| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2140331 = | 73 (0.740) | 4 (0.040) | 4/150 | NT | 5.7% | intergenic (‑771/+140) | USA300HOU_RS10910/groL | hypothetical protein/60 kDa chaperonin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2140372 = | 65 (0.710) | intergenic (‑812/+99) | USA300HOU_RS10910/groL | hypothetical protein/60 kDa chaperonin | |||||
ACACATTAAAGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAGAATGAAT > USA300TCH1516_ALE/2140241‑2140420 | tagttttgactaactagaaaattacattatgcacgagtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacga < 1:768616‑M1/1‑1 (MQ=255)tagttttgactaactagaaaattacattatgcacgagtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacga > 1:3722739‑M1/91‑91 (MQ=255) cacaTTAAAGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAg > 1:1954820/1‑91 (MQ=255) gttttgactaactagaaaattacattatgcacgagtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacgaga < 1:2654752‑M1/3‑1 (MQ=255) acaTTAAAGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGa < 1:1599826/91‑1 (MQ=255) ttttgactaactagaaaattacattatgcacgagtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacgAGAc > 1:3916574‑M1/88‑91 (MQ=255) aTTAAAGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACg > 1:1182420/1‑91 (MQ=255) aaaGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCt > 1:2803927/1‑91 (MQ=255) aaGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTc < 1:1807011/91‑1 (MQ=255) aGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTcc > 1:1692183/1‑91 (MQ=255) aGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTcc > 1:1830663/1‑91 (MQ=255) gAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTccc < 1:3230628/91‑1 (MQ=255) gAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTccc < 1:3296863/91‑1 (MQ=255) gAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTccc < 1:2581988/91‑1 (MQ=255) aTACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATa > 1:2789282/1‑91 (MQ=255) aTACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATa > 1:4135501/1‑91 (MQ=255) tACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATaa > 1:2266491/1‑91 (MQ=255) tACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATaa > 1:808446/1‑91 (MQ=255) cAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGt < 1:4047672/91‑1 (MQ=255) cAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGt > 1:2485001/1‑91 (MQ=255) aaGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGtt > 1:2337788/1‑91 (MQ=255) aaGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGtt > 1:2337384/1‑91 (MQ=255) aaGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGtt > 1:2336853/1‑91 (MQ=255) aGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGttt > 1:1036516/1‑91 (MQ=255) aaCGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAg > 1:1822912/1‑91 (MQ=255) aaCGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAg > 1:1737758/1‑91 (MQ=255) aaCGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAg > 1:1736124/1‑91 (MQ=255) aaCGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCACAAGTTTAg > 1:1738410/1‑91 (MQ=255) cGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTc < 1:1044254/91‑1 (MQ=255) cGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTc < 1:1044737/91‑1 (MQ=255) aTTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCAc < 1:3975185/91‑1 (MQ=255) ttACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCAcc > 1:1566334/1‑91 (MQ=255) aCGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCaa > 1:1316133/1‑91 (MQ=255) aCGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCaa < 1:1731529/91‑1 (MQ=255) cacgagtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacgAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATgg > 1:1474433‑M1/60‑91 (MQ=255) acgagtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacgAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGa > 1:4045359‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAg > 1:923416/1‑91 (MQ=255) aaaGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAg > 1:3990013/1‑91 (MQ=255) gtatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacgAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGAc > 1:1559924‑M1/55‑91 (MQ=255) aGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGAc < 1:2458072/91‑1 (MQ=255) tatgattcattctaagtataaattagaatgcacgcaaatatattttaattacgAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACg > 1:1059757‑M1/54‑91 (MQ=255) gATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACg > 1:1498803/1‑91 (MQ=255) atatCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGt > 1:2331063/1‑91 (MQ=255) tatCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGtc > 1:386145/1‑91 (MQ=255) atCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGtct > 1:1845753/1‑91 (MQ=255) tCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGtctc < 1:1258814/91‑1 (MQ=255) tCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGtctc < 1:1258670/91‑1 (MQ=255) cAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCg < 1:1035308/91‑1 (MQ=255) cAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCg < 1:3412745/91‑1 (MQ=255) aaTACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGt > 1:4092903/1‑91 (MQ=255) aaTACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGt > 1:1907100/1‑91 (MQ=255) aCCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAAt > 1:4027432/1‑91 (MQ=255) cTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTaaa > 1:2581897/1‑91 (MQ=255) cTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTaaa > 1:402388/1‑91 (MQ=255) tGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAata < 1:1875338/91‑1 (MQ=255) gAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAatat > 1:3139837/1‑91 (MQ=255) gAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAatat > 1:3139722/1‑91 (MQ=255) gAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAatat > 1:2385030/1‑91 (MQ=255) atatCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAatatat > 1:1742376/1‑91 (MQ=255) tatCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATAtt > 1:640299/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGt < 1:562594/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTg > 1:424205/1‑91 (MQ=255) gCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGc < 1:2979858/91‑1 (MQ=255) aaaaTCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCAtt < 1:1554003/91‑1 (MQ=255) aaaaTCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCAtt < 1:693271/91‑1 (MQ=255) aaTCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCt < 1:2092515/91‑1 (MQ=255) cacaAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAt > 1:2738111/1‑91 (MQ=255) cacaAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAt < 1:430295/91‑1 (MQ=255) cacaAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAt > 1:3441548/1‑91 (MQ=255) acaAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAtt < 1:959583/91‑1 (MQ=255) acaAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAtt > 1:2151603/1‑91 (MQ=255) caAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAttt > 1:657374/1‑91 (MQ=255) caAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAAttt > 1:657011/1‑91 (MQ=255) aaaTTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTta > 1:1253913/1‑91 (MQ=255) aTTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATNTGCNTGCATTNTAATTtana > 1:2289196/1‑91 (MQ=255) tACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGCAGACGTCTCGTAATTAACACATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAg > 1:4016943/1‑91 (MQ=255) tACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAg < 1:2700928/91‑1 (MQ=255) tACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAg < 1:2700802/91‑1 (MQ=255) tACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAg > 1:351567/1‑91 (MQ=255) aCAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAga > 1:2965913/1‑91 (MQ=255) aCAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAga < 1:2505217/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaa < 1:2437790/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaa < 1:2438147/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaa < 1:2055459/91‑1 (MQ=255) aaaaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatga < 1:136333/91‑1 (MQ=255) aaaaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatga < 1:3783803/91‑1 (MQ=255) aaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatgaat < 1:1599799/91‑1 (MQ=255) aaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatgaat < 1:368572/91‑1 (MQ=255) aaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatgaat < 1:356624/91‑1 (MQ=255) aaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatgaat < 1:1219118/91‑1 (MQ=255) aaGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAgaatgaat < 1:368661/91‑1 (MQ=255) | ACACATTAAAGAAATACAAGAACGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAGACGCCTCCCATAAGTTTAGTCACCAAATGGAAGACGTCTCGTAATTAAAATATATTTGCGTGCATTCTAATTTATACTTAGAATGAAT > USA300TCH1516_ALE/2140241‑2140420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |