| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2259385 = | 88 (0.890) | 20 (0.230) | 9/140 | NT | 21.4% | intergenic (‑30/+642) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2259420 = | 70 (0.810) | intergenic (‑65/+607) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAGCGCCCAGGAC > USA300TCH1516_ALE/2259333‑2259509 | atcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg > 1:1340216‑M1/53‑91 (MQ=255)atcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg > 1:1340186‑M1/53‑91 (MQ=255)atcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg > 1:3517935‑M1/53‑91 (MQ=255) aataatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGc > 1:1175475/1‑91 (MQ=255) aatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGt < 1:1418301/91‑1 (MQ=255) tCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTgg < 1:1868272/91‑1 (MQ=255) cGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCGTATGCAGTTGGa < 1:3171806/91‑1 (MQ=255) cGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTATCTTATGCAGTTGGa < 1:3544088/91‑1 (MQ=255) tgctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTa > 1:3757893/1‑91 (MQ=255) gggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTAt > 1:110735‑M1/38‑91 (MQ=255) gctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTAt > 1:928951/1‑91 (MQ=255) ctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATg < 1:915081/91‑1 (MQ=255) ctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATg > 1:2672627/1‑91 (MQ=255) tgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAGATTTTAGAAATACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGc < 1:3778022/91‑1 (MQ=255) tgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGc > 1:2777582/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg < 1:7963/91‑1 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg > 1:3260428/1‑91 (MQ=255) aTCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaac < 1:4017166/91‑1 (MQ=255) cTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaa < 1:1612667/91‑1 (MQ=255) ttAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaac > 1:1657096/1‑91 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt > 1:3099405/1‑91 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt > 1:2095056/1‑91 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt > 1:39684/1‑91 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt < 1:15527/91‑1 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt < 1:726671/91‑1 (MQ=255) tACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGta > 1:158588/1‑91 (MQ=255) aCTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGtat > 1:2608032/1‑91 (MQ=255) ccTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATAcc < 1:121725/91‑1 (MQ=255) atacgcgtccaactgcataagaaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATAccc > 1:110735‑M2/55‑91 (MQ=255) ttAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCt > 1:3700771/1‑91 (MQ=255) tAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCtt > 1:1461516/1‑91 (MQ=255) tAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCtt > 1:1514087/1‑91 (MQ=255) cTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGtt < 1:3987870/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTc > 1:2626649/1‑91 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc > 1:2645350/1‑91 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc > 1:2494218/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTg < 1:3345021/91‑1 (MQ=255) tAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTg < 1:2948691/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGc < 1:2705132/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGc < 1:2063492/91‑1 (MQ=255) cataagaaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAt > 1:1340216‑M2/40‑91 (MQ=255) cataagaaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAt > 1:3517935‑M2/40‑91 (MQ=255) tcAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttt < 1:1702858‑M1/89‑1 (MQ=255) tAGAAACGCTATGAATTACATTCGTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:1296315/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAtttt > 1:2206357/1‑91 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:651785/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:2597534/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:448891/91‑3 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTCTATACCCTTTGTTCACTGCGAtttt > 1:3849525/1‑91 (MQ=255) agaaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTa > 1:3129527‑M2/36‑91 (MQ=255) agaaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTa > 1:474371‑M2/36‑91 (MQ=255) GAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTaa < 1:3015714‑M1/91‑1 (MQ=255) aaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAAt > 1:2274436‑M2/34‑91 (MQ=255) AAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAAt < 1:2955134‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAAt > 1:3415210‑M1/1‑91 (MQ=255) aacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATc > 1:530266‑M2/33‑91 (MQ=255) AACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATc > 1:2844006‑M1/1‑91 (MQ=255) AACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATc < 1:2302211‑M1/91‑1 (MQ=255) AACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCCTTGTTCACTGCGATTTTAATc < 1:141904‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCg > 1:858670‑M1/1‑91 (MQ=255) ACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCg < 1:2511087‑M1/91‑1 (MQ=255) CACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGc < 1:2210953‑M1/91‑1 (MQ=255) CACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGc < 1:2207609‑M1/91‑1 (MQ=255) actaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCa > 1:479517‑M2/30‑91 (MQ=255) ctaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAt > 1:2051266‑M2/29‑91 (MQ=255) ctaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAt > 1:2054150‑M2/29‑91 (MQ=255) ctaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAt > 1:1055700‑M2/29‑91 (MQ=255) ctaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAt > 1:1055620‑M2/29‑91 (MQ=255) taaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAtt > 1:1006974‑M2/28‑91 (MQ=255) taaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAtt > 1:3062341‑M2/28‑91 (MQ=255) taaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAACCGCAtt > 1:329630‑M2/28‑91 (MQ=255) taaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAACCGCAtt > 1:331279‑M2/28‑91 (MQ=255) TATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAtt > 1:1945533‑M1/1‑91 (MQ=255) TATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAtt > 1:2800955‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAttt > 1:445717‑M2/27‑91 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc > 1:273108/1‑91 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc > 1:2725849/1‑91 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc > 1:2777960/1‑91 (MQ=255) 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tttAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTa > 1:1761252/1‑91 (MQ=255) ttAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGGACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAg < 1:3681578/91‑1 (MQ=255) ttAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAg < 1:293497/91‑1 (MQ=255) tagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAgc < 1:3443365‑M2/81‑1 (MQ=255) agtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAgcg > 1:2373387‑M2/10‑91 (MQ=255) agtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAgcg > 1:2357693‑M2/10‑91 (MQ=255) agtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAgcg < 1:2138336‑M2/82‑1 (MQ=255) gtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAgcgc < 1:959544‑M2/83‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |