| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2368663 = | 52 (0.530) | 11 (0.120) | 7/148 | NT | 17.3% | intergenic (‑16/+51) | rpsS/rplB | 30S ribosomal protein S19/50S ribosomal protein L2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2368705 = | 57 (0.630) | intergenic (‑58/+9) | rpsS/rplB | 30S ribosomal protein S19/50S ribosomal protein L2 | |||||
GCTTCCTTCTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCTGA > USA300TCH1516_ALE/2368573‑2368752 | gCTTCCTTCTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATTCTGCGAGCCATTTGGGCGCCTCCcttc < 1:341836/91‑1 (MQ=255)aaacctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaac < 1:2808139‑M1/1‑1 (MQ=255) cttccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCcttct > 1:1011064/1‑91 (MQ=255) cttccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCcttct > 1:1010924/1‑91 (MQ=255) cttccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCcttct > 1:3656533/1‑91 (MQ=255) aacctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCt < 1:4083911‑M1/2‑1 (MQ=255) cctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCtta < 1:627441‑M1/4‑1 (MQ=255) ctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCttat < 1:1836974‑M1/5‑1 (MQ=255) ctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCttat < 1:3578558‑M1/5‑1 (MQ=255) tacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCttatt < 1:458297‑M1/6‑1 (MQ=255) ttcttGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCttatta > 1:759118/1‑91 (MQ=255) ttcttGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCttatta > 1:3916372/1‑91 (MQ=255) cttGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtg < 1:296523/91‑1 (MQ=255) cttGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtg < 1:3095702/91‑1 (MQ=255) ttGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtgt > 1:3658389/1‑91 (MQ=255) tGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtgtg < 1:1721686/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtgtg < 1:1721698/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtgtg < 1:1721993/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtgtg > 1:1174176/1‑91 (MQ=255) aGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcg < 1:2010246/91‑1 (MQ=255) aGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcg < 1:355521/91‑1 (MQ=255) cTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcgtg > 1:3083904/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGc > 1:1293868/1‑91 (MQ=255) ttttttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCGGCtta < 1:2376022/91‑2 (MQ=255) ttttttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCttt < 1:3057735/91‑1 (MQ=255) ttttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCGGCttaaa < 1:3017175/91‑4 (MQ=255) tttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAg < 1:2494198/91‑1 (MQ=255) ttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCC‑TTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGcc > 1:3361273/1‑91 (MQ=255) ttAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGca < 1:1068347/91‑1 (MQ=255) tGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAccc < 1:2711132/91‑1 (MQ=255) aaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAccc > 1:789102‑M1/57‑91 (MQ=255) aaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAccc > 1:2513347‑M1/57‑91 (MQ=255) gCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCa < 1:3929159/91‑1 (MQ=255) aaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCa > 1:835398‑M1/56‑91 (MQ=255) aaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCa > 1:2898686‑M1/56‑91 (MQ=255) aaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCaa > 1:2940832‑M1/55‑91 (MQ=255) aaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCaa > 1:2940487‑M1/55‑91 (MQ=255) aaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCaa > 1:2595059‑M1/55‑91 (MQ=255) tcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATa > 1:1800305‑M1/52‑91 (MQ=255) gacgaAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGt < 1:434009/91‑1 (MQ=255) gacgaAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGt > 1:62331/1‑91 (MQ=255) aaaGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGat > 1:2586621/1‑91 (MQ=255) aaaGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGat > 1:2511123/1‑91 (MQ=255) aaGGTCCTTGTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGatt < 1:3968329/91‑1 (MQ=255) aGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAGGCCGCACACCCAAATAAGTTGatta > 1:3863205/1‑91 (MQ=255) aGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGatta > 1:1353455/1‑91 (MQ=255) tatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATTTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattatatta > 1:1698906‑M1/38‑91 (MQ=255) tttttAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATattatt > 1:822809/1‑91 (MQ=255) tttttAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATattatt < 1:676607/91‑1 (MQ=255) ttttAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTAttt < 1:2921482/91‑1 (MQ=255) gttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTAtttt > 1:3163149‑M1/34‑91 (MQ=255) aaTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTc < 1:1845690/91‑1 (MQ=255) aaTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTc < 1:3113781/91‑1 (MQ=255) aaTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTc < 1:1840284/91‑1 (MQ=255) aTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCATCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCt > 1:3316721/1‑91 (MQ=255) tactacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCtt > 1:192288/1‑91 (MQ=255) tactacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCtt > 1:191933/1‑91 (MQ=255) ctacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTAc < 1:24906/91‑1 (MQ=255) tacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACg > 1:2879794/1‑91 (MQ=255) aGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCa > 1:739199/1‑91 (MQ=255) agaaaaaataatataatcaaCTTATT‑TGGGTGTGCGGCTTAAAGCTGCACGCCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCacg < 1:1307702‑M1/71‑1 (MQ=255) ccATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCacg < 1:955276/91‑1 (MQ=255) tGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCacgaacga < 1:4087131/91‑1 (MQ=255) gggCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGAt < 1:3788792/91‑1 (MQ=255) gggCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGAt < 1:4087945/91‑1 (MQ=255) gggCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGAt < 1:3788894/91‑1 (MQ=255) ggCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATa > 1:4136859/1‑91 (MQ=255) ggCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATa > 1:4146282/1‑91 (MQ=255) gcgcCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATaa > 1:2245636/1‑91 (MQ=255) gcCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGt < 1:3610602/91‑1 (MQ=255) ccTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGtt > 1:228642/1‑91 (MQ=255) ccTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGtt > 1:1201204/1‑91 (MQ=255) tCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTg < 1:1081832/91‑1 (MQ=255) cccTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGt < 1:194612/91‑1 (MQ=255) ccTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTc > 1:2638838/1‑91 (MQ=255) ttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtg < 1:2294997/91‑1 (MQ=255) ttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtg > 1:707963/1‑91 (MQ=255) tcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtga < 1:1197850/91‑1 (MQ=255) | GCTTCCTTCTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCTGA > USA300TCH1516_ALE/2368573‑2368752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |