| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2399023 = | 88 (0.890) | 14 (0.170) | 12/134 | NT | 19.0% | intergenic (+97/+75) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2399070 = | 46 (0.560) | intergenic (+144/+28) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGATAACAAAACGATTGATAGACATAACCTTGCTT > USA300TCH1516_ALE/2398980‑2399160 | tAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttttt < 1:3364622/91‑1 (MQ=255)tAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttttt < 1:4027574/91‑1 (MQ=255)tAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttttt < 1:276494/91‑1 (MQ=255)tAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttttt > 1:2884768/1‑91 (MQ=255)gatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttttt > 1:3381048‑M1/44‑91 (MQ=255) atattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTa > 1:3751626‑M1/43‑91 (MQ=255) atattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTa > 1:3751221‑M1/43‑91 (MQ=255) aaCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAt > 1:1658793/1‑91 (MQ=255) cGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTc > 1:672511/1‑91 (MQ=255) cGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTc < 1:2896628/91‑1 (MQ=255) gCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCt > 1:1471444/1‑91 (MQ=255) gCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCt > 1:1471577/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAAt > 1:2632988/1‑91 (MQ=255) tATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATa < 1:3098988/91‑1 (MQ=255) tATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATa < 1:3098933/91‑1 (MQ=255) tttttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACa < 1:1376743/91‑1 (MQ=255) tttttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACa < 1:2966558/91‑1 (MQ=255) ttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAAc > 1:1017090/1‑91 (MQ=255) tataagtataagTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAAcc > 1:164395/1‑91 (MQ=255) ataagtataagtAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCt > 1:1765033/1‑91 (MQ=255) ataagtataagtAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCt > 1:1765095/1‑91 (MQ=255) taagtataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTa > 1:3077807/1‑91 (MQ=255) taagtataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTa > 1:1174501/1‑91 (MQ=255) aagtataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTat > 1:3404297/1‑91 (MQ=255) tataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTatcat > 1:2939072/1‑91 (MQ=255) tataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTatcat > 1:2939035/1‑91 (MQ=255) ataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTatcatc > 1:512901/1‑91 (MQ=255) gtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATc < 1:1197778/91‑1 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt < 1:2140070/91‑1 (MQ=255) tCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTaa > 1:481156/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAAtt > 1:3714892/1‑91 (MQ=255) aCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTcc > 1:1013695/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCaa > 1:1193641/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCaa > 1:2576819/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAat > 1:1793916/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAata > 1:3955585/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAata > 1:2688460/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAatat < 1:3063905/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAatat > 1:785588/1‑91 (MQ=255) taaaaaagcagtaagctggtttcgagtagaaatcaacttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAatat > 1:3751626‑M2/50‑91 (MQ=255) taaaaaagcagtaagctggtttcgagtagaaatcaacttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAatat > 1:3751221‑M2/50‑91 (MQ=255) tAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtc > 1:878395/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtc < 1:851785/91‑1 (MQ=255) aaaaaagcagtaagctggtttcgagtagaaatcaacttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtc > 1:3381048‑M2/49‑91 (MQ=255) AAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtct < 1:2112509‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtct < 1:2519296‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaagcagtaagctggtttcgagtagaaatcaacttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtctt > 1:2321619‑M2/47‑91 (MQ=255) AAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtctt < 1:2770058‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtcttc < 1:1041502‑M1/91‑1 (MQ=255) aagcagtaagctggtttcgagtagaaatcaacttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtcttct > 1:1385752‑M2/45‑91 (MQ=255) AAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtcttct > 1:3907623‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATcttctt > 1:3918576‑M1/1‑91 (MQ=255) gcagtaagctggtttcgagtagaaatcaacttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCttt > 1:481747‑M2/43‑91 (MQ=255) GCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCttt < 1:2786785‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |