New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2331225 | 76 (0.770) | 7 (0.080) | 4/148 | NT | 8.1% | coding (694/933 nt) | lacC_2 | Tagatose‑6‑phosphate kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2331255 | 88 (0.970) | coding (664/933 nt) | lacC_2 | Tagatose‑6‑phosphate kinase |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAGTAATTCCAGCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCAAACTTTC > USA300TCH1516_ALE/2331135‑2331315 | aaGTAATTCCAGCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTG < 1:1545780‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAATTCCAGCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCt < 1:1344165/91‑1 (MQ=255) aGCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAAt < 1:203500/91‑1 (MQ=255) aGCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAAt < 1:203414/91‑1 (MQ=255) gCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATg < 1:623163/91‑1 (MQ=255) gCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATg < 1:623206/91‑1 (MQ=255) cAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGc < 1:4082740/91‑1 (MQ=255) aCTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCAc > 1:4022653/1‑91 (MQ=255) cTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCAcc < 1:251596/91‑1 (MQ=255) tGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCt < 1:2688871/91‑1 (MQ=255) tGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCt > 1:2149109/1‑91 (MQ=255) tGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCt < 1:3624732/91‑1 (MQ=255) tGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCt < 1:955124/91‑1 (MQ=255) gTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCAcaag < 1:373092/91‑4 (MQ=255) gTAGAATCACCAGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCAcaag < 1:3753075/91‑4 (MQ=255) tAGAATCACCTGAACAAACCGGATTTAATACACTTCTTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTtg > 1:1842007/1‑91 (MQ=255) gAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTtgtg < 1:1769934/91‑1 (MQ=255) gAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTtgtg > 1:3248386/1‑91 (MQ=255) gAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTtgtg < 1:56003/91‑1 (MQ=255) aaTCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGc < 1:1225544/91‑1 (MQ=255) aaTCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGc < 1:1224964/91‑1 (MQ=255) tCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCAGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCAc < 1:2890993/91‑1 (MQ=255) cTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCCCCTaa > 1:3632761/1‑91 (MQ=255) cTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTaa > 1:3133757/1‑91 (MQ=255) gAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAg < 1:1580726/91‑1 (MQ=255) accaaccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagc < 1:1542548‑M1/91‑32 (MQ=255) accaaccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAc > 1:504523‑M2/1‑90 (MQ=255) caaccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcac < 1:2834370‑M1/91‑34 (MQ=255) caaccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcac < 1:2834458‑M1/91‑34 (MQ=255) caaccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcac > 1:3670513‑M2/1‑88 (MQ=255) caaccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcac > 1:1215639‑M2/1‑88 (MQ=255) accGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaa < 1:2119464‑M1/91‑36 (MQ=255) accGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaa < 1:2119753‑M1/91‑36 (MQ=255) accGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaa < 1:3055957‑M2/91‑6 (MQ=255) ccGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaat < 1:1563276‑M2/91‑7 (MQ=255) cGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACaata > 1:542797/1‑91 (MQ=255) ggATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACaataa > 1:2370386/1‑91 (MQ=255) aTTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcata < 1:1109175‑M1/91‑41 (MQ=255) aTTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcata < 1:1108984‑M1/91‑41 (MQ=255) aTTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATc > 1:3883109/1‑91 (MQ=255) ttAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCa > 1:3010265/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:4087674/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:1277410/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:1738685/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:124945/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:4087735/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:3761758/1‑91 (MQ=255) tAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATACACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCAc > 1:2706024/1‑91 (MQ=255) aaTACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACt > 1:307165/1‑91 (MQ=255) cacTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAAt < 1:677242/91‑1 (MQ=255) acTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATc < 1:139431/91‑1 (MQ=255) ttATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATccc < 1:2998082/91‑1 (MQ=255) ttATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATccc < 1:323916/91‑1 (MQ=255) ttGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTc > 1:1415200/1‑91 (MQ=255) gTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGa < 1:74816/91‑1 (MQ=255) tCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGaa < 1:3557189/91‑1 (MQ=255) cGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAAt < 1:2975756/91‑1 (MQ=255) cGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAAt > 1:2150138/1‑91 (MQ=255) cGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTACCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAAt > 1:3496233/1‑91 (MQ=255) gAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATaa > 1:581258/1‑91 (MQ=255) gAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATaa > 1:581257/1‑91 (MQ=255) tCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTtg < 1:1748158/91‑1 (MQ=255) tCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTtg < 1:3783826/91‑1 (MQ=255) tCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTtg < 1:2184966/91‑1 (MQ=255) tCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTtg > 1:1685116/1‑91 (MQ=255) cACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTtgt > 1:235316/1‑91 (MQ=255) cACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTtgt > 1:543864/1‑91 (MQ=255) tctATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGac > 1:252252/1‑91 (MQ=255) tataGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGacac < 1:3013830/91‑1 (MQ=255) aGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGc > 1:4137308/1‑91 (MQ=255) gAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGcc < 1:800189/91‑1 (MQ=255) gAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGcc > 1:2456114/1‑91 (MQ=255) gTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGtt < 1:2221869/91‑1 (MQ=255) gTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGtt < 1:4077404/91‑1 (MQ=255) gTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGtt > 1:3235868/1‑91 (MQ=255) gTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGtt < 1:3231858/91‑1 (MQ=255) gTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGtt < 1:3201140/91‑1 (MQ=255) gTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGtt > 1:1733470/1‑91 (MQ=255) tATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaat < 1:1108984‑M2/91‑52 (MQ=255) tATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaat < 1:1109175‑M2/91‑52 (MQ=255) tATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGttt < 1:219918/91‑1 (MQ=255) tATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGttt > 1:3967887/1‑91 (MQ=255) aTGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTc < 1:2878789/91‑1 (MQ=255) aTGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTc < 1:1732687/91‑1 (MQ=255) aTGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTc > 1:4037240/1‑91 (MQ=255) tGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCa > 1:2138773/1‑91 (MQ=255) aTTGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccgg < 1:1563276‑M1/91‑86 (MQ=255) aTTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCaaa > 1:3266452/1‑91 (MQ=255) ttGTGtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggt < 1:3055957‑M1/91‑87 (MQ=255) ttGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggt < 1:2119753‑M2/91‑57 (MQ=255) ttGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggt < 1:2119464‑M2/91‑57 (MQ=255) gtgtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggttg > 1:3670513‑M1/1‑3 (MQ=255) gtgtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggttg > 1:1215639‑M1/1‑3 (MQ=255) gtgCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggttg < 1:2834370‑M2/91‑59 (MQ=255) gtgCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggttg < 1:2834458‑M2/91‑59 (MQ=255) gtgCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAGACAATAATCCACTCAATCCCTTCGACTAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCAAACtt < 1:3683011/91‑1 (MQ=255) gtctttaggtgcacaaggtgcattcgctaagcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggttggt > 1:504523‑M1/1‑1 (MQ=255) gCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGGCACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCAAACTTTc < 1:1471019/91‑1 (MQ=255) gCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGAcacaatcatacattctatagagtgaatattccgacaataagtgtattaaatccggttggt < 1:1542548‑M2/91‑61 (MQ=255) gCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCAAACTTTc < 1:1824469/91‑1 (MQ=255) | AAGTAATTCCAGCAACTGTAGAATCACCTGAACCAACCGGATTTAATACACTTATTGTCGGAATATTCACTCTATAGAATGTATGATTGTGCTTAGCGAATGCACCTTGTGCACCTAAAGACACAATAATCCACTCAATCCCTTCGAATAAGGGTTGTGACACTGCCTGTTTCAAACTTTC > USA300TCH1516_ALE/2331135‑2331315 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |