| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 104 (1.060) | 9 (0.110) | 5/138 | NT | 9.6% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 79 (0.930) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAT > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082457 | tATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCa > 1:148329/1‑91 (MQ=255)tATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCa > 1:3168092/1‑91 (MQ=255)tATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCa < 1:653983/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTTCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAc < 1:3505338/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAc < 1:3504929/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAc < 1:3679199/91‑1 (MQ=255) aaaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAAc > 1:1206302‑M1/89‑91 (MQ=255) aaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAAcc > 1:965875‑M1/88‑91 (MQ=255) aaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAAcc < 1:56366‑M1/4‑1 (MQ=255) aactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCa > 1:3557710‑M1/87‑91 (MQ=255) aactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCa > 1:1839541‑M1/87‑91 (MQ=255) cGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaa < 1:3616080/91‑1 (MQ=255) gTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaat < 1:1264010/91‑1 (MQ=255) gTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaat > 1:1075294/1‑91 (MQ=255) gTTGAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTCATTTCAACCaat < 1:3212217/91‑1 (MQ=255) gTTCAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTGATTTCAACCaat < 1:3212235/91‑1 (MQ=255) ctaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgagactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaat > 1:214600‑M1/85‑91 (MQ=255) taattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaata < 1:1477314‑M1/8‑1 (MQ=255) aattaggtatagtgtttgacgagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataa < 1:2691851‑M1/9‑1 (MQ=255) aattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataa < 1:1819703‑M1/9‑1 (MQ=255) aattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataa > 1:2118309‑M1/83‑91 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaataat < 1:3574440/91‑1 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaataat < 1:735577/91‑1 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaataat < 1:2436093/91‑1 (MQ=255) attaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataat < 1:3025141‑M1/10‑1 (MQ=255) attaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataat < 1:2028868‑M1/10‑1 (MQ=255) attaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataat < 1:3025288‑M1/10‑1 (MQ=255) ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc > 1:664256‑M1/81‑91 (MQ=255) ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc > 1:664507‑M1/81‑91 (MQ=255) ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc < 1:3057785‑M1/11‑1 (MQ=255) aGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATc > 1:2734946/1‑91 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt > 1:1338114/1‑91 (MQ=255) gtgtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTACTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtgat > 1:3591228/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTa < 1:1146914/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTa < 1:1147087/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATg > 1:926468/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATg > 1:2259456/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATg < 1:1731047/91‑1 (MQ=255) aagaagATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGAc > 1:3749544/1‑91 (MQ=255) agaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACt < 1:983776/91‑1 (MQ=255) agaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTACGACt < 1:3281219/91‑1 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 1:1683668/1‑91 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 1:3076946/1‑91 (MQ=255) agaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCgg < 1:2663692/91‑1 (MQ=255) agaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCgg < 1:2663998/91‑1 (MQ=255) gaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGa > 1:467297/1‑91 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGat > 1:687096/1‑91 (MQ=255) cccTCATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGattatt < 1:3730348/91‑1 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTg > 1:107729/1‑91 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTg > 1:108991/1‑91 (MQ=255) tgaataaaatatatcgtatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTgg > 1:1342890‑M1/56‑91 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGt < 1:775125/91‑1 (MQ=255) caTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtt < 1:2964839/91‑1 (MQ=255) aataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtt > 1:2707429‑M1/54‑91 (MQ=255) aataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtt > 1:1231744‑M1/54‑91 (MQ=255) ataaaatatgtcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 1:1643543‑M1/53‑91 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt > 1:3758216/1‑91 (MQ=255) tttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 1:2554556/1‑91 (MQ=255) tttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 1:1749333/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt > 1:459201/1‑91 (MQ=255) tatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt > 1:704319‑M1/47‑91 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt < 1:2498933/91‑1 (MQ=255) 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aGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATa > 1:2549721/1‑91 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATaa > 1:851572/1‑91 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATaa > 1:1794074/1‑91 (MQ=255) aTAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAg < 1:3227172/91‑1 (MQ=255) aTAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAg < 1:4038978/91‑1 (MQ=255) aattaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat > 1:1381812/1‑91 (MQ=255) aattaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat > 1:2979978/1‑91 (MQ=255) aattaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat > 1:3655640/1‑91 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata > 1:242573/1‑91 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:2899640/1‑91 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:2516220/1‑91 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat < 1:3190720/91‑1 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTATTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt > 1:3584908/1‑91 (MQ=255) cAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAt < 1:1172549/91‑1 (MQ=255) | TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAT > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |