| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1965737 = | 62 (0.630) | 6 (0.070) | 4/146 | NT | 9.0% | coding (71/924 nt) | hemH | Ferrochelatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1965782 = | 65 (0.720) | coding (26/924 nt) | hemH | Ferrochelatase | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGTGATAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATACCTTCCTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1965647‑1965827 | ggTGATAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAAT > 1:3153145‑M1/1‑91 (MQ=255)aagataatcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtt < 1:1213967‑M1/1‑1 (MQ=255) tGATAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATAT > 1:1434973‑M1/1‑91 (MQ=255) gataatcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttacaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTAt < 1:3293363‑M1/3‑1 (MQ=255) gataatcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTAt < 1:1790505‑M1/3‑1 (MQ=255) gataatcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTAt > 1:3917401‑M1/89‑91 (MQ=255) gATAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATG > 1:2511040‑M1/1‑91 (MQ=255) gATAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATG < 1:362541‑M1/91‑1 (MQ=255) aTAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGG > 1:61953‑M1/1‑91 (MQ=255) aatcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGc < 1:3142671‑M1/6‑1 (MQ=255) aatcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGc < 1:3142743‑M1/6‑1 (MQ=255) atcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGct < 1:2225827‑M1/7‑1 (MQ=255) atcatagttttacattgaagcacatgaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGct < 1:2036934‑M1/7‑1 (MQ=255) ccaccTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTa > 1:322783/1‑91 (MQ=255) caccTATAAATGCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTAt < 1:3759206/91‑1 (MQ=255) ccTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGt > 1:3571469/1‑91 (MQ=255) cTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTc > 1:1203987/1‑91 (MQ=255) cTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTc < 1:3807469/91‑1 (MQ=255) tataAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCa < 1:3923203/91‑1 (MQ=255) ataAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCAc > 1:1608901/1‑91 (MQ=255) ataAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCAc < 1:523153/91‑1 (MQ=255) aaaTTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCActt < 1:947031/91‑1 (MQ=255) ttCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCActttct < 1:1372429/91‑1 (MQ=255) tCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCActttctt < 1:2540430/91‑1 (MQ=255) atatCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTta > 1:4132388/1‑91 (MQ=255) gaaagataattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGgtgt > 1:1422586‑M1/60‑91 (MQ=255) ctTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGgtgt < 1:2274145/91‑1 (MQ=255) ctTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGgtgt < 1:1918511/91‑1 (MQ=255) tttCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGtgtg > 1:1256993/1‑91 (MQ=255) ttCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgc < 1:69316/91‑1 (MQ=255) tCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgcc > 1:2576097/1‑91 (MQ=255) tCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgcc > 1:2574821/1‑91 (MQ=255) cAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgcca > 1:2689236/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccat < 1:954266/91‑1 (MQ=255) taattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATCAGGTGTgccata > 1:3205278‑M1/54‑91 (MQ=255) taattcatttaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccata > 1:1330651‑M1/54‑91 (MQ=255) aaTCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccata > 1:3252862/1‑91 (MQ=255) aattcatctaaaggaaggtattatcaatgactaaaaaaatgggattattagtTATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccataa > 1:2076152‑M1/53‑91 (MQ=255) cTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagc > 1:3027821‑M2/1‑88 (MQ=255) cTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagc > 1:314953‑M2/1‑88 (MQ=255) cTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagc > 1:316478‑M2/1‑88 (MQ=255) aaGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTtatggcacaccttataaagaaagtgacatagagccata < 1:1524983‑M1/91‑39 (MQ=255) aaGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagccata < 1:3771871‑M2/91‑8 (MQ=255) aGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTtatggcacaccttataaagaaagtgacatagagccatat < 1:2379398‑M1/91‑40 (MQ=255) aGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccataagccataa > 1:2421205/1‑91 (MQ=255) aGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccataagccataa > 1:1545856/1‑91 (MQ=255) aGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTgccataagccataa > 1:173186/1‑91 (MQ=255) ttcttcttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACt > 1:3825116/1‑91 (MQ=255) ttcttcttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACt > 1:3824954/1‑91 (MQ=255) ttcttcttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACt < 1:3028047/91‑1 (MQ=255) cttcttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTtatggcacaccttataaagaaagtgacatagagccatattata < 1:337249‑M1/91‑44 (MQ=255) tcttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACtaata < 1:2487001/91‑1 (MQ=255) cttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACtaataa > 1:1062904/1‑91 (MQ=255) ttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTaatcat > 1:1136439/1‑91 (MQ=255) ttcAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTaataat > 1:1136377/1‑91 (MQ=255) aGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATccc < 1:613009/91‑1 (MQ=255) ggACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCAttt > 1:1349474/1‑91 (MQ=255) ggACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCAtct > 1:3803942/1‑89 (MQ=255) gACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTtatggcacaccttataaagaaagtgacatagagccatattatacagatattagac < 1:1630627‑M1/91‑56 (MQ=255) cGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCAtttttt > 1:2966252/1‑91 (MQ=255) gTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCAttttttt > 1:1528470/1‑91 (MQ=255) gTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCAttttttt > 1:1528025/1‑91 (MQ=255) tttACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTa < 1:2250224/91‑1 (MQ=255) tttACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTa > 1:578042/1‑91 (MQ=255) aCCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTc < 1:1780894/91‑1 (MQ=255) taaaaaaatgggattattagtTATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCa > 1:2312881‑M1/22‑91 (MQ=255) taaaaaaatgggattattagtTATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCa > 1:2312953‑M1/22‑91 (MQ=255) ccATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCa > 1:4094616/1‑91 (MQ=255) aaTGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCAt > 1:3994353/2‑91 (MQ=255) gTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCCCTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATGTTTTTAGTCATTGa > 1:3740303/1‑91 (MQ=255) gTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagccatattatacagatattagacatggtaaacgtc < 1:1630627‑M2/91‑37 (MQ=255) gTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGa > 1:2701059/1‑91 (MQ=255) gTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATATTTTTAGTCACTGa > 1:3741486/1‑91 (MQ=255) tCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGat < 1:1752864/91‑1 (MQ=255) tCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTATCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGat < 1:3403479/91‑1 (MQ=255) aaTATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGataat > 1:1742367/1‑91 (MQ=255) aaTATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGataat < 1:900827/91‑1 (MQ=255) atatCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGataata > 1:2761371/1‑91 (MQ=255) atatCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGAGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGataata > 1:3585451/1‑91 (MQ=255) tatCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAc > 1:768502/1‑91 (MQ=255) tatCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAc > 1:768562/1‑91 (MQ=255) tCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCGATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAcct < 1:4135979/91‑1 (MQ=255) tCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAcct < 1:455580/91‑1 (MQ=255) tCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAcct > 1:796416/1‑91 (MQ=255) tCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAcct < 1:3124553/91‑1 (MQ=255) tCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAcct > 1:27770/1‑91 (MQ=255) gTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAccttcc < 1:3591022/91‑1 (MQ=255) gTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAccttcc > 1:2731544/1‑91 (MQ=255) tataATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagccatattatacagatattagacatggtaaacgtccatctgaagaag < 1:337249‑M2/91‑49 (MQ=255) tataATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAccttcct < 1:3645367/91‑1 (MQ=255) tataATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAccttcct < 1:3645181/91‑1 (MQ=255) tataATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAccttcct > 1:2615848/1‑91 (MQ=255) tataATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATAccttcct > 1:1434143/1‑91 (MQ=255) taataTGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATACCTTCCttt > 1:2351124/1‑91 (MQ=255) taataTGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATACCTTCCttt > 1:293643/1‑91 (MQ=255) atatGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagccatattatacagatattagacatggtaaacgtccatctgaagaagaact < 1:2378381‑M2/91‑53 (MQ=255) atatGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagccatattatacagatattagacatggtaaacgtccatctgaagaagaact < 1:2379398‑M2/91‑53 (MQ=255) tatGGCTtatggcacaccttataaagaaagtgacatagagccatattatacagatattagacatggtaaacgtccatctgaagaagaactt < 1:2824859‑M1/91‑85 (MQ=255) tatGGCTtatggcacaccttataaagaaagtgacatagagccatattatacagatattagacatggtaaacgtccatctgaagaagaactt < 1:3771871‑M1/91‑85 (MQ=255) tatGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAagccatattatacagatattagacatggtaaacgtccatctgaagaagaactt < 1:1524983‑M2/91‑54 (MQ=255) | GGTGATAAACCACCTATAAATTCATATCTATCTTTCAAATCTTGAAGTTCTTCTTCAGATGGACGTTTACCATGTCTAATATCTGTATAATATGGCTCTATGTCACTTTCTTTATAAGGTGTGCCATAAGCCATAACTAATAATCCCATTTTTTTAGTCATTGATAATACCTTCCTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1965647‑1965827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |