| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2051385 | 114 (1.160) | 6 (0.060) | 4/152 | NT | 5.2% | coding (908/2193 nt) | pcrA | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2051416 | 112 (1.200) | coding (877/2193 nt) | pcrA | ATP‑dependent DNA helicase PcrA | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ATTACAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGATTGTATTC > USA300TCH1516_ALE/2051295‑2051474 | aTTATAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCT < 1:3460162‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTAGAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCT < 1:3459579‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTACAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCT < 1:456578‑M1/91‑1 (MQ=255) ttACAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCtt < 1:1719315/91‑1 (MQ=255) cAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACg < 1:702286/91‑1 (MQ=255) cAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACg > 1:3079636/1‑91 (MQ=255) aaTTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGtt < 1:3163351/91‑1 (MQ=255) aTTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTc < 1:917232/91‑1 (MQ=255) aTTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTc < 1:1517075/91‑1 (MQ=255) gCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAat < 1:1957597/91‑1 (MQ=255) cTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAatt > 1:3460867/1‑91 (MQ=255) cTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAatt < 1:1794543/91‑1 (MQ=255) cTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAatt > 1:1677232/1‑91 (MQ=255) ttCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGATCAGActta > 1:3730391/1‑91 (MQ=255) atcaCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTACTGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTAttt > 1:637520/1‑91 (MQ=255) tcaCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTAtttt < 1:3405213/91‑1 (MQ=255) caCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTAttttt < 1:1111934/91‑1 (MQ=255) caCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTAttttt > 1:3153132/1‑91 (MQ=255) caCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTAttttt < 1:3008376/91‑1 (MQ=255) aCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTa < 1:2287566/91‑1 (MQ=255) aCGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTa > 1:1294580/1‑91 (MQ=255) cGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTaa > 1:2164007/1‑91 (MQ=255) gTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAAAATTATTTTTAAt > 1:4147385/1‑91 (MQ=255) ccGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCAc < 1:1411345/91‑1 (MQ=255) ccGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCAc < 1:2717412/91‑1 (MQ=255) cGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACt < 1:1406338/91‑1 (MQ=255) gTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACtt < 1:768959/91‑1 (MQ=255) gTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACtt > 1:549380/1‑91 (MQ=255) gTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACtt < 1:768588/91‑1 (MQ=255) tCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTc > 1:2908386/1‑91 (MQ=255) cATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCg > 1:644437/1‑91 (MQ=255) cATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCg < 1:50195/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGt > 1:710480/1‑91 (MQ=255) ttGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgta < 1:354334‑M1/91‑32 (MQ=255) ttGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgta < 1:354350‑M1/91‑32 (MQ=255) gCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaag < 1:579092‑M1/91‑34 (MQ=255) gCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTag < 1:1877999‑M2/91‑3 (MQ=255) gCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTag > 1:1414056‑M2/1‑89 (MQ=255) ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:1828237‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:2326758‑M2/1‑87 (MQ=255) tCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaagcca < 1:1722063‑M1/91‑37 (MQ=255) tCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCg < 1:2574609/91‑1 (MQ=255) cATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGc < 1:1641370/91‑1 (MQ=255) cATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGc < 1:1641456/91‑1 (MQ=255) cATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGc > 1:1007869/1‑91 (MQ=255) cATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTACAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGc > 1:16623/1‑91 (MQ=255) aTAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCa > 1:2422977/1‑91 (MQ=255) aTAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCa > 1:1199515/1‑91 (MQ=255) aTAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCa > 1:1199504/1‑91 (MQ=255) aTAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCa < 1:86695/91‑1 (MQ=255) aTGACTTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTaaa > 1:835825/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTaaa < 1:2157986/91‑1 (MQ=255) aTGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTaaa < 1:2876724/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATc > 1:3186196/1‑91 (MQ=255) aaTTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATc > 1:1160737/1‑91 (MQ=255) tttCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGtt > 1:1950500/1‑91 (MQ=255) tttCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGtt < 1:378916/91‑1 (MQ=255) ttCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCAATTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGttt > 1:1167763/1‑91 (MQ=255) ctcACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTtc > 1:3588982/1‑91 (MQ=255) tcACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTtcg > 1:1258476/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTtcgtc > 1:3878878/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTtcgtc < 1:1903776/91‑1 (MQ=255) aCCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTtcgtc > 1:3878703/1‑91 (MQ=255) cATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCCCTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGa > 1:1353349/1‑91 (MQ=255) cATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGa < 1:2077546/91‑1 (MQ=255) cATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGa < 1:3211488/91‑1 (MQ=255) tCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACg > 1:231628/1‑91 (MQ=255) tCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACg < 1:299942/91‑1 (MQ=255) gTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGAt > 1:3105900/1‑91 (MQ=255) gTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGAt < 1:1759582/91‑1 (MQ=255) 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cTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGAt < 1:3673146/91‑1 (MQ=255) cTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGAt > 1:677221/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGAt > 1:4038680/1‑91 (MQ=255) tGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatga < 1:1722063‑M2/91‑56 (MQ=255) tGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGATTGTa < 1:1769956/91‑1 (MQ=255) tGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGATTGTa < 1:2051841/91‑1 (MQ=255) ggCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaa > 1:1828195‑M1/1‑4 (MQ=255) ggCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaa > 1:1828237‑M1/1‑4 (MQ=255) ggCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaa > 1:1157105‑M1/1‑4 (MQ=255) ggCTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaa > 1:1034588‑M1/1‑4 (MQ=255) ggCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGATTGTAt < 1:160755/91‑1 (MQ=255) cTaacgaagtgattaaaaataattctgaacgtaagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaagc > 1:1414056‑M1/1‑2 (MQ=255) cTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaagc < 1:579092‑M2/91‑59 (MQ=255) cTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagccaaaaggactgtggactgcaaatacgaatggtgagaaaattcattactatgaagc < 1:3566899‑M2/91‑59 (MQ=255) | ATTACAAATTCCGCTTCATCACGTTCCGTCATTGCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGATTGTATTC > USA300TCH1516_ALE/2051295‑2051474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |