New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2051385 | 114 (1.160) | 6 (0.060) | 4/152 | NT | 5.2% | coding (908/2193 nt) | pcrA | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2051416 | 112 (1.200) | coding (877/2193 nt) | pcrA | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GCTTCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCGCATTTAAAATCGTTTTCGTCGAACGATAATTTTGCTCTAAAAAGATTGTATTCGCTTCTGGATAGTCTTTTTCAAATGATAAGAT > USA300TCH1516_ALE/2051328‑2051506 | ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:1034588‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:1157105‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:2326758‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:1828237‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTagcc > 1:1828195‑M2/1‑87 (MQ=255) tCATAGTAATGAATTTTCTCACCATTCGTATTTGCAGTCCACAGTCCTTTTGGCTTACGTTCAGAATTATTTTTAATCACTTCGTTAGCCg < 1:2574609/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |