| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2004069 | 94 (0.960) | 11 (0.130) | 6/142 | NT | 11.6% | intergenic (‑2292/+92) | USA300TCH1516_01884/perR | tRNA‑Ile/Peroxide‑responsive repressor PerR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2004081 | 85 (0.970) | intergenic (‑2304/+80) | USA300TCH1516_01884/perR | tRNA‑Ile/Peroxide‑responsive repressor PerR | |||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ACTAGTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGCTTACTT‑ATATGAAGTAAGCTAACGCTTTTTTAATTTGTCATACTACCAAAGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2003979‑2004159 | aCTAGTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAAC > 1:1772986‑M1/1‑91 (MQ=255)aCTAGTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAAC < 1:2366879‑M1/91‑1 (MQ=255)aCTAGTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAAC > 1:1771906‑M1/1‑91 (MQ=255)aCTAGTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑‑AAAAAAAGTTAaaca > 1:743266/1‑91 (MQ=255) gTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACt > 1:2458411/1‑91 (MQ=255) gTTATTAGTTAATACCACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACt > 1:1157057/1‑91 (MQ=255) 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aCCTCTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgttta < 1:3736868‑M1/91‑18 (MQ=255) ccACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaa < 1:2776318‑M1/91‑19 (MQ=255) cACTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaac < 1:4073749‑M1/91‑20 (MQ=255) aCTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTTTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaact < 1:3853063‑M1/91‑21 (MQ=255) aCTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaact < 1:2008136‑M1/91‑21 (MQ=255) cTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaactt < 1:2108364‑M1/91‑22 (MQ=255) cTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaactt < 1:44442‑M1/91‑22 (MQ=255) cTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCgtttaactt < 1:3141830‑M2/91‑10 (MQ=255) cTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCgtttaactt > 1:288308‑M2/1‑82 (MQ=255) cTTCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCgtttaactt < 1:1111076‑M2/91‑10 (MQ=255) tCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaactttt < 1:990582‑M1/91‑24 (MQ=255) tCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACgacatgaaagttgtttaactttt < 1:991436‑M1/91‑24 (MQ=255) tCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAActtct < 1:718277/91‑1 (MQ=255) tCCGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAActtct < 1:2395604/91‑1 (MQ=255) ccGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATACGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAActtctt > 1:4137074/1‑91 (MQ=255) cGTAGTTAGAATATTCTTTTCTTCAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTa > 1:3989056/1‑91 (MQ=255) 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ttcttcAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGCTTACTt‑at > 1:926764/1‑91 (MQ=255) tcttcAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGCTTACTt‑ata < 1:408109/91‑1 (MQ=255) cttcAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGcttacttcata < 1:2899366/91‑5 (MQ=255) cttcAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGcttacttcata < 1:4039871/91‑5 (MQ=255) cttcAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGcttacttcata < 1:3784973/91‑5 (MQ=255) cttcAATTTAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGCTTACTT‑atat < 1:4021758/91‑1 (MQ=255) tttAAATATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGCTTACTT‑ATATGAAGTa < 1:1109703/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTTTCAGAATAAGCAT‑AAAAAAAAGTTAAACAACTTTCATGTCGTTTAACTTCTTAAATATTACGCTTACTTCATAT‑AAGTAAGc < 1:2815896/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |