaccattccaacttgccaaagttaatgcggaatggttTAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACa > 1:3120311‑M2/48‑91 (MQ=255) aaaTAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACAt > 1:2968446/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACAt > 1:2968242/1‑91 (MQ=255) aaTAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATg > 1:3118494/1‑91 (MQ=255) aaTAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATg < 1:2711212/91‑1 (MQ=255) tttttaaccattccaacttgccaaagttaatgcggaatggttAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTc > 1:843688‑M2/43‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |