New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211758 | 97 (0.990) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 6.2% | intergenic (+751/+62) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2211795 | 97 (1.140) | intergenic (+788/+25) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGTTGT > USA300TCH1516_ALE/2211705‑2211884 | acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:794781/1‑91 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:3966395/1‑91 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt < 1:124135/91‑1 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:1459051/1‑91 (MQ=255) tatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgca < 1:2014250‑M2/91‑4 (MQ=255) atTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcac > 1:81029‑M2/1‑87 (MQ=255) tataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacatta > 1:1876600‑M2/1‑83 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 1:2885964‑M2/91‑10 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 1:1264117‑M2/1‑82 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 1:3959187‑M2/1‑82 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCATATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt < 1:496911‑M2/91‑11 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCATATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt < 1:496910‑M2/91‑11 (MQ=255) aTGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTg < 1:1588853/91‑1 (MQ=255) tgtgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTgg > 1:1771093/1‑91 (MQ=255) gACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACt > 1:138916/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:3835622/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:3233205/1‑91 (MQ=255) cacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTg < 1:1906473/91‑1 (MQ=255) acTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGc > 1:1784268/1‑91 (MQ=255) cTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCt < 1:2979824/91‑1 (MQ=255) aaGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTaa > 1:2527977/1‑91 (MQ=255) aGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAg > 1:801075/1‑91 (MQ=255) aGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAg < 1:2657447/91‑1 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg > 1:2432090/1‑91 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg < 1:2145368/91‑1 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 1:129703/91‑1 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 1:2051006/91‑1 (MQ=255) ttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGtt < 1:492157/91‑1 (MQ=255) tCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTa > 1:965809/1‑91 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAt > 1:1181286/1‑91 (MQ=255) gCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtt < 1:1576272/91‑1 (MQ=255) cTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAttt > 1:2923370/1‑91 (MQ=255) cTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAttt > 1:2413792/1‑91 (MQ=255) tATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttc < 1:267679/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:2919831/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:2153253/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:2153323/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:3003278/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:1946584/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctt < 1:1946599/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 1:2387962/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 1:2991959/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 1:3898663/91‑1 (MQ=255) gCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctttttct > 1:3309250/1‑91 (MQ=255) cGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctttttctt > 1:3357968/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTctttttcttttt < 1:3121044/91‑1 (MQ=255) aaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTa > 1:3140431/1‑91 (MQ=255) aaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTa > 1:3140410/1‑91 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:1986592/91‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:316939/91‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:310785/91‑1 (MQ=255) taatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGac < 1:1158530/91‑1 (MQ=255) aatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGaca > 1:836983/1‑91 (MQ=255) atGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTGTCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGacac > 1:1840993/1‑91 (MQ=255) tgtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaa < 1:1590340‑M2/91‑50 (MQ=255) tgtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGAcaca > 1:2381684/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 1:576548/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 1:1546683/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 1:1545942/1‑91 (MQ=255) gcgcCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatat < 1:1004896‑M2/91‑53 (MQ=255) gcCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTtg < 1:3217196/91‑1 (MQ=255) cccTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTtgt < 1:1874243/91‑1 (MQ=255) cccTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTtgt < 1:1874155/91‑1 (MQ=255) tataAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatgtgata < 1:1917649‑M2/91‑59 (MQ=255) tataAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatgtgata < 1:1917634‑M2/91‑59 (MQ=255) aaaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGttt < 1:1286960/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGttt > 1:949907/1‑91 (MQ=255) aaaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGttt > 1:949908/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGtttt < 1:1427490/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatgtgataaatag < 1:402499‑M2/91‑64 (MQ=255) 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tAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGccgccg < 1:65322/91‑1 (MQ=255) tAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGccgccg > 1:2697544/1‑91 (MQ=255) aGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGt < 1:706857/91‑1 (MQ=255) aGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGt > 1:585736/1‑91 (MQ=255) aGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGt > 1:585082/1‑91 (MQ=255) gTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGTtgt < 1:4104323/91‑1 (MQ=255) | ACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGTTGT > USA300TCH1516_ALE/2211705‑2211884 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |