| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1996391 | 58 (0.590) | 4 (0.050) | 4/144 | NT | 7.4% | noncoding (66/74 nt) | USA300TCH1516_01862 | tRNA‑His |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1996449 | 48 (0.540) | noncoding (8/74 nt) | USA300TCH1516_01862 | tRNA‑His | |||||
CTGGGCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTAGGAATCGAA > USA300TCH1516_ALE/1996301‑1996481 | cTGGGCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTG < 1:3131404‑M1/91‑1 (MQ=255)cTGGGCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTG < 1:3480501‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGGCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGa < 1:1389736/91‑1 (MQ=255) tGGGCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGa < 1:1389808/91‑1 (MQ=255) gggCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCCTTAATAATAAGGGCGGCTGaa > 1:2511264/1‑91 (MQ=255) gggCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGaa < 1:347869/91‑1 (MQ=255) ggCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAg < 1:2970586/91‑1 (MQ=255) gCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAgg > 1:3621093/1‑91 (MQ=255) cTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAggg < 1:3005081/91‑1 (MQ=255) cTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAggg > 1:1486577/1‑91 (MQ=255) tGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCg > 1:921431/1‑91 (MQ=255) tGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCg > 1:921313/1‑91 (MQ=255) ggATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGa > 1:1340255/1‑91 (MQ=255) ttCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAAcc < 1:3160445/91‑1 (MQ=255) ttCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAAcc > 1:4045763/1‑91 (MQ=255) tCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAAccc < 1:2114721/91‑1 (MQ=255) tCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAAccc < 1:3802931/91‑1 (MQ=255) gAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTc > 1:1489132/1‑91 (MQ=255) gAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTc < 1:1100452/91‑1 (MQ=255) gAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTc > 1:2621946/1‑91 (MQ=255) aaCCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTTGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCg < 1:2652598/91‑1 (MQ=255) aaCCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCg > 1:3616327/1‑91 (MQ=255) aCCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGa > 1:1115151/1‑91 (MQ=255) cAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAAt > 1:1288583/1‑91 (MQ=255) aCGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGt > 1:1590143/1‑91 (MQ=255) aCGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGt > 1:4045306/1‑91 (MQ=255) cGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTc > 1:711710/1‑91 (MQ=255) aGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCgg < 1:2621689/91‑1 (MQ=255) aGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCgg > 1:717088/1‑91 (MQ=255) gTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGa > 1:642254/1‑91 (MQ=255) gTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGa < 1:2668331/91‑1 (MQ=255) gTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGa < 1:1913725/91‑1 (MQ=255) aCGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAAcc < 1:772560/91‑1 (MQ=255) cGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACca > 1:1507818/1‑91 (MQ=255) aGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACaa < 1:2838158/91‑1 (MQ=255) gTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAAt < 1:1686458/91‑1 (MQ=255) gTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAAt < 1:726394/91‑1 (MQ=255) gTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAAt < 1:2686152/91‑1 (MQ=255) aaGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGa > 1:3193021/1‑91 (MQ=255) aaGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGa < 1:3068471/91‑1 (MQ=255) aGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGAt < 1:2358567/91‑1 (MQ=255) gTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATGGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGAtg > 1:3548052/1‑91 (MQ=255) gTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGAtg > 1:1027445/1‑91 (MQ=255) gTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGAtg > 1:3038123/1‑91 (MQ=255) tCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGAtgt > 1:3806176/1‑91 (MQ=255) cGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATgtgt < 1:2240978/91‑1 (MQ=255) cGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATgtgt < 1:3975319/91‑1 (MQ=255) tGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTaa < 1:1410334/91‑1 (MQ=255) tGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTaa > 1:1662324/1‑91 (MQ=255) gCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAAc < 1:3746712/91‑1 (MQ=255) gCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAAc > 1:1153512/1‑91 (MQ=255) ccTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAAcc > 1:762395/1‑91 (MQ=255) ccTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAAcc < 1:873092/91‑1 (MQ=255) cGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACTACAATCCGATGTGTTAACCACTTca > 1:3871664/1‑91 (MQ=255) cGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACTACAATCCGATGTGTTAACCACTTca > 1:3871696/1‑91 (MQ=255) cGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTca > 1:19865/1‑91 (MQ=255) gCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatcccc < 1:1085717‑M1/91‑57 (MQ=255) gCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTcac < 1:2586291/91‑1 (MQ=255) cTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatcccct < 1:2381002‑M1/91‑58 (MQ=255) ttGGCTATCGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatcccctt < 1:3346434‑M1/91‑59 (MQ=255) tGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttc < 1:2522753‑M1/91‑60 (MQ=255) tGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAc < 1:1757855‑M2/91‑2 (MQ=255) ataGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAcagccg < 1:2800524‑M2/91‑7 (MQ=255) taGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAcagccgc > 1:2683032‑M2/1‑84 (MQ=255) taGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAcagccgc > 1:1632065‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAcagccgcc < 1:1033516‑M2/91‑9 (MQ=255) aGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAcagccgcc > 1:1000990‑M2/1‑83 (MQ=255) gCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCa > 1:2533425/1‑91 (MQ=255) gCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCa < 1:880818/91‑1 (MQ=255) gCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCa < 1:1777706/91‑1 (MQ=255) ataataaGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGACAggg > 1:507073/1‑91 (MQ=255) taataaGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAgggg < 1:3786509/91‑1 (MQ=255) aataaGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTAGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGc > 1:3499219/1‑91 (MQ=255) aGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTa > 1:682229/1‑91 (MQ=255) aGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTa > 1:2623560/1‑91 (MQ=255) aGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTa > 1:1880359/1‑91 (MQ=255) gggCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTAg < 1:1900419/91‑1 (MQ=255) ggcggcTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttcagccgcccttattattaatgggct < 1:1033516‑M1/91‑84 (MQ=255) ggcggcTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttcagccgcccttattattaatgggct > 1:1000990‑M1/1‑8 (MQ=255) ggcggcTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTAgg < 1:3139685/91‑1 (MQ=255) gcggcTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttcagccgcccttattattaatgggcta > 1:1632065‑M1/1‑7 (MQ=255) gcggcTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttcagccgcccttattattaatgggcta > 1:2683032‑M1/1‑7 (MQ=255) cggcTGtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttcagccgcccttattattaatgggctat < 1:2800524‑M1/91‑86 (MQ=255) ggcTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTAGGAAt < 1:1671981/91‑1 (MQ=255) gcTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTAGGAATc > 1:889083/1‑91 (MQ=255) gtggtgaagtggttaacacatcggattgtggttccgacattcgagggttcgatccccttcagccgcccttattattaatgggctatagcca < 1:1757855‑M1/91‑91 (MQ=255) gAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCAcagccgcccttattattaatgggctatagcca < 1:2522753‑M2/91‑33 (MQ=255) | CTGGGCTAGCTGGATTCGAACCAACGAGTGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATAGCCCATTAATAATAAGGGCGGCTGAAGGGGATCGAACCCTCGAATGTCGGAACCACAATCCGATGTGTTAACCACTTCACCACAGCCGCCATGGCAGGGGCAGTAGGAATCGAA > USA300TCH1516_ALE/1996301‑1996481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |