New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2053094 = | 111 (1.130) | 7 (0.080) | 4/144 | NT | 7.3% | intergenic (‑113/+59) | pcrB/trpR | Heptaprenylglyceryl phosphate synthase/Trp operon repressor |
? | USA300TCH1516_ALE | 2053141 = | 77 (0.870) | intergenic (‑160/+12) | pcrB/trpR | Heptaprenylglyceryl phosphate synthase/Trp operon repressor |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCT > USA300TCH1516_ALE/2053004‑2053183 | atacataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGaaaa > 1:3085902/1‑91 (MQ=255) atacataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGaaaa > 1:1393829/1‑91 (MQ=255) tacataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGaaaaa < 1:918853/91‑1 (MQ=255) cataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAAc < 1:1163230/91‑1 (MQ=255) cataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAAc > 1:4017208/1‑91 (MQ=255) aagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAAc > 1:2915573‑M1/88‑91 (MQ=255) aagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAAc > 1:3734436‑M1/88‑91 (MQ=255) aagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAAc > 1:1170287‑M1/88‑91 (MQ=255) atatGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACa < 1:2613841/91‑1 (MQ=255) tatGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACaa > 1:3891094/1‑91 (MQ=255) gcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAACaa < 1:90690‑M1/6‑1 (MQ=255) cgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAACAAt < 1:3775646‑M1/7‑1 (MQ=255) tGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATg < 1:3189836/91‑1 (MQ=255) tGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATg > 1:1762581/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |