| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2399023 = | 88 (0.890) | 14 (0.170) | 12/134 | NT | 19.0% | intergenic (+97/+75) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2399070 = | 46 (0.560) | intergenic (+144/+28) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCT > USA300TCH1516_ALE/2398933‑2399113 | cATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTa > 1:3833871/1‑91 (MQ=255) ttATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTaaa < 1:1088850/91‑1 (MQ=255) caaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaaa > 1:567644‑M1/89‑91 (MQ=255) aaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaaaa < 1:2216628‑M1/4‑1 (MQ=255) aaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaaaa < 1:542755‑M1/4‑1 (MQ=255) taGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAg > 1:2408736/1‑91 (MQ=255) taGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAg > 1:1730431/1‑91 (MQ=255) taGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAg < 1:3091855/91‑1 (MQ=255) ggttatgtctatcaatcgctttgttatcaaatattaaaagaagatattggcaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAg < 1:180173‑M1/6‑1 (MQ=255) gttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGc < 1:931551‑M1/7‑1 (MQ=255) gttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGc < 1:3069851‑M1/7‑1 (MQ=255) aGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGc > 1:2344102/1‑91 (MQ=255) ttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCa < 1:1836773‑M1/8‑1 (MQ=255) tgtgtgATAATGAACGATATTCTACTTGAATCAACAATTGAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAg < 1:3861622/91‑1 (MQ=255) 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tCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAg > 1:4013816/1‑91 (MQ=255) aTAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGtt > 1:2475021/1‑91 (MQ=255) tAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCGGTAAGTTg > 1:2130519/1‑91 (MQ=255) tAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTg > 1:1102055/1‑91 (MQ=255) tAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACACACTATTTCTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTg > 1:3306079/1‑91 (MQ=255) aTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGAt > 1:449731/1‑91 (MQ=255) aTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGAt > 1:1357248/1‑91 (MQ=255) aTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGAt > 1:1357107/1‑91 (MQ=255) aCGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCt > 1:2583366/1‑91 (MQ=255) aCGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCt < 1:1844980/91‑1 (MQ=255) gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc < 1:1696141/91‑1 (MQ=255) gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc > 1:1608166/1‑91 (MQ=255) gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc > 1:1607719/1‑91 (MQ=255) gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc > 1:3447725/1‑91 (MQ=255) atatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACt < 1:1107835/91‑1 (MQ=255) atatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACt > 1:1091513/1‑91 (MQ=255) tCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGaa < 1:1733921/91‑1 (MQ=255) cTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGaaa > 1:2021654/1‑91 (MQ=255) tACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAc < 1:3375943/91‑1 (MQ=255) tACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAc < 1:1473747/91‑1 (MQ=255) atcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAc > 1:4088911‑M1/61‑91 (MQ=255) aCATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc < 1:3635282/91‑1 (MQ=255) aTGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAg > 1:3903558/1‑91 (MQ=255) tattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCtt > 1:1411414‑M1/55‑91 (MQ=255) aaTCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCtt < 1:2033127/91‑1 (MQ=255) attaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:831169‑M1/54‑91 (MQ=255) attaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:525794‑M1/54‑91 (MQ=255) attaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:3526385‑M1/54‑91 (MQ=255) tCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTAc > 1:142243/1‑91 (MQ=255) tCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTAc > 1:386672/1‑91 (MQ=255) tCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTAc < 1:1497151/91‑1 (MQ=255) taaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACt > 1:2790117‑M1/52‑91 (MQ=255) caacaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACt < 1:310702/91‑1 (MQ=255) acaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGc > 1:3354317/1‑91 (MQ=255) acaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGc > 1:2640856/1‑91 (MQ=255) acaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGc < 1:2237219/91‑1 (MQ=255) acaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGc < 1:470690/91‑1 (MQ=18) aaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGc > 1:481747‑M1/50‑91 (MQ=255) caaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCt < 1:3112919/91‑1 (MQ=18) agaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtt > 1:1385752‑M1/48‑91 (MQ=255) 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tataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTatcat > 1:2939072/1‑91 (MQ=255) gtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATc < 1:1197778/91‑1 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt < 1:2140070/91‑1 (MQ=255) tCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTaa > 1:481156/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAAtt > 1:3714892/1‑91 (MQ=255) aCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTcc > 1:1013695/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCaa > 1:2576819/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCaa > 1:1193641/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |