| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1990341 = | 52 (0.530) | 6 (0.080) | 5/124 | NT | 12.3% | intergenic (‑90/+61) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1990392 = | 45 (0.590) | intergenic (‑141/+10) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGT > USA300TCH1516_ALE/1990251‑1990431 | tagagtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacga > 1:3125753‑M1/91‑91 (MQ=255)aTCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA > 1:2592537‑M1/1‑91 (MQ=255)aTCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA > 1:3903994‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAA > 1:4107252‑M1/1‑91 (MQ=255) gagtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAg > 1:2127522‑M1/89‑91 (MQ=255) gagtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAg > 1:1434001‑M1/89‑91 (MQ=255) gTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGC > 1:2424112‑M1/1‑91 (MQ=255) gTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGC > 1:4005117‑M1/1‑91 (MQ=255) tATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCT < 1:560798‑M1/91‑1 (MQ=255) gtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCt > 1:3527571‑M1/87‑91 (MQ=255) gtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCt > 1:747079‑M1/87‑91 (MQ=255) aTGCCCCGCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTT < 1:2072938‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCCCCCCATGAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCAGTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTG < 1:213463‑M1/91‑1 (MQ=255) gCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGA < 1:3022257‑M1/91‑1 (MQ=255) gCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGA < 1:1841716‑M1/91‑1 (MQ=255) gCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGA > 1:2777523‑M1/1‑91 (MQ=255) cccccATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAAT > 1:1344546‑M1/1‑91 (MQ=255) caccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAatata < 1:1251219‑M1/13‑1 (MQ=255) cATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATAT < 1:320127‑M1/91‑1 (MQ=255) cATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATAT > 1:923816‑M1/1‑91 (MQ=255) ccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATg < 1:1299873‑M1/15‑1 (MQ=255) ccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATg < 1:518588‑M1/15‑1 (MQ=255) ccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATg < 1:77835‑M1/15‑1 (MQ=255) aTAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATG < 1:2003708‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCCTTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGA > 1:3683711‑M1/1‑91 (MQ=255) cagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGa > 1:1902924‑M1/76‑91 (MQ=255) gtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGata < 1:2590046‑M1/18‑1 (MQ=255) aaaTAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATA < 1:3260810‑M1/91‑1 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat > 1:1825997/1‑91 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat < 1:1597419/91‑1 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat > 1:1469116/1‑91 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat < 1:279183/91‑1 (MQ=255) cgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATgatatc > 1:743747‑M1/72‑90 (MQ=255) ataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACt > 1:435753/1‑91 (MQ=255) taCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACtt < 1:4059355/91‑1 (MQ=255) tGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTgtgg < 1:572062/91‑1 (MQ=255) tGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTgtgg < 1:2586555/91‑1 (MQ=255) gTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaag < 1:339027‑M1/91‑13 (MQ=255) ttttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGt > 1:1648161‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGta < 1:2052078‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatat < 1:1397071‑M1/91‑19 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtat < 1:3006428‑M2/91‑4 (MQ=255) tAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatc > 1:1601570‑M2/1‑87 (MQ=255) gcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCa > 1:3531226‑M1/54‑91 (MQ=255) caacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCat > 1:112066‑M1/53‑91 (MQ=255) acacAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcat < 1:1036584‑M1/91‑22 (MQ=255) acacAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcat < 1:83669‑M1/91‑22 (MQ=255) cacaACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcata < 1:3508609‑M2/91‑8 (MQ=255) acatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatat > 1:1164715‑M1/51‑91 (MQ=255) catgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 1:2850693‑M1/50‑91 (MQ=255) catgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtagtataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 1:3396662‑M1/50‑91 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatata > 1:3906094‑M2/1‑82 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACAGAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcatata < 1:3687877‑M1/91‑25 (MQ=255) aaCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatat > 1:1384583‑M2/1‑81 (MQ=255) aCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatatt < 1:3461598‑M2/91‑12 (MQ=255) ccATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcatatattc < 1:3788233‑M1/91‑28 (MQ=255) tattCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcatatattcaagc < 1:2613122‑M1/91‑32 (MQ=255) attCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTCAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtataatatattcaagct < 1:4147183‑M2/91‑18 (MQ=255) ttCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagctt > 1:303510‑M2/1‑73 (MQ=255) cATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCg < 1:4126691/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTGATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:3173633/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttttt < 1:2216296‑M1/91‑37 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:3173496/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1149794/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1149965/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1150478/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3355048/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3899988/1‑91 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3451586/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3991775/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |