New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2019127 = | 106 (1.080) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 7.6% | intergenic (‑209/+132) | mgt/yraA | Monofunctional glycosyltransferase/Putative cysteine protease YraA |
? | USA300TCH1516_ALE | 2019176 = | 75 (0.860) | intergenic (‑258/+83) | mgt/yraA | Monofunctional glycosyltransferase/Putative cysteine protease YraA |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAATACTTCTATTGTA > USA300TCH1516_ALE/2019086‑2019266 | ttttAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTg < 1:2959372/91‑1 (MQ=255) ttttAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTg < 1:2959545/91‑1 (MQ=255) ttAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGtt < 1:1666073/91‑1 (MQ=255) aaatgaaatatggattttagttttaataaatgaataacAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTa > 1:2397194‑M1/39‑91 (MQ=255) aaaTATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTAt > 1:764658/1‑91 (MQ=255) tgaaatatggattttagttttaataaatgaataacAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTc > 1:3126881‑M1/36‑91 (MQ=255) 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atTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAGATCCATattt < 1:2649488/91‑1 (MQ=255) atTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATattt < 1:3996469/91‑1 (MQ=255) atTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATattt < 1:1377017/91‑1 (MQ=255) atTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATattt < 1:2648988/91‑1 (MQ=255) atTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATattt < 1:2649487/91‑1 (MQ=255) gaataacaaataaaaggtcgtctctattggcatttaatagggatggtcttttatttGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATatttca > 1:3126881‑M2/57‑91 (MQ=255) gaataacaaataaaaggtcgtctctattggcatttaatagggatggtcttttatttGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATatttca > 1:3127112‑M2/57‑91 (MQ=255) ttATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATatttcat > 1:1195942/1‑91 (MQ=255) 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aaaaataaaaGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATAtttcatttca > 1:2397865/1‑91 (MQ=255) aaaaataaaaGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATAtttcatttca > 1:3391097/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaa < 1:3182714/91‑1 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa < 1:1733754‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa > 1:3713599‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa < 1:2264393‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa > 1:3713685‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCaaa > 1:3713614‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cgacCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACaa > 1:3080434/1‑91 (MQ=255) gacCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAAt < 1:1506284/91‑1 (MQ=255) acCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAATa > 1:3584446/1‑91 (MQ=255) ttttatttGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAATACtt < 1:1315080‑M2/83‑1 (MQ=255) tatttGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAATACTTCTa < 1:4065602‑M2/86‑1 (MQ=255) gTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAATACTTCTATTGTa > 1:1173518/1‑91 (MQ=255) | TTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTATAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATTTGTTATTCATTTATTAAAACTAAAATCCATATTTCATTTCAAACGAAAATATATAAATTTTAACAATCGATAACCACAATACTTCTATTGTA > USA300TCH1516_ALE/2019086‑2019266 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |