| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2218211 = | 63 (0.640) | 9 (0.120) | 7/124 | NT | 13.5% | intergenic (+4/+55) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2218261 = | 67 (0.880) | intergenic (+54/+5) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACATTAAATCTTTGAATG‑TTTTTTTTGTTTTATTTTACATCTTGAATTGCAAATGTAAGTTCACA > USA300TCH1516_ALE/2218121‑2218301 | ggATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATA > 1:943064‑M1/1‑91 (MQ=255)ggAGTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAGAATA < 1:3267156‑M1/91‑1 (MQ=255)aggtaaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaa < 1:2577203‑M1/1‑1 (MQ=255) ggtaaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaaa < 1:4067105‑M1/2‑1 (MQ=255) gATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAA < 1:3018595‑M1/91‑1 (MQ=255) gtaaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaaaa < 1:2630350‑M1/3‑1 (MQ=255) taaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaaaaa < 1:3764159‑M1/4‑1 (MQ=255) taaaggtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaaaaa < 1:1823128‑M1/4‑1 (MQ=255) aTCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAA > 1:425652‑M1/1‑91 (MQ=255) tCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAAC > 1:209467‑M1/1‑91 (MQ=255) gtaatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACAt > 1:2260691‑M1/83‑91 (MQ=255) taatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACAtt > 1:3612360‑M1/82‑91 (MQ=255) taatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACAtt > 1:1294850‑M1/82‑91 (MQ=255) taatgctaaagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACAtt < 1:881607‑M1/10‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |