| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2315068 = | 89 (0.910) | 7 (0.080) | 5/150 | NT | 8.4% | coding (202/1194 nt) | ndhE | NAD(P)H‑quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2315102 = | 69 (0.750) | coding (168/1194 nt) | ndhE | NAD(P)H‑quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TAATGACGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCC > USA300TCH1516_ALE/2314978‑2315157 | taatGACGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAg > 1:1918617/1‑91 (MQ=255)taatGACGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAg < 1:126597/91‑1 (MQ=255)taatGACGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAg > 1:4065720/1‑91 (MQ=255) tacttaccacttatcataacgcagtttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGc > 1:3472913‑M1/90‑91 (MQ=255) aatGACGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGc < 1:530400/91‑1 (MQ=255) ttaccacttatcataacgcagtttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAAt > 1:3266331‑M1/87‑91 (MQ=255) ttaccacttatcataacgcagtttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAAt > 1:3265402‑M1/87‑91 (MQ=255) gACGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAAt < 1:1054873/91‑1 (MQ=255) cGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAACTGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCg > 1:680397/1‑91 (MQ=255) cGCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCg > 1:680078/1‑91 (MQ=255) gCTAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGc > 1:4106218/1‑91 (MQ=255) tAATTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGccc > 1:853396/1‑91 (MQ=255) aTTGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCtt < 1:3822434/91‑1 (MQ=255) ttGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTGCTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCCGCAATCGCCCttt > 1:4141987/1‑91 (MQ=255) ttGGAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCttt > 1:1092483/1‑91 (MQ=255) ggAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTAt < 1:1891913/91‑1 (MQ=255) gAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATc < 1:3940101/91‑1 (MQ=255) gAATTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATc < 1:2382529/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCat > 1:299841/1‑91 (MQ=255) gCAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATAtt > 1:1133826/1‑91 (MQ=255) cAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATAttt > 1:1670865/1‑91 (MQ=255) cAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATAttt < 1:569162/91‑1 (MQ=255) cAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATAttt < 1:569183/91‑1 (MQ=255) cAGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATAttt > 1:720137/1‑91 (MQ=255) aGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTa < 1:1871724/91‑1 (MQ=255) aGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTa > 1:1458876/1‑91 (MQ=255) aGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTa < 1:3923569/91‑1 (MQ=255) aGTGAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTa < 1:3655072/91‑1 (MQ=255) tttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCg > 1:11860‑M1/66‑91 (MQ=255) gAAACTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCg > 1:2273730/1‑91 (MQ=255) ttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg > 1:3039365‑M1/65‑91 (MQ=255) ttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg > 1:3039268‑M1/65‑91 (MQ=255) ttatctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg > 1:2342403‑M1/65‑91 (MQ=255) aaaCTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGTAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg < 1:3601911/91‑1 (MQ=255) aaaCTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg < 1:750196/91‑1 (MQ=255) aaaCTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg < 1:2404406/91‑1 (MQ=255) aaaCTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCgg < 1:2004068/91‑1 (MQ=255) cTATACGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCaa < 1:3090267/91‑1 (MQ=255) tataCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAAt > 1:2467502/1‑91 (MQ=255) ctggggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAAt > 1:10936‑M1/61‑91 (MQ=255) ataCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAAtt < 1:890734/91‑1 (MQ=255) ataCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAAtt < 1:2905366/91‑1 (MQ=255) ataCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAAtt > 1:769327/1‑91 (MQ=255) taCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTg > 1:196740/1‑91 (MQ=255) taCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTg < 1:3475676/91‑1 (MQ=255) aCGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGc > 1:1267506/1‑91 (MQ=255) ggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTCTCGGCAATTGcc > 1:3183452‑M1/57‑91 (MQ=255) cGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGcc > 1:1429771/1‑91 (MQ=255) gTGAGTACACATAAAATTGCAGTTATTAAAAATGATGATCAAATTGTAATTCTTAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGccc < 1:3861934/91‑1 (MQ=255) gTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAGTTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGccc < 1:1431848/91‑1 (MQ=255) gTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGccc < 1:1928611/91‑1 (MQ=255) tGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGcccc < 1:1392649/91‑1 (MQ=255) gCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGc > 1:1922447/1‑91 (MQ=255) gCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGc > 1:251407/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:3794105/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:3794137/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:2857645/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:687896/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:690965/1‑91 (MQ=255) caTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCGCTGCCcaca > 1:3732792/1‑91 (MQ=255) caTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCcaca > 1:1371192/1‑91 (MQ=255) caTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCcaca > 1:415796/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |