New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2019127 = | 106 (1.080) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 7.6% | intergenic (‑209/+132) | mgt/yraA | Monofunctional glycosyltransferase/Putative cysteine protease YraA |
? | USA300TCH1516_ALE | 2019176 = | 75 (0.860) | intergenic (‑258/+83) | mgt/yraA | Monofunctional glycosyltransferase/Putative cysteine protease YraA |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATACTTACTTTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAA > USA300TCH1516_ALE/2019038‑2019217 | tagaagtattgtggttatcgattgttaaaatttatatattttcgtttgaaatgaaatatggattttagttttaataaatgaataacAAATa < 1:4065602‑M1/5‑1 (MQ=255) cttacttTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTataaaaata > 1:2340894/1‑91 (MQ=255) ttacttTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTataaaaataa < 1:1368658/91‑1 (MQ=255) ttacttTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTataaaaataa < 1:3802569/91‑1 (MQ=255) tacttTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATTATGTCAAATATTGTTATATTTTataaaaatatt > 1:2263189/1‑89 (MQ=255) acttTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTataaaaataaaa < 1:2108127/91‑1 (MQ=255) 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aaaaataaaaGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATAtttcatttca > 1:3391097/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaa < 1:3182714/91‑1 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa > 1:3713614‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa > 1:3713599‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa < 1:2264393‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa < 1:1733754‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATACTTACTTTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAA > USA300TCH1516_ALE/2019038‑2019217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |