| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1990341 = | 52 (0.530) | 6 (0.080) | 5/124 | NT | 12.3% | intergenic (‑90/+61) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1990392 = | 45 (0.590) | intergenic (‑141/+10) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
CATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTAC > USA300TCH1516_ALE/1990303‑1990482 | cATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCg < 1:4126691/91‑1 (MQ=255) caaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:679875‑M1/38‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTGATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:3173633/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1149794/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1149965/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1150478/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:3173496/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3355048/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3899988/1‑91 (MQ=255) ttGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTGTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAg < 1:3876179/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3451618/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3991775/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3451586/91‑1 (MQ=255) ggTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttg > 1:1458631/1‑91 (MQ=255) gTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttgt < 1:475078/91‑1 (MQ=255) tttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttgtt > 1:2927059/1‑91 (MQ=255) ttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTta < 1:749227/91‑1 (MQ=255) ttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTta < 1:439634/91‑1 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata < 1:678687/91‑1 (MQ=255) atttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataa < 1:1703813/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:2294189/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat > 1:622112/1‑91 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:747454/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:904517/91‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 1:681603/91‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 1:3241608/91‑1 (MQ=255) cacaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAct > 1:3021499/1‑91 (MQ=255) acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActc > 1:1809110/1‑91 (MQ=255) caTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActct > 1:2849566/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCt > 1:2064702/1‑91 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa > 1:1000395/1‑91 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 1:1895295/91‑1 (MQ=255) tttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTaa < 1:1198992/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 1:426367/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 1:1137377/91‑1 (MQ=255) aataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaa > 1:2762743/1‑91 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAATaaa > 1:3217975/1‑91 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaaa > 1:480258/1‑91 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaaa > 1:98075/1‑91 (MQ=255) taataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAt > 1:2702135/1‑91 (MQ=255) taataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAt < 1:3444964/91‑1 (MQ=255) aataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAtt < 1:3605063/91‑1 (MQ=255) aataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAtt > 1:1569257/1‑91 (MQ=255) ataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAttt > 1:1697099/1‑91 (MQ=255) ataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAttt > 1:1696986/1‑91 (MQ=255) acgaagcttgaatatatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg > 1:679875‑M2/55‑91 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg > 1:1059985/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg < 1:143057/91‑1 (MQ=255) AAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTgtgt > 1:2280913‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt > 1:2103064‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt < 1:2857482‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt < 1:2261314‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt < 1:1338551‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCttt < 1:2930868‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCttt < 1:1534732‑M1/91‑1 (MQ=255) GAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTc < 1:2337416‑M1/91‑1 (MQ=255) GAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTc > 1:117606‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt > 1:2186443‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt > 1:132261‑M1/1‑91 (MQ=255) tatatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATACTACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATg > 1:3396662‑M2/43‑91 (MQ=255) tatatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATg > 1:2850693‑M2/43‑91 (MQ=255) atatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGt > 1:1164715‑M2/42‑91 (MQ=255) TATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGtt > 1:1250848‑M1/1‑91 (MQ=255) TATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGtt < 1:3462334‑M1/91‑1 (MQ=255) atgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTg > 1:112066‑M2/40‑91 (MQ=255) tgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGc > 1:3531226‑M2/39‑91 (MQ=255) ATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCgg > 1:527971‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCgg < 1:3373533‑M1/91‑1 (MQ=255) TATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGt < 1:1518896‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt > 1:3095699/1‑91 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt < 1:2192783/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt < 1:2193276/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt < 1:3111275/91‑1 (MQ=255) tttGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCa < 1:1400953/91‑1 (MQ=255) ttGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCaa < 1:3967361/91‑1 (MQ=255) tggtgCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAata < 1:3837312/91‑1 (MQ=255) gtgCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATAtt < 1:1608975/91‑1 (MQ=255) gtgCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATAtt > 1:2085794/1‑91 (MQ=255) 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catatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTgg < 1:77835‑M2/76‑1 (MQ=255) catatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTgg < 1:518588‑M2/76‑1 (MQ=255) atatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGgt > 1:2426529‑M2/15‑91 (MQ=255) tatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGgtg < 1:1251219‑M2/78‑1 (MQ=255) ttcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGcc < 1:1859941‑M2/82‑1 (MQ=255) agcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGAc > 1:3527571‑M2/6‑91 (MQ=255) agcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGAc > 1:747079‑M2/6‑91 (MQ=255) gcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGAct < 1:2193456‑M2/87‑1 (MQ=255) cttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGActc > 1:1434001‑M2/4‑91 (MQ=255) cttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGActc > 1:2127522‑M2/4‑91 (MQ=255) tCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTa > 1:3125753‑M2/2‑91 (MQ=255) tCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTa > 1:2052955‑M2/2‑91 (MQ=255) tCGTTAGGTTGTCATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTa > 1:3199415‑M2/2‑91 (MQ=255) cGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTAc > 1:320139/1‑91 (MQ=255) | CATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTAC > USA300TCH1516_ALE/1990303‑1990482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |