New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2315068 = | 89 (0.910) | 7 (0.080) | 5/150 | NT | 8.4% | coding (202/1194 nt) | ndhE | NAD(P)H‑quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic |
? | USA300TCH1516_ALE | 2315102 = | 69 (0.750) | coding (168/1194 nt) | ndhE | NAD(P)H‑quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic |
CGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTAAGTACA > USA300TCH1516_ALE/2315012‑2315192 | ggattgtcaatttttgcagacttgtaccaatattattactaagtgtgtgggcagggGCAATCGCCCTTTATCATATTTCTCGGCAATTGcc > 1:3183452‑M1/57‑91 (MQ=255) cGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGcc > 1:1429771/1‑91 (MQ=255) gTGAGTACACATAAAATTGCAGTTATTAAAAATGATGATCAAATTGTAATTCTTAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGccc < 1:3861934/91‑1 (MQ=255) gTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAGTTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGccc < 1:1431848/91‑1 (MQ=255) gTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGccc < 1:1928611/91‑1 (MQ=255) tGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGcccc < 1:1392649/91‑1 (MQ=255) gCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGc > 1:251407/1‑91 (MQ=255) gCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGc > 1:1922447/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:690965/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:687896/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:2857645/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:3794137/1‑91 (MQ=255) cacacaTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGcc > 1:3794105/1‑91 (MQ=255) caTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCGCTGCCcaca > 1:3732792/1‑91 (MQ=255) caTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCcaca > 1:415796/1‑91 (MQ=255) caTAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCcaca > 1:1371192/1‑91 (MQ=255) tAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCcacaca > 1:808790/1‑91 (MQ=255) aaaTTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACt < 1:2302028/91‑1 (MQ=255) aaTTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACtt > 1:1769147/1‑91 (MQ=255) aTTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTa > 1:2701315/1‑91 (MQ=255) aTTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTa < 1:1275979/91‑1 (MQ=255) gCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGta < 1:167227/91‑1 (MQ=255) cAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaa > 1:3964278/1‑91 (MQ=255) cAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTCATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaa > 1:3401416/1‑91 (MQ=255) cAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTCATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaa > 1:3608495/1‑91 (MQ=255) aGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaat < 1:371775/91‑1 (MQ=255) aGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaat > 1:985507/1‑91 (MQ=255) gTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaata > 1:761657/1‑91 (MQ=255) ttACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGtaataa < 1:1816301/91‑1 (MQ=255) tACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTaataat > 1:1902078/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAataata < 1:2463328/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTgg > 1:3702256/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTgg > 1:3702241/1‑91 (MQ=255) aaaTGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGt > 1:2268076/1‑91 (MQ=255) atgatgatgAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCTTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTAc > 1:2965176/1‑91 (MQ=255) gatgatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACaa > 1:3679257/1‑91 (MQ=255) atgatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAg > 1:2672021/1‑91 (MQ=255) atgatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAg > 1:974455/1‑91 (MQ=255) atgatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCCGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAg > 1:3541005/1‑91 (MQ=255) atgatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCCTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCGTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAg > 1:3684811/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTc > 1:2996696/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTc < 1:3323695/91‑1 (MQ=255) gatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTc < 1:989768/91‑1 (MQ=255) gatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTc > 1:2878853/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTc > 1:739032/1‑91 (MQ=255) atgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCt > 1:2328097/1‑91 (MQ=255) atgaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCt > 1:2526066/1‑91 (MQ=255) gaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGc < 1:2771369/91‑1 (MQ=255) gaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGc < 1:2765421/91‑1 (MQ=255) gaAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGc < 1:2423098/91‑1 (MQ=255) aaaTTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCa < 1:3186192/91‑1 (MQ=255) tAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAAtt < 1:144131/91‑1 (MQ=255) aaTTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTg > 1:3337328/1‑91 (MQ=255) aTTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGa < 1:23438/91‑1 (MQ=255) ttCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGAc > 1:1364900/1‑91 (MQ=255) tcAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAAt > 1:1803872/1‑91 (MQ=255) ggcaattgccgagaaatatgataaagggcgattgcCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATcc > 1:3183452‑M2/36‑91 (MQ=255) aGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATcc < 1:2935718/91‑1 (MQ=255) attgccgataaatatgataaagggcgattgcCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAg > 1:10936‑M2/32‑91 (MQ=255) TCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGa > 1:3929685‑M1/1‑91 (MQ=255) TCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTAAAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGa > 1:928919‑M1/1‑91 (MQ=255) cGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGAt > 1:3280253/1‑91 (MQ=255) 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cTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACGCACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAAc < 1:4016412/91‑1 (MQ=255) aTCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCg > 1:3574975/1‑91 (MQ=255) tCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGt > 1:241583/1‑91 (MQ=255) tCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGt > 1:2733255/1‑91 (MQ=255) atatTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTa < 1:1601957/91‑1 (MQ=255) tatTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTAt < 1:511102/91‑1 (MQ=255) atTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATg < 1:1676696/91‑1 (MQ=255) atTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATg < 1:2562807/91‑1 (MQ=255) atTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATg < 1:2557428/91‑1 (MQ=255) atTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATg < 1:1676841/91‑1 (MQ=255) ttATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGAt < 1:949289/91‑1 (MQ=255) tATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATa < 1:1810421/91‑1 (MQ=255) tCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAg > 1:517500/1‑91 (MQ=255) tCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAg < 1:897238/91‑1 (MQ=255) cGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGt > 1:3035064/1‑91 (MQ=255) ggCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTg > 1:2997384/1‑91 (MQ=255) ggCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTg > 1:43618/1‑91 (MQ=255) ggCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTg > 1:3329688/1‑91 (MQ=255) ggCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTg > 1:3370137/1‑91 (MQ=255) attgcCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTaa > 1:3265402‑M2/6‑91 (MQ=255) attgcCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTaa > 1:3266331‑M2/6‑91 (MQ=255) gcCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTAAGTa > 1:3472913‑M2/3‑91 (MQ=255) cccTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTAAGTACa > 1:1952199/1‑91 (MQ=255) cccTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTAAGTACa > 1:3573951/1‑91 (MQ=255) | CGTGAGCACACATAAAATTGCAGTTACTAAAAATGATGATGAAATTGTAATTCTCAGCAATCGCCCTTTATCATATTTATCGGCAATTGCCCCTGCCCACACACTTAGTAATAATATTGGTACAAGTCTGCAAAAATTGACAATCCCCAGATAAACTGCGTTATGATAAGTGGTAAGTACA > USA300TCH1516_ALE/2315012‑2315192 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |