| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160387 | 92 (0.940) | 9 (0.110) | 8/136 | NT | 10.0% | intergenic (+20/‑341) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160400 | 83 (0.990) | intergenic (+33/‑328) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGA > USA300TCH1516_ALE/2160298‑2160475 | aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg < 1:1851837/91‑1 (MQ=255)aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg > 1:2595483/1‑91 (MQ=255)aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg < 1:2829527/91‑1 (MQ=255)aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg > 1:3243937/1‑91 (MQ=255) aaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGt > 1:3710790/1‑91 (MQ=255) aaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTa > 1:2720227/1‑91 (MQ=255) aaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTa > 1:1231974/1‑91 (MQ=255) cAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTaaa < 1:4104408/91‑1 (MQ=255) aaGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTaaaa > 1:68955/1‑91 (MQ=255) gATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATc > 1:807222/1‑91 (MQ=255) aTAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCg > 1:1499844/1‑91 (MQ=255) aTAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCg > 1:74555/1‑91 (MQ=255) tAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGc > 1:2736568/1‑91 (MQ=255) tAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGc > 1:2736439/1‑91 (MQ=255) aGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCt < 1:2958113/91‑1 (MQ=255) aGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCt < 1:490432/91‑1 (MQ=255) aGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCt < 1:1634114/91‑1 (MQ=255) gCGAACAGAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgatttta < 1:2069701‑M1/91‑13 (MQ=255) gCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCta > 1:137395/1‑91 (MQ=255) aaCAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATag > 1:498090‑M2/1‑89 (MQ=255) aCAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagt < 1:1021939‑M1/91‑17 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag > 1:863865‑M2/1‑83 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag > 1:2887380‑M2/1‑83 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 1:2545186‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 1:2412169‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagt < 1:2447177‑M1/91‑23 (MQ=255) aTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagt > 1:4052240‑M2/1‑82 (MQ=255) ttAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagtt > 1:1165017‑M2/1‑81 (MQ=255) tAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagtta > 1:1638991‑M2/1‑80 (MQ=255) gAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAtt < 1:3036510/91‑1 (MQ=255) gAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAtt > 1:851145/1‑91 (MQ=255) aaCACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgt < 1:804831‑M1/91‑28 (MQ=255) aaCACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttt > 1:3158342/1‑91 (MQ=255) aaCACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttt > 1:3176338/1‑91 (MQ=255) acacGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAtttt > 1:1938773/1‑91 (MQ=255) acacGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAtttt > 1:1192911/1‑91 (MQ=255) cacGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtat < 1:787354‑M1/91‑30 (MQ=255) cacGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttttt > 1:3186866/1‑91 (MQ=255) acGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAtttttt > 1:257617/1‑91 (MQ=255) cTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatattt < 1:1890519‑M1/91‑34 (MQ=255) cTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTAc < 1:1649158/91‑1 (MQ=255) tGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACaaa < 1:1988499/91‑1 (MQ=255) tGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACaaa > 1:1937793/1‑91 (MQ=255) tCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaatt > 1:3157743/1‑91 (MQ=255) tCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaatt > 1:2257637/1‑91 (MQ=255) cTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaattt > 1:2293902/1‑91 (MQ=255) aaTGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaattttaa > 1:223120/1‑91 (MQ=255) aaTGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAA‑‑‑A‑ATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatatttttatagtttttgt < 1:338447‑M1/91‑47 (MQ=255) aTGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaattttaat > 1:253059/1‑91 (MQ=255) aTGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaattttaat > 1:2665350/1‑91 (MQ=255) gggAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaattttaattt < 1:2497751/91‑1 (MQ=255) gaagaaTTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAAttttt > 1:1472146/1‑91 (MQ=255) gaagaaTTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAAttttt > 1:1472128/1‑91 (MQ=255) ttACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTc < 1:2840801/91‑1 (MQ=255) acaacaAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTcac > 1:515577/1‑91 (MQ=255) caacaaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTcaca < 1:3132509/91‑1 (MQ=255) acaaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatttttttatagtttttgttgtaattcttcccatt < 1:338447‑M2/91‑46 (MQ=255) acaaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAAt < 1:3989179/91‑1 (MQ=255) acaaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAAt > 1:6656/1‑91 (MQ=255) acaaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAAt < 1:939634/91‑1 (MQ=255) acaaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAAt < 1:1812434/91‑1 (MQ=255) caaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATa < 1:1046333/91‑1 (MQ=255) caaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATa < 1:864921/91‑1 (MQ=255) caaAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATa > 1:3661509/1‑91 (MQ=255) aaaCTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATaaaa > 1:1043796/1‑91 (MQ=255) aaaCTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATaaaa < 1:2525473/91‑1 (MQ=255) aCTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAAc > 1:1603012/1‑91 (MQ=255) aCTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAAc < 1:1340760/91‑1 (MQ=255) aCTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAAc < 1:271530/91‑1 (MQ=255) taAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTg > 1:347841/1‑91 (MQ=255) taAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTg < 1:85435/91‑1 (MQ=255) taAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTg < 1:2183020/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGa > 1:3824047/1‑91 (MQ=255) aaaTATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatag < 1:1890402‑M2/91‑59 (MQ=255) aaaTATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGata < 1:1011389/91‑1 (MQ=255) aaaTATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGata > 1:3986755/1‑91 (MQ=255) aaTATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGatat < 1:347579/91‑1 (MQ=255) atatACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtatt < 1:1816264/91‑1 (MQ=255) atatACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtatt < 1:1195864/91‑1 (MQ=255) tataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtatta < 1:1841768/91‑1 (MQ=255) tataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtatta < 1:3250824/91‑1 (MQ=255) tataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtatta < 1:1841755/91‑1 (MQ=255) ataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtattat > 1:2480301/1‑91 (MQ=255) ataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtattat < 1:3996637/91‑1 (MQ=255) aCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgtt < 1:804831‑M2/91‑65 (MQ=255) aCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAg < 1:500989/91‑1 (MQ=255) aTAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCt < 1:2876425/91‑1 (MQ=255) tAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTa > 1:492713/1‑91 (MQ=255) aaCTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttctaa > 1:1165017‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttctaa > 1:2235779‑M1/1‑10 (MQ=255) aCTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttctaat < 1:2447177‑M2/91‑70 (MQ=255) aCTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATc > 1:2647885/1‑91 (MQ=255) aCTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATc < 1:3613858/91‑1 (MQ=255) aCTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATc < 1:3613763/91‑1 (MQ=255) aCTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATc < 1:2846833/91‑1 (MQ=255) ctctAACTatagcgattttacagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttctaatt > 1:863865‑M1/1‑8 (MQ=255) ctAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttctaatttt < 1:269556‑M2/91‑73 (MQ=255) aCTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttctaatttttgt < 1:1021939‑M2/91‑76 (MQ=255) aCTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGa > 1:3816852/1‑91 (MQ=255) aCTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGa > 1:3816086/1‑91 (MQ=255) | AAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGA > USA300TCH1516_ALE/2160298‑2160475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |