New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2259385 = | 88 (0.890) | 20 (0.230) | 9/140 | NT | 21.4% | intergenic (‑30/+642) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2259420 = | 70 (0.810) | intergenic (‑65/+607) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CATTATGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTT > USA300TCH1516_ALE/2259295‑2259474 | aTTATGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAg < 1:2387256/91‑1 (MQ=255) cctgggcgctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGa < 1:1043053‑M1/3‑1 (MQ=255) cctgggcgctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGa < 1:2157738‑M1/3‑1 (MQ=255) aTGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGaaa > 1:263847/1‑91 (MQ=255) aTGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGaaa > 1:3795006/1‑91 (MQ=255) aTGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGaaa > 1:263738/1‑91 (MQ=255) tGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAac < 1:122772/91‑1 (MQ=255) tGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAac < 1:123028/91‑1 (MQ=255) gggcgctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAac > 1:1279196‑M1/86‑91 (MQ=255) gATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAaca > 1:1102270/1‑91 (MQ=255) gcgctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAacac > 1:1395734‑M1/84‑91 (MQ=255) cgctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACt > 1:2373387‑M1/83‑91 (MQ=255) cgctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACt > 1:2357693‑M1/83‑91 (MQ=255) gctacaatgttataggaaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTa < 1:3443365‑M1/10‑1 (MQ=255) ccAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTAt > 1:3070643/1‑91 (MQ=255) cAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATg < 1:2099685/91‑1 (MQ=255) cGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAAt > 1:4026742/1‑91 (MQ=255) ggTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAAtt < 1:3134158/91‑1 (MQ=255) ggTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAAtt > 1:1836128/1‑91 (MQ=255) ggTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAAtt < 1:3826865/91‑1 (MQ=255) ggTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAAtt > 1:1835621/1‑91 (MQ=255) ttATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTAc > 1:886073/1‑91 (MQ=255) ttATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTAc > 1:1888279/1‑91 (MQ=255) atatCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACAt < 1:1094646/91‑1 (MQ=255) atCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTc < 1:8191/91‑1 (MQ=255) atCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTc > 1:2716538/1‑91 (MQ=255) ccACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCtt < 1:302705/91‑1 (MQ=255) cacaATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCttt < 1:1378694/91‑1 (MQ=255) cacaATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCttt > 1:2313622/1‑91 (MQ=255) acaATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCATAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCtttt > 1:3490752/1‑91 (MQ=255) aaatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCtttt > 1:445717‑M1/66‑91 (MQ=255) caATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa > 1:3816493/1‑91 (MQ=255) caATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa < 1:2761606/91‑1 (MQ=255) caATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa < 1:1274968/91‑1 (MQ=255) caATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa < 1:307417/91‑1 (MQ=255) aatgcggttaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa > 1:329630‑M1/65‑91 (MQ=255) aatgcggttaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa > 1:329361‑M1/65‑91 (MQ=255) aatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa > 1:2212765‑M1/65‑91 (MQ=255) aatgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTa > 1:1006974‑M1/65‑91 (MQ=255) atgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAg > 1:1055620‑M1/64‑91 (MQ=255) atgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAg > 1:2054150‑M1/64‑91 (MQ=255) atgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAg > 1:2051266‑M1/64‑91 (MQ=255) aaTTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAAAAAATTTTATAAACACTATGAATTACATTCTTTTAg > 1:4095844/1‑91 (MQ=255) tgcgattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAgt > 1:479517‑M1/63‑91 (MQ=255) ttCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAgtg < 1:2886014/91‑1 (MQ=255) ttCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAgtg < 1:507211/91‑1 (MQ=255) gattaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGtt > 1:530266‑M1/60‑91 (MQ=255) cAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGtt > 1:2558986/1‑91 (MQ=255) attaaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGttt > 1:2274436‑M1/59‑91 (MQ=255) aaCCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGttt > 1:2979176/1‑91 (MQ=255) aCCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTc < 1:2882353/91‑1 (MQ=255) aCCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTc > 1:1168703/1‑91 (MQ=255) aCCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTc > 1:1167703/1‑91 (MQ=255) aCCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATCCTTTTAGTGTTTc > 1:1545597/1‑91 (MQ=255) taaaatcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCt > 1:3129527‑M1/57‑91 (MQ=255) atcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg > 1:3517935‑M1/53‑91 (MQ=255) atcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg > 1:1340186‑M1/53‑91 (MQ=255) aataatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGc > 1:1175475/1‑91 (MQ=255) aatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGt < 1:1418301/91‑1 (MQ=255) ttCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTg < 1:2676101/91‑1 (MQ=255) tCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTgg > 1:3656572/1‑91 (MQ=255) tgctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTa > 1:3757893/1‑91 (MQ=255) gggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTAt > 1:110735‑M1/38‑91 (MQ=255) gctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTAt > 1:928951/1‑91 (MQ=255) ctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATg < 1:915081/91‑1 (MQ=255) tgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGc > 1:2777582/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg > 1:3260428/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg < 1:7963/91‑1 (MQ=255) aTCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaac < 1:4017166/91‑1 (MQ=255) cTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaa < 1:1612667/91‑1 (MQ=255) ttAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaac > 1:1657096/1‑91 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt > 1:39684/1‑91 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt > 1:2095056/1‑91 (MQ=255) attcTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt < 1:13080/88‑1 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt < 1:1412356/91‑1 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt < 1:15527/91‑1 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt < 1:726671/91‑1 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt > 1:2903015/1‑91 (MQ=255) tACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGta > 1:158606/1‑91 (MQ=255) aCTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGtat > 1:2608032/1‑91 (MQ=255) ccTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATAcc < 1:121725/91‑1 (MQ=255) ttAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCt > 1:3700771/1‑91 (MQ=255) tAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCtt > 1:1514087/1‑91 (MQ=255) tAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCtt > 1:1461516/1‑91 (MQ=255) tAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCtt < 1:2189419/91‑1 (MQ=255) ccTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGt > 1:2960792/1‑91 (MQ=255) cTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGtt < 1:3987870/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTc > 1:2626649/1‑91 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc > 1:2494218/1‑91 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc > 1:2645350/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTg < 1:3345021/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGc < 1:2705132/91‑1 (MQ=255) ttttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAt < 1:3109471/91‑1 (MQ=255) ttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAtta < 1:3468195/91‑2 (MQ=255) tAGAAACTCTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:2073751/91‑3 (MQ=255) tAGAAACGCTATGAATTACATTCGTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:1296315/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:651785/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:448891/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:2597534/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTCTATACCCTTTGTTCACTGCGAtttt > 1:3849525/1‑91 (MQ=255) | CATTATGATTCCAACGGTTATATCCACAATTCAACCAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTT > USA300TCH1516_ALE/2259295‑2259474 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |