New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2264711 | 113 (1.150) | 6 (0.070) | 4/138 | NT | 5.1% | coding (666/1092 nt) | USA300HOU_RS11590 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2264731 | 125 (1.470) | coding (686/1092 nt) | USA300HOU_RS11590 | hypothetical protein |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
CTATTTTCAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATGGTCAAAAAACATTTTTCAAATTTTTCATTGGAATACTATTATTAAACTTAATTATTATTTTATTTAAAACACCTGTTGGTTACTTGATT > USA300TCH1516_ALE/2264623‑2264801 | cTATTTTCAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATgg > 1:2188693/1‑91 (MQ=255) tATTTTCAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATGGt > 1:3924986/1‑91 (MQ=255) aTTTTCAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATGGTc > 1:3725604/1‑91 (MQ=255) aTTTTCAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATGGTc > 1:2402428/1‑91 (MQ=255) tCAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATGGTCaaaa < 1:2348570/91‑1 (MQ=255) cAACTTTATGACTAGTTTCGTTGAATCAACTAACGATAAAGTAAAAACACACTTAGCTAATGGATTTAAAGCAATGAAAAATGGTCaaaaa > 1:1508893/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |