| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1980867 = | 71 (0.720) | 6 (0.070) | 5/140 | NT | 8.8% | intergenic (‑109/+70) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1980913 = | 63 (0.730) | intergenic (‑155/+24) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1980777‑1980957 | tctaaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataata > 1:932509‑M1/91‑91 (MQ=255)acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 1:3174982‑M1/1‑91 (MQ=255)acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 1:359590‑M1/1‑91 (MQ=255)acaacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA < 1:493726‑M1/91‑1 (MQ=255) caacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAA < 1:1653520‑M1/91‑1 (MQ=255) aacaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAA > 1:1807270‑M1/1‑91 (MQ=255) acaTAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAA > 1:1527696‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataaaa > 1:1680434‑M1/88‑91 (MQ=255) aaaatgagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataataaaa > 1:3586550‑M1/88‑91 (MQ=255) tAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCG < 1:655862‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCG < 1:3132626‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:541723‑M1/1‑91 (MQ=255) gagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGAt > 1:1777903‑M1/83‑91 (MQ=255) gagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGAt < 1:1763302‑M1/9‑1 (MQ=255) gagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGAt < 1:1762773‑M1/9‑1 (MQ=255) gagagaagctgaaacatactttaacagaaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGAt > 1:2965032‑M1/83‑91 (MQ=255) gTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGAT > 1:2119024‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG > 1:3881821‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG > 1:3881532‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGcc < 1:1342665/91‑1 (MQ=255) aTTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGcc < 1:1342666/91‑1 (MQ=255) ttCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCt < 1:2035945/91‑1 (MQ=255) tCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTc > 1:1830734/1‑91 (MQ=255) cATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCa > 1:2698452/1‑91 (MQ=255) ttATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCAcc > 1:3226554/1‑91 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctc < 1:932199/91‑1 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctc < 1:1492973/91‑1 (MQ=255) aCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCtctc < 1:3818720/91‑1 (MQ=255) ccACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCg > 1:1944891/1‑91 (MQ=255) cACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGa < 1:1126704/91‑1 (MQ=255) cACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGa < 1:2525413/91‑1 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:2709558/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:3794403/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:4008277/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:1915812/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaaa > 1:3823517/1‑91 (MQ=255) tttttatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAg < 1:868410/91‑1 (MQ=255) tttttatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAg < 1:2992928/91‑1 (MQ=255) ttttatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAgg < 1:2799210/91‑1 (MQ=255) tttatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgt < 1:223602/91‑1 (MQ=255) tatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgt > 1:1754851/1‑91 (MQ=255) tttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgag < 1:2727693‑M1/91‑26 (MQ=255) aaatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTa > 1:2542152‑M1/56‑91 (MQ=255) aatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAc > 1:691309‑M1/55‑91 (MQ=255) ttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggca < 1:2015448‑M1/91‑29 (MQ=255) tgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACAt > 1:82521‑M1/53‑91 (MQ=255) tAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcat > 1:58401‑M2/1‑88 (MQ=255) tAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcat > 1:129003‑M2/1‑88 (MQ=255) tAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcat > 1:2225172‑M2/1‑88 (MQ=255) gctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATc > 1:893721‑M1/52‑91 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatc < 1:60719‑M1/91‑31 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatc < 1:1296‑M1/91‑31 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatc < 1:3874934‑M1/91‑31 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatc < 1:2869490‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatc > 1:1544543‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgc < 1:1014414‑M1/91‑33 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgc < 1:1014822‑M1/91‑33 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgc > 1:646666‑M2/1‑85 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgc > 1:854276‑M2/1‑85 (MQ=255) tCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgct > 1:2790002‑M2/1‑84 (MQ=255) agaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCttt > 1:3986182‑M1/47‑91 (MQ=255) agaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCttt > 1:1738973‑M1/47‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |