| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211758 | 97 (0.990) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 6.2% | intergenic (+751/+62) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211795 | 97 (1.140) | intergenic (+788/+25) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CACATTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTT > USA300TCH1516_ALE/2211668‑2211848 | cacaTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGC > 1:895116‑M1/1‑91 (MQ=255)cacaTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGC > 1:504026‑M1/1‑91 (MQ=255) acaTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTgcg > 1:1908551/1‑91 (MQ=255) caTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTgcgc > 1:1626061/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGcc > 1:3032644/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGcc > 1:2303224/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGcc > 1:3032727/1‑91 (MQ=255) ttGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCt > 1:2978706/1‑91 (MQ=255) tGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCta < 1:1544625/91‑1 (MQ=255) tGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCta > 1:304265/1‑91 (MQ=255) gAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCtat > 1:2255177/1‑91 (MQ=255) aaaTCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCtata > 1:3672081/1‑91 (MQ=255) aaTCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATaa < 1:335347/91‑1 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt < 1:1447621/91‑1 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt > 1:2915558/1‑91 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt < 1:3516163/91‑1 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt > 1:2915682/1‑91 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATCTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt < 1:3971724/91‑1 (MQ=255) ctgctgTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCCCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAAtt > 1:4138291/1‑91 (MQ=255) tgTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCt < 1:1404184/91‑1 (MQ=255) gTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCtt < 1:1569204/91‑1 (MQ=255) tttCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTc < 1:2905314/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCa < 1:1794551/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCa < 1:2135506/91‑1 (MQ=255) cTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaact < 1:402499‑M1/91‑29 (MQ=255) cTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAACATTATCTTCAAc < 1:3188648/91‑1 (MQ=255) cTAGTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAAc < 1:3212859/91‑1 (MQ=255) tttATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACttt < 1:2206488/91‑1 (MQ=255) tttATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACttt > 1:1928499/1‑91 (MQ=255) tttATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACttt < 1:503929/91‑1 (MQ=255) tATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttata < 1:1917649‑M1/91‑34 (MQ=255) aTCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatag < 1:2557464‑M1/91‑35 (MQ=255) tCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAgg < 1:1681402/91‑1 (MQ=255) cacaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAggg > 1:1621221/1‑91 (MQ=255) cacaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAggg < 1:809663/91‑1 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:794781/1‑91 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt < 1:124135/91‑1 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:3966395/1‑91 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:1459051/1‑91 (MQ=255) cATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATTATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTg < 1:3290610‑M2/91‑2 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgc < 1:1004896‑M1/91‑40 (MQ=255) tatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgca < 1:2014250‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcaca < 1:1590340‑M1/91‑43 (MQ=255) tataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacatta > 1:1876600‑M2/1‑83 (MQ=255) tataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacatta > 1:1876337‑M2/1‑83 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 1:1264117‑M2/1‑82 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 1:768746‑M2/1‑82 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 1:1332842‑M2/1‑82 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCATATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt < 1:496911‑M2/91‑11 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCATATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt < 1:496910‑M2/91‑11 (MQ=255) aTGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTg < 1:1588853/91‑1 (MQ=255) tgtgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTgg > 1:1771093/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:3835622/1‑91 (MQ=255) cacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTg < 1:1906473/91‑1 (MQ=255) cTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCt < 1:2979824/91‑1 (MQ=255) aaGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTaa > 1:2527977/1‑91 (MQ=255) aGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAg < 1:2657447/91‑1 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg > 1:2432090/1‑91 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg < 1:2145368/91‑1 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 1:3653887/91‑1 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 1:2051006/91‑1 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACCTTATTTGGACTTGCTAAGGTTAt > 1:2678774/1‑91 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAt > 1:1201498/1‑91 (MQ=255) cTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAttt > 1:2413792/1‑91 (MQ=255) tATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttc < 1:267679/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:2919831/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:2153253/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:2153323/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:1945571/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:485443/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:3003278/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:1946584/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 1:2991959/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 1:3898663/91‑1 (MQ=255) cGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctttttctt > 1:3357968/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTtctttttctttt < 1:1837411/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTctttttcttttt < 1:3121044/91‑1 (MQ=255) aaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTa > 1:3140410/1‑91 (MQ=255) aataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatatggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacatta < 1:496910‑M1/91‑82 (MQ=255) aataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacatta > 1:2430240‑M1/1‑10 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:1997648/91‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:1986592/91‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:310785/91‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:316939/91‑1 (MQ=255) ataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattat > 1:1332842‑M1/1‑9 (MQ=255) ataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattat > 1:3959187‑M1/1‑9 (MQ=255) ataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattat < 1:2885964‑M1/91‑83 (MQ=255) ataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattat > 1:1264117‑M1/1‑9 (MQ=255) taatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattata > 1:1876337‑M1/1‑8 (MQ=255) taatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGac < 1:3829933/91‑1 (MQ=255) taatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGac < 1:1158530/91‑1 (MQ=255) taatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGac > 1:3164794/1‑91 (MQ=255) aatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGaca > 1:836983/1‑91 (MQ=255) aatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGaca > 1:4014797/1‑91 (MQ=255) tgtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGAcaca > 1:2381684/1‑91 (MQ=255) gtgCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaat > 1:81029‑M1/1‑4 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 1:576548/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 1:1546683/1‑91 (MQ=255) gcgcCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatat < 1:1004896‑M2/91‑53 (MQ=255) caccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacataatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatg < 1:3290610‑M1/91‑91 (MQ=255) | CACATTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTT > USA300TCH1516_ALE/2211668‑2211848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |