| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245371 | 96 (0.980) | 10 (0.110) | 8/144 | NT | 10.2% | intergenic (‑230/+106) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245389 | 89 (1.010) | intergenic (‑248/+88) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta | |||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTAA > USA300TCH1516_ALE/2245281‑2245461 | cATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCC < 1:1603613‑M1/91‑1 (MQ=255)cATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCC > 1:2926866‑M1/1‑91 (MQ=255) tACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctc < 1:4055626/91‑1 (MQ=255) tACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctc < 1:1966890/91‑1 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct > 1:1991560/1‑91 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 1:486760/91‑1 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 1:1210147/91‑1 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 1:58556/91‑1 (MQ=255) gCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTcac < 1:1801679/91‑1 (MQ=255) tATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACaa < 1:1473454/91‑1 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt > 1:3049511/1‑91 (MQ=255) cACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCt < 1:1866626/91‑1 (MQ=255) aCTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTg < 1:832785/91‑1 (MQ=255) cTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGt < 1:3616749/91‑1 (MQ=255) cTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGt < 1:1618923/91‑1 (MQ=255) tATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAACTTCTGTa > 1:2070332/1‑91 (MQ=255) gTATATCATTTACAACTTTGATCTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagag < 1:3874618‑M1/91‑20 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATCCTGTACGgg < 1:3729593‑M2/91‑3 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagaggg < 1:2153962‑M1/91‑22 (MQ=255) tatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATGCTGTAAGggga < 1:3760443‑M2/91‑5 (MQ=255) atCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggag > 1:2609655‑M2/1‑86 (MQ=255) tCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagc > 1:4063524‑M2/1‑85 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcg > 1:387357‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcg > 1:387356‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcg > 1:1358439‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAA‑CGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 1:1358174‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 1:1701957‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgt > 1:877608‑M2/1‑83 (MQ=255) tttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGta < 1:2123403/91‑1 (MQ=255) tttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGta < 1:1397664/91‑1 (MQ=255) ttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtat > 1:3602151/1‑91 (MQ=255) ttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtat > 1:4032976/1‑91 (MQ=255) tACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtata < 1:2937949/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAt < 1:3008593/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAt > 1:136268/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAt < 1:840923/91‑1 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaaaat < 1:692129/91‑3 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaaaat < 1:3558811/91‑3 (MQ=255) cTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttat < 1:1219640‑M1/91‑35 (MQ=255) cTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAttt < 1:233096/91‑1 (MQ=255) cTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAttt > 1:155060/1‑91 (MQ=255) ttGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTta > 1:3932164/1‑91 (MQ=255) gATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACTCTCCCTCTCACAAATTCTCCAAGgggagcgcttttttctttaa < 1:1712578‑M2/91‑21 (MQ=255) gATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTtata < 1:238767/91‑1 (MQ=255) tttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGCGCGTATAAATTTTATaca > 1:1714823/1‑91 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATacac < 1:1296113/91‑1 (MQ=255) tGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtg > 1:2572953/1‑91 (MQ=255) gCGTTGTCATTTCTTGATTTACTCACTTAAATAAAAAAAGGCTCCCTCTCACATATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtgt < 1:3856917/91‑1 (MQ=255) gCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtgt < 1:2188422/91‑1 (MQ=255) gTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTcc < 1:2251944/91‑1 (MQ=255) tATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTa > 1:2576928/1‑91 (MQ=255) aTCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTAt < 1:778829/91‑1 (MQ=255) cATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTAttt > 1:2013600/1‑91 (MQ=255) tCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAg > 1:388072/1‑91 (MQ=255) tGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAg > 1:1677850/1‑91 (MQ=255) aTTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataa < 1:807647‑M1/91‑62 (MQ=255) aTTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGcc < 1:3995537/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGaa < 1:3909848/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGaa < 1:1108092/91‑1 (MQ=255) aCTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGaa > 1:1745887/1‑91 (MQ=255) aCTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGaa < 1:2993824/91‑1 (MQ=255) cAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaa < 1:3822015/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCtctcacaaattctgtaaggggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaat > 1:1183217‑M1/1‑21 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa > 1:3082274/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa > 1:405631/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa > 1:405671/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa < 1:3773440/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATGTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa < 1:3490714/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa > 1:769283/1‑91 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa < 1:3450232/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa > 1:1808915/1‑91 (MQ=255) aaaaaCGCTCCGTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTatcat < 1:3758710/91‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTatcat < 1:3999882/91‑1 (MQ=255) aaaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTatcatc > 1:58747/1‑91 (MQ=255) aaaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTatcatc > 1:58606/1‑91 (MQ=255) aaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCt > 1:2327357/1‑91 (MQ=255) aCGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaat < 1:2517490‑M1/91‑84 (MQ=255) aCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaat < 1:1406329‑M2/91‑66 (MQ=255) 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cGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatg > 1:2825325‑M1/1‑7 (MQ=255) cGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGGGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTc > 1:4084179/1‑91 (MQ=255) gCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatga < 1:511010‑M1/91‑86 (MQ=255) cTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgat > 1:3162719‑M1/1‑5 (MQ=255) cTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgat > 1:2609655‑M1/1‑5 (MQ=255) cTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgat < 1:957194‑M1/91‑87 (MQ=255) cTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgat < 1:3100069‑M2/91‑69 (MQ=255) cTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgat < 1:3101126‑M2/91‑69 (MQ=255) cTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCaa < 1:104490/91‑1 (MQ=255) tCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAAc > 1:1465207/1‑91 (MQ=255) cccTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgatat < 1:898974‑M2/91‑71 (MQ=255) cccTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACt > 1:956076/1‑91 (MQ=255) ccTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTa < 1:2606891/91‑1 (MQ=255) ccttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgatatac > 1:960981‑M1/1‑1 (MQ=255) | CATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTAA > USA300TCH1516_ALE/2245281‑2245461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |